生化妊娠的原因包括胚胎因素（染色体异常、胚胎质量不佳）、母体因素（子宫因素、内分泌因素、免疫因素）及其他因素（生活方式因素、环境因素）。胚胎染色体或质量异常易引发生化妊娠；子宫解剖结构或内膜异常、黄体功能不全、甲状腺功能异常、自身或同种免疫异常等母体因素会增加风险；年龄大、吸烟饮酒等生活方式及接触有害物质等环境因素也会导致生化妊娠发生率升高。
染色体异常：这是导致生化妊娠最常见的原因之一。正常的胚胎发育需要染色体数目和结构都正常，若胚胎染色体出现数目异常（如多一条染色体等）或结构异常（如染色体片段缺失、重复等），就会影响胚胎的正常着床和发育，进而引发生化妊娠。例如，在自然受孕的胚胎中，约50%-60%存在染色体异常情况，这种异常的胚胎往往无法正常生长，最终导致生化妊娠发生。
胚胎质量不佳：除了染色体因素外，胚胎自身的质量也很关键。如果精子或卵子的质量不好，比如精子活力低、畸形率高，或者卵子发育不成熟等，都可能导致形成的胚胎质量差，难以在子宫内成功着床，从而引发生化妊娠。
母体因素
子宫因素
子宫解剖结构异常：如子宫纵隔、宫腔粘连等。子宫纵隔会影响胚胎着床的空间，宫腔粘连则会使子宫内膜的容受性降低，不利于胚胎的种植。研究表明，患有子宫纵隔的女性发生生化妊娠的概率比正常女性明显升高。
子宫内膜因素：子宫内膜是胚胎着床的“土壤”，其厚度、容受性等都会影响胚胎着床。子宫内膜过薄（一般认为小于7mm可能会影响着床）、内分泌失调导致子宫内膜分泌反应不良等，都可能使胚胎无法着床，引发生化妊娠。例如，多囊卵巢综合征患者常存在内分泌紊乱，子宫内膜容受性下降，容易出现生化妊娠情况。
内分泌因素
黄体功能不全：黄体分泌的孕激素对于维持妊娠至关重要。如果黄体功能不全，孕激素分泌不足，就不能为胚胎着床和早期发育提供良好的内分泌环境，从而导致生化妊娠。有研究显示，约30%-40%的生化妊娠与黄体功能不全有关。
甲状腺功能异常：甲状腺激素对生殖系统的功能有重要影响。甲状腺功能减退或亢进都会影响妊娠过程。甲状腺功能减退时，机体的代谢水平降低，可能影响子宫内膜的容受性和胚胎的发育；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰妊娠的正常进行，增加生化妊娠的发生风险。
免疫因素
自身免疫异常：如存在抗磷脂抗体综合征等自身免疫性疾病，体内的自身抗体可能会攻击胚胎，影响胚胎的着床和发育。抗磷脂抗体可导致胎盘血管血栓形成，影响胚胎的血供，进而引发生化妊娠。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫排斥反应过强也可能导致生化妊娠。正常情况下，母体的免疫系统对胚胎有一定的耐受，但如果这种耐受机制出现异常，母体免疫系统将胚胎识别为“异物”并进行攻击，就会导致胚胎着床失败，发生生化妊娠。
其他因素
生活方式因素
年龄：女性的年龄对生化妊娠有影响。随着年龄的增长，尤其是35岁以上的女性，卵子的质量和数量都会下降，染色体异常的概率增加，同时子宫内环境也可能发生变化，这些因素都使得生化妊娠的发生率升高。例如，35岁女性生化妊娠的发生率比25岁女性明显增高。
吸烟、饮酒：吸烟会影响卵子和精子的质量，还会导致血管收缩，影响子宫胎盘的血供。饮酒则可能干扰内分泌系统，影响胚胎的发育。有研究表明，长期吸烟、饮酒的女性发生生化妊娠的风险比不吸烟、不饮酒的女性高。
环境因素：长期接触某些有害物质，如化学毒物、放射性物质等，可能会对胚胎造成损害，增加生化妊娠的发生概率。例如，在一些化工环境中工作的女性，长期接触有害化学物质，其生化妊娠的风险可能会升高。
