新冠脑炎可引起神经系统症状、精神症状及其他伴随症状。神经系统症状包括意识障碍（轻时嗜睡、重时昏迷，儿童表现不同）、癫痫发作（形式多样，有癫痫病史者风险更高）、头痛（几乎所有患者都有，程度和性质各异）；精神症状有认知障碍（记忆力减退、计算力下降，老年及有基础病者更明显）、精神行为异常（情绪不稳定、儿童有攻击性行为等）；其他伴随症状有发热（多数患者有，儿童易高热惊厥，成年有基础病者需谨慎）、呼吸道症状（部分患者有，儿童更明显）。
一、神经系统症状
1.意识障碍
轻度患者可能表现为嗜睡，即睡眠时间延长，但能被唤醒，醒后可进行简短对话，刺激去除后又迅速入睡。例如部分新冠脑炎轻症患者，在发病初期可能仅表现为比平常更容易犯困，经过简单沟通还能配合。而重症患者可能出现昏迷，对外界刺激无反应，完全丧失意识。一些老年新冠患者如果发生脑炎，由于机体机能相对较弱，更容易较快进展到昏迷状态。
儿童新冠脑炎患者的意识障碍表现可能因年龄而异，婴幼儿可能表现为精神萎靡、反应差，不主动进食、玩耍等。
2.癫痫发作
部分新冠引起的脑炎患者会出现癫痫发作，可表现为全身性强直-阵挛发作，即突然意识丧失、全身肌肉强直收缩，随后出现阵挛性抽搐，发作持续数分钟后自行缓解，发作后可能有嗜睡等表现。在一些研究中发现，新冠相关脑炎患者出现癫痫发作的比例有一定差异，但确实有相关病例报道。对于有癫痫病史的患者感染新冠后发生脑炎，癫痫发作的风险可能更高，需要密切监测。儿童新冠脑炎患者出现癫痫发作时，由于儿童的神经系统发育尚未完全成熟，发作形式可能更不典型，需要专业医护人员进行细致的观察和诊断。
3.头痛
几乎所有新冠脑炎患者都会有不同程度的头痛，头痛程度可轻可重，可为胀痛、刺痛等多种性质。成年患者可能会描述头痛较为剧烈，影响日常的工作和生活，儿童患者可能表现为哭闹不安、用手频繁触摸头部等。头痛的原因主要是炎症刺激脑膜或颅内神经等结构引起。例如，新冠病毒感染后引发的免疫反应导致颅内组织炎症，刺激痛觉敏感结构而产生头痛。
二、精神症状
1.认知障碍
患者可能出现记忆力减退，表现为对近期发生的事情容易遗忘，例如忘记刚刚说过的话、刚做过的事等。成年患者可能在工作中出现注意力不集中、工作效率下降等情况，儿童患者可能在学习时出现对新知识的接受能力下降，比如原本能较好掌握的算术题突然不会做了。一些有基础神经系统疾病的患者感染新冠后发生脑炎，认知障碍可能更明显，因为其原本的神经系统储备功能相对较差。
还可能出现计算力下降，例如不能准确进行简单的加减法运算等。对于老年患者，本身随着年龄增长认知功能就有一定退化趋势，感染新冠脑炎后认知障碍可能会加速进展，严重影响其日常生活自理能力。
2.精神行为异常
部分患者会出现精神行为异常，如情绪不稳定，可表现为突然的情绪高涨或低落，成年患者可能原本性格较为沉稳，但患病后突然变得易激动、烦躁不安，或者相反变得郁郁寡欢、沉默少语。儿童患者可能出现哭闹不止、攻击性行为等，比如突然对原本喜欢的玩具失去兴趣，或者出现打砸物品等行为。这是因为脑炎影响了大脑中与情绪调节相关的神经递质和神经回路，导致精神行为出现异常。
三、其他伴随症状
1.发热
多数新冠脑炎患者会伴有发热症状，体温可在38℃-39℃甚至更高。发热是机体对感染的一种免疫反应表现。对于儿童患者，由于儿童的体温调节中枢尚未发育完善，发热时可能更容易出现高热惊厥等情况，需要密切监测体温变化。成年患者如果本身有基础疾病，如糖尿病、心血管疾病等，发热可能会加重基础疾病的病情，需要更加谨慎地进行治疗和护理。
2.呼吸道症状
部分患者在脑炎之前或同时伴有呼吸道症状，如咳嗽、咳痰、鼻塞、流涕等，这是因为新冠病毒首先侵犯呼吸道，然后可能进一步引发脑炎。儿童患者的呼吸道症状可能相对更明显，例如婴幼儿可能出现呼吸急促等表现，这是由于儿童的呼吸道较为娇嫩，感染后更容易出现呼吸道相关的伴随症状。
