阴道出现褐色分泌物的原因分为生理性和病理性。生理性原因包括月经间期出血、受精卵着床出血以及先兆流产或宫外孕；病理性原因有妇科炎症（如阴道炎、宫颈炎）、妇科肿瘤（如子宫肌瘤、宫颈癌、子宫内膜癌）、内分泌失调（如功能失调性子宫出血）、宫内节育器不良反应和外伤等。
一、生理性原因
（一）月经间期出血
女性在两次月经中间，即排卵期，由于雌激素水平短暂下降，使子宫内膜失去雌激素的支持而出现部分子宫内膜脱落，引起有规律的阴道出血，量一般较少，表现为褐色分泌物，这是一种正常的生理现象，通常持续1-3天，可伴有轻微的排卵痛，一般不影响健康，多见于有正常月经周期的育龄女性。
（二）妊娠相关情况
1.受精卵着床出血：
受精卵着床时，少数女性会出现少量阴道出血，一般为褐色分泌物，多发生在受精后6-7天左右，这种情况常见于有正常性生活且未采取避孕措施的育龄女性，一般持续时间较短，无其他明显不适，多数可自行缓解。
2.先兆流产或宫外孕：
先兆流产：怀孕早期出现阴道褐色分泌物，常伴有下腹隐痛，多与胚胎染色体异常、母体内分泌异常（如黄体功能不全等）、免疫因素等有关，多见于有怀孕计划且处于孕早期的女性。
宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床发育，也会出现阴道褐色分泌物，常伴有单侧下腹部隐痛或酸胀感，严重时可出现腹腔内出血，危及生命，常见于有输卵管炎症、输卵管手术史等高危因素的女性。
二、病理性原因
（一）妇科炎症
1.阴道炎：
细菌性阴道炎：阴道内正常菌群失调，厌氧菌等大量繁殖，可引起阴道黏膜充血，出现少量阴道出血，表现为褐色分泌物，常伴有阴道分泌物增多、有鱼腥臭味等症状，多见于不注意个人卫生、有多个性伴侣等情况的女性。
霉菌性阴道炎：由假丝酵母菌感染引起，阴道黏膜充血、水肿，可有少量出血，表现为褐色分泌物，伴有外阴瘙痒、白带呈豆腐渣样等症状，常见于长期应用广谱抗生素、妊娠、糖尿病患者等。
2.宫颈炎：
慢性宫颈炎：宫颈局部炎症刺激，宫颈黏膜充血，可有少量阴道出血，表现为褐色分泌物，可伴有白带增多、性交后出血等症状，多见于有流产史、分娩史或不洁性生活史的女性。
急性宫颈炎：病原体感染宫颈引起急性炎症，也可出现阴道褐色分泌物，常伴有阴道分泌物增多、脓性白带等症状，常见于性传播疾病感染等情况。
（二）妇科肿瘤
1.子宫肌瘤：
黏膜下子宫肌瘤：向宫腔内生长，影响子宫收缩，可导致阴道不规则出血，表现为褐色分泌物，可伴有月经量增多、经期延长等症状，多见于30-50岁的女性，与雌激素水平升高有关。
宫颈癌：宫颈上皮细胞恶变，早期可出现接触性出血，表现为性生活后或妇科检查后阴道少量褐色分泌物，晚期可出现不规则阴道出血，伴有阴道排液、恶臭等症状，多见于有多个性伴侣、过早性生活、HPV感染等情况的女性。
子宫内膜癌：子宫内膜细胞恶变，主要表现为绝经后阴道不规则出血，也可表现为绝经前月经紊乱，出现褐色分泌物，伴有阴道排液增多等症状，多见于绝经后女性，与长期雌激素刺激、肥胖、高血压、糖尿病等因素有关。
（三）内分泌失调
1.功能失调性子宫出血：
由于下丘脑-垂体-卵巢轴功能失调，而非器质性病变引起的子宫出血，可表现为月经周期紊乱，经期长短不一，经量时多时少，出现阴道褐色分泌物，多见于青春期和围绝经期女性，与内分泌紊乱导致的激素水平波动有关。
（四）其他
1.宫内节育器不良反应：
部分女性放置宫内节育器后，由于节育器对子宫内膜的刺激，可出现阴道少量出血，表现为褐色分泌物，一般在放置后3-6个月内出现，可伴有下腹坠胀感，多见于放置宫内节育器的女性。
2.外伤：
外阴、阴道受到外力撞击等外伤时，可导致局部组织损伤出血，表现为阴道褐色分泌物，常伴有外阴或阴道局部疼痛，多见于有外伤史的女性。
