小儿腹泻腹胀的原因包括感染因素和非感染因素。感染因素有轮状病毒、诺如病毒等病毒感染，以及大肠埃希菌、沙门菌等细菌感染；非感染因素包含喂养不当（食量、食物种类问题及乳糖不耐受）、腹部着凉、肠道功能紊乱、先天性肠道畸形等，不同因素通过不同机制导致小儿腹泻腹胀。
一、感染因素
（一）病毒感染
1.轮状病毒：是引起小儿腹泻腹胀的常见病原体之一，多见于6-24个月的婴幼儿。轮状病毒感染后主要侵犯小肠上皮细胞，导致小肠黏膜绒毛萎缩、变短，微绒毛破坏，影响肠道的消化和吸收功能。病毒感染还会引起肠道双糖酶尤其是乳糖酶活性降低，使乳糖不能消化吸收，在肠道内被细菌分解产生大量气体，从而导致腹胀。研究表明，轮状病毒感染患儿粪便中病毒载量与腹泻腹胀的严重程度呈正相关，病毒在肠道内大量复制引发炎症反应，进一步影响肠道正常蠕动和消化功能。
2.诺如病毒：也可引起小儿腹泻腹胀，诺如病毒感染可导致肠道上皮细胞功能紊乱，使肠道分泌增加，吸收减少，出现腹泻症状。同时，病毒感染引发的肠道炎症会影响肠道气体的吸收和排出，导致腹胀。儿童感染诺如病毒后，年龄越小越容易出现腹胀明显的情况，这与儿童肠道功能相对较弱，对病毒感染的耐受性差有关。
（二）细菌感染
1.大肠埃希菌：某些致病性大肠埃希菌可引起小儿腹泻腹胀。致病性大肠埃希菌黏附在肠道黏膜上皮细胞上，繁殖并产生毒素，损伤肠道黏膜，导致肠道黏膜通透性增加，液体和电解质分泌增加，引起腹泻。细菌在肠道内发酵食物残渣产生气体，导致腹胀。例如肠致病性大肠埃希菌感染，其产生的毒素会影响肠道的正常运动和消化酶的活性，使食物在肠道内停留时间延长，发酵产气增多，进而加重腹胀。
2.沙门菌：沙门菌感染小儿肠道后，可侵入肠黏膜引起炎症反应，导致肠道黏膜充血、水肿、渗出，影响肠道的消化吸收功能。细菌在肠道内分解糖类等物质产生气体，引起腹胀，同时出现腹泻症状。不同年龄段小儿对沙门菌感染的反应不同，婴幼儿感染后更容易出现严重的腹泻腹胀情况，因为婴幼儿肠道免疫功能尚未完全发育成熟，对沙门菌的清除能力较弱。
二、非感染因素
（一）饮食因素
1.喂养不当
食量过多或过少：小儿消化系统发育尚未完善，若喂养时食量过多，超过了小儿胃肠道的消化吸收能力，食物在肠道内不能被充分消化吸收，就会发酵产气导致腹胀，同时出现腹泻。例如有的家长担心小儿吃不饱，频繁喂奶或添加辅食，导致小儿胃肠道负担过重。而食量过少则可能因营养摄入不足影响肠道正常功能，但一般较少直接引起腹泻腹胀，不过长期食量过少导致营养不良时也会间接影响肠道功能。
食物种类不合适：给小儿添加新的食物种类时，如果小儿不适应，比如过早添加大量淀粉类或脂肪类食物，小儿肠道内缺乏相应的消化酶来消化这些食物，就会引起消化不良，出现腹泻腹胀。比如6个月以内的婴儿过早添加米糊等淀粉类食物，就容易导致腹泻腹胀。另外，食物过敏也可引起小儿腹泻腹胀，如对牛奶蛋白过敏的小儿，食用牛奶或含有牛奶成分的食物后，肠道会出现过敏反应，表现为腹泻、腹胀等症状。
2.乳糖不耐受：小儿体内乳糖酶缺乏或活性降低时，食用含乳糖的食物后，乳糖不能在小肠内被充分消化吸收，进入结肠后被细菌发酵分解产生大量气体和酸性物质，引起腹胀、腹泻。这种情况在新生儿和小婴儿中较为常见，尤其是早产儿由于肠道发育不成熟，乳糖酶活性更低，更容易发生乳糖不耐受。
（二）腹部着凉
小儿腹部着凉后，会引起肠道平滑肌痉挛，导致肠道蠕动功能紊乱。一方面，肠道蠕动加快可引起腹泻；另一方面，肠道痉挛导致气体排出不畅，在肠道内积聚引起腹胀。小儿的腹壁较薄，对寒冷刺激较为敏感，夜间睡眠时若腹部保暖不当，或者小儿穿着过少、腹部暴露在冷空气中，都容易导致腹部着凉，进而出现腹泻腹胀症状。例如在季节交替时，气温变化较大，小儿若没有及时增添衣物，腹部着凉后就容易发病。
（三）其他因素
1.肠道功能紊乱：小儿的肠道神经系统发育尚不完善，容易出现肠道功能紊乱。比如环境突然改变、小儿情绪紧张等因素都可能影响肠道的正常蠕动和消化功能，导致腹泻腹胀。例如小儿更换生活环境、入托等情况时，可能会因为适应不良出现肠道功能紊乱，表现为腹泻腹胀。
2.先天性肠道畸形：虽然相对少见，但一些先天性肠道畸形也可引起小儿腹泻腹胀，如先天性巨结肠，由于结肠远端肠管神经节细胞缺如或功能异常，导致肠管痉挛，近端肠管扩张、肥厚，出现顽固性便秘，同时伴有腹胀，而当肠道内粪便积聚到一定程度时，也可能出现腹泻情况，但这种腹泻往往是在腹胀基础上的继发性改变。另外，先天性肠旋转不良等畸形也可能影响肠道的正常解剖结构和功能，导致消化吸收障碍和肠道积气腹胀，进而出现腹泻症状。
