习惯性流产的发生涉及多种因素，包括遗传因素（如染色体异常）、解剖因素（如子宫畸形、宫腔粘连）、内分泌因素（如黄体功能不全、甲状腺功能异常）、免疫因素（如自身免疫性疾病、同种免疫异常）、感染因素（如生殖道细菌、病毒感染）以及其他因素（如生活方式因素中的吸烟饮酒、过度劳累和全身性疾病如糖尿病、高血压等），这些因素通过不同机制影响胚胎着床和发育，增加习惯性流产风险。
解剖因素
子宫解剖结构异常
子宫畸形：如单角子宫、双角子宫、纵隔子宫等。子宫畸形会使子宫腔形态异常，影响胚胎的着床和发育环境。例如，纵隔子宫由于宫腔被纵隔分成两部分，内膜面积相对减小，不利于胚胎种植和生长，从而增加流产风险。这种情况在女性中较为常见，尤其是有先天性子宫发育异常病史的女性。
宫腔粘连：多因宫腔操作（如人工流产、刮宫等）、感染等原因导致子宫内膜损伤，引起宫腔部分或完全粘连。宫腔粘连会减少宫腔容积，影响胚胎着床及营养供应，进而导致流产。任何有宫腔操作史的女性都可能发生宫腔粘连，年龄因素对其发生有一定影响，多次宫腔操作的女性风险更高。
内分泌因素
黄体功能不全：黄体分泌的孕激素对维持妊娠至关重要。黄体功能不全时，孕激素分泌不足，不能满足胚胎着床及发育的需求，从而导致流产。多见于有内分泌紊乱病史的女性，尤其在有排卵障碍的女性中更易发生，年龄增长可能会影响黄体功能，使黄体功能不全的发生风险增加。
甲状腺功能异常
甲状腺功能减退：甲状腺激素对胚胎的生长发育起着重要作用。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响胚胎的神经系统发育等，增加流产风险。患有自身免疫性疾病、有甲状腺疾病家族史的女性以及年龄较大的女性发生甲状腺功能减退的风险相对较高。
甲状腺功能亢进：严重的甲状腺功能亢进会使孕妇身体处于高代谢状态，影响胚胎的正常发育，也可能导致流产。这类患者多有甲状腺功能亢进的相关症状和病史，年龄、性别无特定偏向，但病情控制不佳时对妊娠影响较大。
免疫因素
自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮、抗磷脂综合征等。抗磷脂综合征患者体内存在抗磷脂抗体，这些抗体可与胎盘血管内皮细胞结合，影响胎盘血管的正常功能，导致胎盘血栓形成、梗死，从而影响胚胎的血供，引发流产。自身免疫性疾病的发生与遗传、环境等多种因素相关，女性发病率相对较高，且病情可能在孕期加重，影响妊娠结局。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受不足，导致母体免疫系统攻击胚胎，引起流产。例如，封闭抗体缺乏时，母体不能产生足够的封闭抗体来保护胚胎，使其受到免疫攻击。这种情况在反复发生习惯性流产的女性中较为常见，免疫因素导致的习惯性流产不受性别限制，但女性更容易成为免疫攻击的一方。
感染因素
生殖道感染
细菌感染：如支原体、衣原体感染等。这些病原体可通过多种途径感染生殖道，影响子宫内膜的环境，干扰胚胎的着床和发育。有不洁性生活史、多个性伴侣的女性感染风险较高，不同年龄的女性都可能发生生殖道细菌感染，且男性感染也可能通过性生活传播给女性，影响妊娠。
病毒感染：如风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等。孕妇感染这些病毒后，病毒可通过胎盘感染胎儿，导致胎儿发育异常、流产等。在孕期接触过病毒感染患者或生活在病毒流行地区的女性感染风险增加，育龄女性尤其是备孕或孕期女性需特别注意预防病毒感染。
其他因素
生活方式因素
吸烟饮酒：孕妇长期吸烟或大量饮酒会增加习惯性流产的风险。烟草中的尼古丁和酒精会影响胎盘的血液循环，降低胎盘的供血供氧能力，不利于胚胎发育。有长期吸烟饮酒习惯的女性，无论年龄大小，都可能因这种不良生活方式增加流产风险。
过度劳累：长期过度劳累会使孕妇身体处于应激状态，影响内分泌平衡和免疫系统功能，从而增加流产几率。现代社会中，工作压力大的育龄女性容易出现过度劳累的情况，年龄较轻但工作强度大的女性风险相对较高。
全身性疾病：如糖尿病、高血压等。糖尿病患者如果血糖控制不佳，会影响胎盘的血管功能，导致胎盘缺血缺氧，增加流产风险；高血压患者血压控制不理想时，也会影响子宫胎盘的血流灌注，不利于胚胎发育。患有这些全身性疾病的女性，尤其是病情未得到良好控制的患者，在妊娠期间发生习惯性流产的风险较高，年龄较大合并有基础疾病的女性风险更突出。
