生化妊娠原因包括胚胎因素（染色体异常、胚胎发育潜能差）、母体因素（子宫因素、内分泌因素、免疫因素）、环境因素（化学物质接触、辐射暴露）。
一、胚胎因素
1.染色体异常
胚胎染色体异常是生化妊娠最常见的原因。正常受孕时，精子和卵子结合形成受精卵，若在细胞分裂过程中染色体发生数目或结构的异常，就会导致胚胎发育异常，无法正常着床。例如，在自然受孕的胚胎中，约50%-60%存在染色体异常情况，这种异常的胚胎往往会发生生化妊娠。从年龄因素来看，女性年龄越大，卵子质量下降，染色体异常的概率增加，35岁以上女性发生生化妊娠中因胚胎染色体异常的比例相对更高；男性年龄过大时，精子质量也会下降，同样会增加胚胎染色体异常的风险。
2.胚胎发育潜能差
即使胚胎染色体正常，其自身的发育潜能也可能存在问题。比如，卵子在发育过程中受到某些不良因素影响，或者精子质量不佳，都可能导致胚胎发育潜能不足，难以成功着床。一些生活方式因素也可能影响胚胎发育潜能，长期吸烟、酗酒的女性，其卵子和精子的质量会受到损害，进而影响胚胎发育，增加生化妊娠的发生几率。
二、母体因素
1.子宫因素
子宫解剖结构异常：如子宫畸形，像纵隔子宫、单角子宫等，会影响子宫的宫腔形态，使得胚胎着床的环境不佳。研究表明，患有子宫畸形的女性生化妊娠的发生率明显高于正常子宫的女性。此外，子宫内膜息肉、子宫肌瘤等病变也可能干扰胚胎着床。子宫内膜息肉会改变子宫内膜的微环境，影响胚胎的种植；较大的子宫肌瘤可能会压迫宫腔，影响胚胎着床位置的血供等。
子宫内膜容受性不良：子宫内膜容受性是指子宫内膜允许胚胎着床的能力，受多种因素调控。例如，子宫内膜厚度异常，过薄（小于7mm）或过厚（大于14mm）都可能影响胚胎着床。内分泌因素也会影响子宫内膜容受性，如黄体功能不全，导致孕激素分泌不足，子宫内膜不能良好转化，不利于胚胎着床。临床上，通过检测孕激素水平等可以辅助判断黄体功能情况，若黄体功能不全，就可能增加生化妊娠风险。
2.内分泌因素
激素水平失衡：除了黄体功能不全外，甲状腺功能异常也与生化妊娠相关。甲状腺激素对生殖系统的正常功能起着重要作用，甲状腺功能减退时，机体内分泌环境紊乱，会影响胚胎的着床和发育；甲状腺功能亢进时，也可能对妊娠产生不利影响。另外，高泌乳素血症会抑制排卵和影响子宫内膜的容受性，从而增加生化妊娠的发生概率。
3.免疫因素
自身免疫异常：母体自身存在免疫抗体，如抗磷脂抗体综合征，体内的抗磷脂抗体可导致胎盘血管血栓形成，影响胚胎的血供，使得胚胎难以着床或着床后发生流产，包括生化妊娠。系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病患者，由于自身免疫紊乱，也容易出现生化妊娠情况。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫排斥反应过强也可能导致生化妊娠。正常妊娠时，母体免疫系统会对胚胎产生一定的免疫耐受，但如果这种耐受机制出现异常，母体免疫系统将胚胎视为异物进行攻击，就会阻碍胚胎着床。
三、环境因素
1.化学物质接触
长期接触某些化学物质，如苯、甲醛等，可能会对生殖细胞产生损害，影响精卵结合及胚胎发育。在一些工作环境中，如化工企业、新装修的办公室等，如果长期暴露于这些化学物质中，女性发生生化妊娠的风险会增加。
2.辐射暴露
过量的辐射暴露，如长期接受X射线等辐射，会损伤生殖细胞的染色体，导致胚胎发育异常，增加生化妊娠的发生几率。从事放射相关工作的人员，如果没有做好防护措施，就面临较高的生化妊娠风险。
