病毒性脑炎、细菌性脑炎、结核性脑炎在病因、临床表现、脑脊液检查、影像学检查方面存在区别。病因上分别由病毒、细菌、结核分枝杆菌感染引起；临床表现中病毒性脑炎起病可急可缓，有相应全身及神经症状，细菌性脑炎起病急骤、全身中毒症状重，结核性脑炎起病缓、有结核中毒症状；脑脊液检查各有压力、外观、细胞计数及分类、蛋白、糖和氯化物含量等不同特点；影像学检查上头颅CT和MRI表现也各有差异。
病毒性脑炎：由各种病毒感染引起，常见病毒如肠道病毒（柯萨奇病毒、埃可病毒等）、单纯疱疹病毒、腺病毒等，病毒通过血液循环等途径侵入中枢神经系统引发炎症。不同病毒感染有其好发特点，例如肠道病毒感染多发生在夏秋季，可通过粪-口途径传播等。
细菌性脑炎：主要由细菌感染所致，常见致病菌有肺炎链球菌、脑膜炎奈瑟菌等。细菌可通过血行感染、直接蔓延（如邻近部位的感染灶蔓延至颅内）等方式引起颅内炎症。例如肺炎链球菌性脑炎可在肺炎等呼吸道感染后，细菌通过血流到达脑部引发感染。
结核性脑炎：是由结核分枝杆菌引起的中枢神经系统感染性疾病。多有结核病史或接触史，结核分枝杆菌可通过血行播散等途径到达脑部，在脑部形成结核病灶，进而引发炎症反应。
临床表现方面
病毒性脑炎：起病可急可缓，早期症状多有发热、头痛、全身不适等全身感染中毒症状，随后可出现神经系统症状，如不同程度的意识障碍（嗜睡、昏迷等）、抽搐、精神行为异常等。不同病毒引起的脑炎临床表现有一定差异，如单纯疱疹病毒性脑炎常伴有明显的精神症状和癫痫发作，病情进展相对较快。儿童患者可能在神经系统症状表现上与成人有一定不同，儿童可能更易出现烦躁、呕吐等表现。
细菌性脑炎：起病多较急骤，全身感染中毒症状更为明显，常有高热、寒战等表现。神经系统症状突出，可出现脑膜刺激征（颈项强直、克氏征阳性、布氏征阳性等），还可能有局灶性神经系统体征，如偏瘫、失语等，病情较重时可迅速出现意识障碍等。例如脑膜炎奈瑟菌引起的流行性脑脊髓膜炎，皮肤黏膜可出现瘀点、瘀斑等特殊表现。
结核性脑炎：起病相对较缓，病程较长，全身症状主要有低热、盗汗、乏力、消瘦等结核中毒症状。神经系统症状中脑膜刺激征出现相对较晚，随着病情进展可出现颅神经损害（如视神经、动眼神经等受累）、脑实质损害表现（如精神症状、癫痫发作、肢体瘫痪等），儿童患者可能在生长发育方面受到影响，表现为发育迟缓等。
脑脊液检查方面
病毒性脑炎：脑脊液压力可正常或轻度升高，外观多为无色透明。白细胞计数可轻度升高，一般在（10-500）×10/L左右，以淋巴细胞为主。蛋白含量轻度升高或正常，糖和氯化物含量一般正常。例如肠道病毒脑炎患者脑脊液中肠道病毒核酸检测可呈阳性。
细菌性脑炎：脑脊液压力明显升高，外观浑浊似米汤样。白细胞计数显著升高，多在（1000-10000）×10/L以上，以中性粒细胞为主。蛋白含量显著升高，糖含量明显降低，氯化物含量也可降低。例如肺炎链球菌性脑炎患者脑脊液涂片可找到革兰阳性双球菌等。
结核性脑炎：脑脊液压力增高，外观无色透明或呈毛玻璃样，放置一段时间后可出现薄膜形成。白细胞计数中度升高，多在（50-500）×10/L左右，早期以中性粒细胞为主，后期以淋巴细胞为主。蛋白含量增高，糖和氯化物含量均降低。脑脊液抗酸染色可找到结核分枝杆菌，结核分枝杆菌培养可呈阳性等。
影像学检查方面
病毒性脑炎：头颅CT早期可无明显异常，病情进展后可出现脑实质内片状低密度影等改变；头颅MRI检查更敏感，早期可发现脑实质内T2加权像高信号病灶等，不同病毒感染的脑炎在MRI表现上有一定特征，如单纯疱疹病毒性脑炎常累及颞叶、额叶等部位。
细菌性脑炎：头颅CT可显示脑膜强化、脑实质内脓肿等改变；头颅MRI可见脑膜增厚强化、脑实质内炎性病灶等，如脑膜炎奈瑟菌性脑炎可出现脑膜广泛强化等表现。
结核性脑炎：头颅CT可见脑实质内结核瘤、脑膜强化、脑积水等表现；头颅MRI能更清晰显示脑膜增厚、脑实质内结核病灶（T1加权像低信号、T2加权像高信号）、脑积水等情况，对于早期诊断和病情评估有重要价值。
