孕早期自然流产的原因包括染色体异常（胚胎自身或父母染色体异常）、母体因素（内分泌异常、生殖系统解剖异常、免疫功能异常、全身性疾病）、父亲因素（精子染色体异常）、生活方式因素（不良生活习惯）和环境因素（化学物质接触、辐射暴露）。
年龄与性别影响：孕妇年龄是一个重要因素，随着孕妇年龄的增加，卵子质量下降，染色体发生异常的概率升高。一般来说，35岁以上的孕妇染色体异常的风险明显增加，这使得孕早期自然流产的发生率相对较高。而性别本身并不是直接导致染色体异常的因素，但胚胎的染色体情况是关键。
母体因素
内分泌异常
黄体功能不全：黄体分泌的孕酮对维持妊娠至关重要。如果母体黄体功能不全，孕酮分泌不足，就不能为胚胎着床和发育提供良好的子宫内环境，从而增加自然流产的风险。例如，有研究表明，黄体功能不全的孕妇孕早期自然流产发生率较正常孕妇高很多。
甲状腺功能异常：甲状腺功能减退或亢进都会影响妊娠。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会干扰胚胎的正常发育过程；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会对妊娠产生不良影响，增加孕早期自然流产的可能性。
生殖系统解剖异常
子宫畸形：如子宫纵隔、单角子宫等子宫畸形情况，会影响子宫的宫腔形态和容积，使得胚胎着床和发育的空间受限，从而容易发生自然流产。例如，子宫纵隔会分割宫腔，影响胚胎的血供和发育环境。
宫腔粘连：宫腔粘连会导致宫腔有效面积减小，影响胚胎的种植和生长，增加孕早期自然流产的风险。宫腔粘连往往是由于宫腔操作（如人工流产等）损伤子宫内膜引起的。
免疫功能异常
自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，母体的免疫系统会错误地攻击胚胎，导致胚胎受到损伤而发生自然流产。自身免疫性疾病产生的自身抗体可能会影响胎盘的正常功能，阻碍胚胎的发育。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受不足，母体免疫系统将胚胎视为外来物进行攻击，也会导致自然流产。例如，母胎之间的免疫平衡失调，使得母体的免疫系统不能正常耐受胚胎，从而引发流产。
全身性疾病
感染：孕妇在孕早期如果发生病毒感染（如风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等）或细菌感染（如支原体、衣原体感染等），病原体可以通过胎盘影响胚胎，导致胚胎发育异常而流产。例如，风疹病毒感染可导致胚胎先天性白内障、心脏病等多种畸形，进而引发流产。
其他全身性疾病：如严重的糖尿病、高血压等疾病，也会影响胎盘的血液循环和功能，从而影响胚胎的营养供应和正常发育，增加孕早期自然流产的风险。例如，糖尿病孕妇如果血糖控制不佳，高血糖环境会影响胚胎的发育，导致自然流产发生率升高。
父亲因素
精子染色体异常：父亲的精子染色体如果存在异常，如精子染色体数目或结构异常，那么与卵子结合形成的胚胎也可能出现染色体异常，从而增加孕早期自然流产的概率。例如，精子染色体发生易位等结构异常，传递给胚胎后会导致胚胎染色体异常，引发流产。
生活方式因素
不良生活习惯
吸烟饮酒：孕妇吸烟或饮酒会对胚胎产生不良影响。吸烟产生的尼古丁等有害物质会影响胎盘的血液循环，减少胚胎的血供；饮酒则可能导致胚胎发育畸形等问题，增加孕早期自然流产的风险。有研究显示，孕妇每天吸烟超过10支或饮酒超过一定量，孕早期自然流产的发生率会明显升高。
过度劳累：孕早期孕妇如果过度劳累，身体处于应激状态，会影响内分泌系统和免疫系统等，从而干扰胚胎的正常发育，增加自然流产的可能性。
环境因素
化学物质接触：孕妇在孕早期接触某些化学物质，如苯、甲醛等有毒有害物质，这些化学物质可能通过呼吸道或皮肤接触进入体内，影响胚胎的发育，导致自然流产。例如，长期处于含有高浓度化学物质的工作环境或生活环境中，会增加孕早期自然流产的风险。
辐射暴露：孕妇接触过量的辐射，如X射线等，会损伤胚胎的细胞，影响胚胎的正常发育，进而引发自然流产。例如，在放射科工作的孕妇，如果没有做好防护措施，接触到较多的辐射，孕早期自然流产的概率会增加。
