习惯性流产的发生与遗传、解剖、内分泌、免疫、感染等多种因素相关。遗传因素中夫妇染色体异常、女性年龄增长等可致流产；解剖因素里子宫畸形、宫腔粘连影响胚胎发育易引发流产；内分泌因素中黄体功能不全、甲状腺功能异常会因激素分泌或水平问题导致流产；免疫因素中自身免疫性疾病及同种免疫异常可通过自身抗体或免疫耐受异常致流产；感染因素中生殖道感染的病原体可影响胚胎发育引发流产。
解剖因素
子宫解剖结构异常：
子宫畸形：如单角子宫、双角子宫、纵隔子宫等。子宫畸形会影响宫腔内环境，使得胚胎着床后生长发育的空间受限，从而增加流产风险。对于有子宫畸形的女性，不同的畸形类型对流产的影响程度不同，纵隔子宫可能对胚胎着床和发育的影响相对更为明显。在病史方面，有过子宫手术史（如子宫肌瘤剔除术等）可能导致子宫肌层或内膜损伤，进而引起子宫解剖结构异常，增加习惯性流产风险。
宫腔粘连：多由宫腔操作（如人工流产、诊断性刮宫等）、感染等因素引起。宫腔粘连会导致宫腔有效容积减小，影响胚胎的种植和发育，容易引发流产。年龄较大的女性在进行宫腔操作后，宫腔粘连的发生率可能相对较高，因为其子宫的修复能力相对较弱。生活方式上，不注意宫腔操作后的护理，发生感染的风险增加，也可能导致宫腔粘连，进而增加习惯性流产风险。
内分泌因素
黄体功能不全：黄体分泌的孕激素对于维持妊娠至关重要。黄体功能不全时，孕激素分泌不足，不能满足胚胎着床和发育的需求，从而导致流产。女性的内分泌系统受多种因素影响，年龄增长可能导致内分泌调节功能下降，影响黄体功能。患有一些内分泌疾病，如多囊卵巢综合征等，也会影响黄体功能，增加习惯性流产风险。生活方式不规律，如长期熬夜、精神压力过大等，可能干扰内分泌平衡，影响黄体功能。
甲状腺功能异常：甲状腺功能减退或亢进均可能引起习惯性流产。甲状腺激素对于胚胎的生长发育起着重要作用，甲状腺功能减退时，机体代谢率降低，影响胚胎的正常发育；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰妊娠过程，增加流产风险。年龄较大的女性患甲状腺功能异常的概率相对较高，在孕期如果甲状腺功能控制不佳，发生习惯性流产的风险会明显增加。有甲状腺疾病家族史的人群，其发生甲状腺功能异常的几率较高，进而影响妊娠结局。
免疫因素
自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮、抗磷脂综合征等。自身免疫性疾病患者体内存在自身抗体，这些抗体可通过多种途径影响胎盘的正常功能，导致胚胎着床失败或流产。系统性红斑狼疮患者体内的自身抗体可攻击胎盘血管，影响胎盘的血液供应，从而影响胚胎发育。抗磷脂综合征患者体内的抗心磷脂抗体等可导致胎盘血栓形成，影响胎盘的氧气和营养物质供应，增加流产风险。在年龄方面，自身免疫性疾病的发病风险在不同年龄段有所差异，且疾病的活动度可能受年龄影响，进而影响对妊娠的影响。生活方式中，长期处于应激状态等可能诱发自身免疫性疾病的活动，增加习惯性流产风险。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受异常，导致母体免疫系统攻击胚胎，引起流产。正常妊娠时，母体对胚胎产生免疫耐受，使得胚胎能够在子宫内正常发育。当同种免疫异常时，这种免疫耐受被打破，母体免疫系统将胚胎视为外来物进行攻击，从而导致流产。年龄增长可能影响母体的免疫调节功能，使得同种免疫异常的概率增加。有过多次流产史的女性，其体内可能存在免疫调节异常的情况，增加再次习惯性流产的风险。
感染因素
生殖道感染：如支原体、衣原体、细菌、病毒等感染。孕期发生生殖道感染，病原体可通过多种途径影响胚胎发育，导致流产。例如，支原体感染可引起绒毛膜羊膜炎，影响胎盘功能；弓形虫感染可通过胎盘感染胎儿，导致胎儿畸形或流产。不同年龄段的女性发生生殖道感染的几率不同，孕妇年龄较大时，自身的免疫力相对下降，更容易发生生殖道感染。生活方式上，不注意个人卫生，性生活不节制等，会增加生殖道感染的风险，进而增加习惯性流产的可能性。有生殖道感染病史的女性，再次妊娠时发生习惯性流产的风险较高。
