晨起口臭的原因包括口腔局部因素、全身系统性疾病因素及其他因素。口腔局部因素有菌斑牙石堆积、龋齿、牙周炎、口腔黏膜疾病等；全身系统性疾病因素涉及消化系统疾病（胃食管反流病、消化不良、幽门螺杆菌感染）、呼吸系统疾病等；其他因素包含饮食因素（食用特殊气味食物）、不良生活习惯（吸烟、长期不刷牙漱口）等。不同年龄段人群均可因上述因素出现晨起口臭情况。
龋齿：牙齿发生龋坏时，龋洞内容易残留食物残渣，细菌在龋洞内发酵分解食物残渣，产生有异味的物质。尤其是较深的龋洞，更利于细菌滋生，从而导致口臭。儿童患龋齿的概率相对较高，可能与饮食中含糖量较高、口腔清洁相对不熟练等因素有关；成年人也可能因龋齿引发口臭，比如长期食用高糖食物、口腔卫生维护不佳等；老年人龋齿的发生可能与牙龈萎缩、牙根暴露等因素相关。
牙周炎：牙周炎是牙周组织的慢性炎症，牙龈会出现红肿、出血等症状，牙周袋内会有炎性分泌物，其中含有大量细菌及其代谢产物，这些物质会散发出难闻的气味导致口臭。牙周炎在各个年龄段都可能发生，年轻人可能因不良的口腔卫生习惯、吸烟等因素诱发；老年人则多因牙周组织的退行性变等原因易患牙周炎。
口腔黏膜疾病：如口腔溃疡，溃疡面会有渗出、坏死组织等，细菌在局部繁殖分解这些物质产生异味；扁平苔藓等黏膜疾病也可能导致口腔内出现异常气味。不同年龄段人群都可能患口腔黏膜疾病，儿童患口腔溃疡可能与维生素缺乏、创伤等有关；成年人患黏膜疾病可能与精神压力大、免疫功能紊乱等因素相关；老年人患黏膜疾病可能与全身健康状况、局部刺激等因素有关。
全身系统性疾病因素
消化系统疾病
胃食管反流病：胃内容物反流至食管甚至口腔，其中含有胃酸等物质，会引起口腔异味。研究发现，胃食管反流病患者中晨起口臭的发生率较高。不同年龄段人群均可患胃食管反流病，儿童可能因食管下括约肌功能发育不完善等原因发生反流；成年人的发病可能与饮食习惯、肥胖、吸烟等因素有关；老年人则可能因食管蠕动功能减弱等因素易患胃食管反流病。
消化不良：胃肠蠕动减慢，食物在胃肠道内停留时间过长，发酵产生异味，可通过食管反流至口腔导致口臭。各年龄段都可能出现消化不良，儿童可能因饮食不规律、暴饮暴食等引起；成年人可能与工作压力大、饮食不节等因素有关；老年人消化功能本身减退，更易发生消化不良。
幽门螺杆菌感染：幽门螺杆菌可在胃内定植，其产生的尿素酶等物质可分解尿素产生有异味的气体，部分可通过口腔呼出导致口臭。不同年龄段人群都可能感染幽门螺杆菌，儿童感染可能与家庭共用餐具等因素有关；成年人感染与聚餐、口腔卫生等因素相关；老年人感染可能与机体抵抗力下降等因素有关。
呼吸系统疾病：如鼻窦炎、支气管炎、肺炎等，呼吸道产生的分泌物可通过口腔排出，导致口臭。儿童患呼吸系统疾病可能因免疫力较低，容易反复感染；成年人可能因吸烟、接触污染物等诱发；老年人由于肺功能下降等原因，也较易患呼吸系统疾病并出现口臭。
其他因素
饮食因素：前一天食用大量葱、蒜、韭菜等具有特殊气味的食物，这些食物中的成分会残留在口腔中，经过一夜后晨起仍有异味。不同年龄段人群都可能因饮食导致晨起口臭，儿童如果食用过多这类刺激性食物也可能出现；成年人聚餐时可能因饮食结构导致；老年人如果偶尔食用特殊气味食物也会出现相应情况。
不良生活习惯
吸烟：烟草中的尼古丁等有害物质会残留在口腔中，且吸烟会使口腔环境变差，增加口臭的发生风险。各个年龄段的吸烟者都可能出现晨起口臭，儿童虽较少吸烟，但二手烟也可能对其口腔环境产生不良影响；成年人吸烟是导致口臭的常见原因之一；老年人长期吸烟会加重口腔异味问题。
长期不刷牙、不漱口：夜间口腔内细菌大量繁殖，若晨起不及时清洁口腔，细菌及其代谢产物会导致口臭。儿童需要家长帮助养成良好的口腔清洁习惯，否则易出现口腔卫生问题；成年人如果工作繁忙等原因忽视口腔清洁，易引发口臭；老年人行动不便等原因可能导致口腔清洁不彻底，从而出现晨起口臭。
