晨起口干口苦口臭的原因包括口腔局部因素（口腔卫生不良、龋齿、牙龈炎牙周炎）、全身系统性疾病（消化系统疾病如胃食管反流病、胆囊炎胆结石，呼吸系统疾病如鼻窦炎扁桃体炎，内分泌代谢性疾病如糖尿病、干燥综合征）及其他因素（药物副作用、不良生活方式如饮食因素、长期吸烟）。
龋齿：龋洞内易残留食物碎屑，细菌在其中大量繁殖，发酵产酸，不仅会破坏牙齿组织，还会产生异味物质，同时龋病可能引发牙髓炎症等，影响口腔环境，导致晨起口干口苦口臭。儿童处于乳牙和恒牙替换期，牙齿矿化程度相对较低，且喜欢吃甜食，若口腔清洁不到位，患龋齿风险较高；成年人龋齿可能与长期饮食习惯、口腔卫生维护情况等有关。
牙龈炎、牙周炎：牙龈发炎时，牙龈组织充血、水肿，细菌及其代谢产物增多，可产生异味。牙周炎患者牙周袋内有大量菌斑、牙石，细菌滋生繁殖，会产生多种有异味的物质，同时炎症反应会影响口腔的正常生理功能，导致口干，进而出现口苦口臭。不同年龄人群，老年人由于牙龈萎缩等原因，更容易患牙周炎；女性在生理期等特殊时期，激素水平变化可能加重牙龈炎症；有吸烟史的人群患牙周炎的几率比非吸烟者高很多，且病情往往更严重。
全身系统性疾病
消化系统疾病
胃食管反流病：胃酸及胃内容物反流至食管，甚至口腔，可引起口苦，同时反流物刺激口腔及胃肠道，导致口干，且反流的物质带有异味，从而出现口臭。不同年龄段人群，中老年人相对更易患胃食管反流病；男性和女性在发病率上无明显性别差异，但肥胖人群患胃食管反流病的风险较高。
胆囊炎、胆结石：胆囊功能异常影响胆汁分泌与排泄，胆汁反流等情况可导致口苦，同时消化系统功能受影响，可能出现消化不良，食物在胃肠道内停留时间延长，发酵产生异味，通过口腔呼出，表现为口臭，且可能伴有口干症状。不同年龄人群，40岁以上人群胆结石发病率相对较高；女性患胆结石的几率略高于男性；有高脂饮食等不良生活方式的人群易患胆结石。
呼吸系统疾病：如鼻窦炎、扁桃体炎等。鼻窦炎患者鼻腔内分泌物倒流至口腔，可引起口臭，同时鼻腔通气不畅，张口呼吸导致口腔水分丢失，出现口干，炎症刺激还可能导致口苦。扁桃体炎时，扁桃体隐窝内积存大量脱落上皮细胞、细菌等，分解产生异味，引起口臭，炎症也可能影响口腔唾液分泌及感觉，导致口干口苦。不同年龄人群，儿童扁桃体炎相对常见；男性和女性在发病率上无显著差异；免疫力低下人群易患呼吸系统感染性疾病。
内分泌代谢性疾病
糖尿病：糖尿病患者血糖控制不佳时，可能出现酮症酸中毒，呼出的气体有丙酮味，表现为特殊的口臭，同时高血糖状态下，身体代谢紊乱，唾液分泌减少，导致口干，血糖升高还可能影响味觉，出现口苦。不同年龄段人群，各年龄段均可发病，但中老年患者相对较多；男性和女性发病率无明显差异；肥胖、有糖尿病家族史等人群患糖尿病风险高。
干燥综合征：主要累及唾液腺和泪腺，导致唾液分泌减少，出现口干，口腔自洁能力下降，细菌滋生，引起口臭，同时可能伴有口苦等味觉异常。多见于中年女性，儿童也有发病，但相对较少；自身免疫功能异常是发病的重要因素。
其他因素
药物副作用：某些药物服用后可能引起口干等不良反应，如抗组胺药、降压药等。药物导致唾液分泌减少，口腔干燥，细菌繁殖，出现口苦口臭。不同人群因所患疾病不同服用的药物不同，例如患有过敏性疾病的儿童可能服用抗组胺药，老年人患有高血压等疾病可能服用降压药等，都可能因药物副作用出现晨起口干口苦口臭情况。
不良生活方式
饮食因素：前一天食用大量辛辣、刺激性食物，如洋葱、大蒜等，其异味可在口腔内残留，经过一夜时间，晨起仍可感觉到口苦口臭。大量饮酒后，酒精在体内代谢，可通过口腔呼出异味，同时饮酒导致身体脱水，唾液分泌减少，出现口干。不同年龄人群，年轻人可能更偏好辛辣、刺激性食物和饮酒；男性饮酒相对较多。
长期吸烟：烟草中的尼古丁等成分会影响口腔环境，使口腔黏膜干燥，烟草燃烧产生的烟雾残留于口腔，导致口臭，同时吸烟减少唾液分泌，引起口干口苦。各年龄段吸烟者均有，男性吸烟者数量相对较多，长期吸烟还会增加多种疾病的发生风险，进一步影响口腔及全身健康。
