房间隔缺损的并发症主要有心力衰竭（因左向右分流致右心容量负荷过重引发，患儿有呼吸急促等表现）、肺动脉高压（因肺循环血流量增加致肺小动脉改变引发，有活动后气短等表现）、心律失常（因心房结构和压力改变引发，有心悸等表现）、感染性心内膜炎（因心内异常血流通道致心内膜易受侵袭引发，有发热等表现）、认知功能障碍（因长期左向右分流致缺氧等引发，儿童有学习能力下降等表现，成人有记忆力减退等表现）。
心力衰竭
发生机制：房间隔缺损时，左心房的血液会分流至右心房，增加右心的容量负荷。随着病情进展，右心长期容量负荷过重，会导致右心扩大、右心功能减退，进而影响整个心脏的泵血功能，最终引发心力衰竭。儿童患者由于心脏处于生长发育阶段，长期的容量负荷异常可能会更早出现心功能受损。对于有基础心血管疾病易感性的患儿，这种分流的影响更为显著。
表现：患儿可能出现呼吸急促、喂养困难、体重不增，年长儿可表现为活动耐力下降、乏力等。查体可发现心率增快、肝脏增大等。
肺动脉高压
发生机制：左向右分流使肺循环血流量增加，肺血管长期处于高流量状态，会引起肺小动脉痉挛，之后逐渐出现肺小动脉中层和内膜增厚，管腔狭窄，阻力增加，最终导致肺动脉高压。这种情况在成人房间隔缺损患者中较为常见，但儿童患者如果缺损较大、分流明显，也可能较早出现肺动脉高压。例如，较大的房间隔缺损患儿，出生后随着肺循环血量的持续增多，就可能逐渐引发肺血管的适应性改变，进而发展为肺动脉高压。
表现：早期可能无明显症状，随着病情进展，可出现活动后气短、口唇发绀等，严重时会出现右心衰竭的表现。
心律失常
发生机制：房间隔缺损导致心房结构和压力改变，可能会引起心房肌的电生理特性发生变化，从而引发心律失常。常见的有房性早搏、心房扑动、心房颤动等。对于年龄较小的患儿，心脏结构和电生理系统尚未完全发育成熟，缺损引起的心房内压力和容积变化可能对心律失常的发生影响更为复杂。比如婴幼儿房间隔缺损患者，由于心房容量负荷的变化，容易出现心律失常的电生理基础。
表现：患儿可能有心悸、胸闷等不适，严重时可出现头晕、黑矇等症状。
感染性心内膜炎
发生机制：由于心脏内存在异常的血流通道，心内膜容易受到细菌等病原体的侵袭。当病原体附着在心内膜表面时，就可能引发感染性心内膜炎。房间隔缺损时，血流的异常湍流容易导致心内膜损伤，为病原体的定植提供了条件。任何有创操作或身体抵抗力下降时，都可能增加感染性心内膜炎的发生风险。对于免疫力相对较低的儿童患者，这种风险更高，比如在感冒等感染后身体抵抗力下降时，就容易发生。
表现：患者可出现发热、寒战、皮肤黏膜瘀点等表现，还可能伴有心脏杂音的改变等。
认知功能障碍
发生机制：对于成人房间隔缺损患者，如果长期存在左向右分流，导致慢性缺氧及脑血流动力学改变，可能会影响认知功能。虽然儿童患者脑发育尚未成熟，但严重的房间隔缺损导致的长期低氧状态也可能对脑发育和认知功能产生不良影响。例如，较大的房间隔缺损患儿，由于肺循环血量增加，体循环供血相对减少，可能会引起脑部相对缺氧，进而影响神经发育和认知功能。
表现：儿童可能表现为学习能力下降、注意力不集中等，成人则可能出现记忆力减退、思维能力下降等。
