眼肌麻痹没有表明最佳治疗方法，眼肌麻痹分为糖尿病性眼肌麻痹、颅内动脉瘤导致眼肌麻痹、重症肌无力性眼肌麻痹等类型，类型不同使用的治疗方法也不同。
1.糖尿病性眼肌麻痹
控制血糖是关键，严格遵循糖尿病饮食，根据患者年龄、血糖水平等制定个性化降糖方案，如使用二甲双胍等降糖药物（具体药物需根据患者情况由医生选择），血糖得到控制后部分患者眼肌麻痹可逐渐改善。
2.颅内动脉瘤导致眼肌麻痹
对于动脉瘤需进行评估，若符合手术指征可考虑手术夹闭或介入栓塞治疗，如患者年龄较大、基础疾病较多，手术风险较高时，会综合评估选择合适的治疗方式，以去除病因改善眼肌麻痹。
3.重症肌无力性眼肌麻痹
使用胆碱酯酶抑制剂，如溴吡斯的明，根据患者病情调整剂量，同时可能需要使用免疫抑制剂，如硫唑嘌呤等，治疗过程中需密切监测患者的肌力变化及药物不良反应，根据年龄调整药物剂量，儿童使用时需格外谨慎，密切观察是否出现胃肠道不适等不良反应。
对于部分眼肌麻痹导致双眼视功能异常的患者，可进行视觉训练，根据患者年龄、病情严重程度制定训练方案，儿童进行视觉训练时需家长密切配合，引导儿童坚持训练，通过训练改善眼肌运动功能及双眼视功能，如进行眼球运动的协调性训练等。
