肺部真菌感染症状多样，与多种因素有关，呼吸系统症状有咳嗽（可为刺激性干咳或伴少量痰液，免疫低下者咳嗽持续不缓解）、咳痰（性状因菌而异，老年患者咳痰难排）、呼吸困难（病情轻时活动后出现，重时静息也有，基础肺病患者会加重）；全身症状有发热（多为持续性，免疫缺陷者可不典型）、乏力（全身疲倦、活动耐力降，休息难缓解）；其他症状有胸痛（累及胸膜时隐痛等，老年需与心血管病胸痛鉴别）、咯血（菌侵血管致，量可多可少，儿童大咯血易窒息），有高危因素者出现相关症状应警惕。
一、呼吸系统症状
咳嗽
可为刺激性干咳，也可伴有少量痰液。例如，念珠菌感染引起的肺部炎症，患者常常出现咳嗽症状，起初可能较轻，随着病情进展，咳嗽可能会加重。对于不同年龄的人群，表现类似，但儿童由于呼吸系统发育尚未完全，剧烈咳嗽可能会影响其进食和睡眠等。
免疫功能低下的患者，如长期使用免疫抑制剂的患者，发生肺部真菌感染时，咳嗽可能持续不缓解，且可能逐渐加重，因为其自身免疫清除病原体的能力较弱，感染容易扩散。
咳痰
痰液的性状因真菌种类不同而有所差异。例如，曲霉感染时，部分患者可咳出黏液脓痰，有时痰中可带血。对于老年患者，由于咳嗽反射相对较弱，咳痰可能不太容易排出，导致痰液在气道内积聚，进一步加重呼吸道梗阻的风险。
隐球菌感染引起的肺部真菌病，痰液一般较少，但如果合并细菌感染，可能会出现脓性痰。
呼吸困难
病情较轻时，可能仅在活动后出现轻度呼吸困难，随着病情进展，可出现静息状态下呼吸困难。比如，一些严重的肺部曲霉感染患者，由于肺部组织受到广泛破坏，气体交换功能受损，会明显感到呼吸费力。对于患有基础肺部疾病（如慢性阻塞性肺疾病）的患者，肺部真菌感染会进一步加重其呼吸困难的程度，使原有的病情恶化，活动耐力明显下降。
二、全身症状
发热
多为持续性发热，体温可高可低，一般在38℃左右，也有部分患者体温可超过39℃。例如，念珠菌血症导致的肺部真菌感染，患者往往会出现发热症状，而且发热可能较为顽固。对于儿童患者，由于其体温调节中枢尚未发育完善，发热时可能体温波动较大，需要密切监测体温变化。
免疫缺陷患者的发热可能不典型，有时体温升高不明显，但病情却在进展。这是因为免疫缺陷患者的机体反应性较低，即使存在感染，也可能不能通过强烈的发热反应来提示感染的存在，容易延误诊断和治疗。
乏力
患者常感到全身疲倦、无力，活动耐力下降。无论是年轻患者还是老年患者，都会出现这种全身不适的感觉。例如，肺部隐球菌感染的患者，在疾病过程中会逐渐出现乏力症状，影响其日常生活和工作，即使经过休息，乏力症状也难以迅速缓解。
三、其他症状
胸痛
部分患者可出现胸痛，疼痛性质可为隐痛、刺痛或胀痛。当肺部真菌感染累及胸膜时，就可能引起胸痛。比如，曲霉感染累及胸膜导致胸膜炎时，患者会感到胸痛，在深呼吸或咳嗽时胸痛可能会加重。对于老年患者，胸痛症状可能需要与心血管疾病引起的胸痛相鉴别，因为两者的表现有时可能相似，需要通过详细的检查来明确病因。
咯血
少数患者可出现咯血，咯血量可多可少。如果真菌侵犯肺部血管，导致血管破裂，就会引起咯血。例如，侵袭性曲霉病可能会侵犯肺部血管，引起咯血症状，少量咯血可能仅表现为痰中带血，大量咯血则比较危险，可能会导致窒息等严重后果。对于儿童患者，咯血相对较少见，但一旦出现，需要高度重视，因为儿童的气道较窄，大咯血更容易引起窒息。
肺部真菌感染的症状缺乏特异性，与其他肺部感染性疾病有相似之处，因此，对于有肺部真菌感染高危因素（如长期使用广谱抗生素、免疫抑制剂、患有糖尿病等基础疾病、长期住院等）的患者，出现上述相关症状时，应高度警惕肺部真菌感染的可能，及时进行相关检查以明确诊断。
