胚胎停止发育原因复杂，包括染色体异常（胚胎自身或父母染色体异常）、母体因素（内分泌异常、生殖系统解剖异常、感染因素、全身性疾病）、父亲因素（精子质量问题）、环境因素（化学物质接触、辐射暴露）等。
染色体异常
胚胎自身染色体异常：这是导致胚胎停止发育最常见的原因之一。在自然流产的胚胎中，约50%-60%存在染色体异常。胚胎的染色体异常可能是由于父母生殖细胞在减数分裂时发生染色体不分离、染色体结构畸变等情况所致。例如，父母一方或双方存在平衡易位等染色体结构异常，可遗传给胚胎，从而影响胚胎正常发育。这种情况在任何年龄的孕妇中都可能发生，但随着孕妇年龄的增加，染色体异常的发生率会升高，因为高龄孕妇的生殖细胞更容易发生染色体老化等改变。
父母染色体异常：若父母双方或一方的染色体存在异常，也可能传递给胚胎，导致胚胎染色体异常，进而引发胚胎停止发育。比如，父亲的精子染色体异常或母亲的卵子染色体异常，都可能使形成的胚胎染色体不符合正常发育的要求。
母体因素
内分泌异常
黄体功能不全：黄体分泌的孕酮对于维持妊娠至关重要。如果母体黄体功能不全，孕酮分泌不足，就无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，从而可能导致胚胎停止发育。研究表明，约30%-40%的复发性流产与黄体功能不全有关。例如，患有多囊卵巢综合征等疾病的女性，往往存在黄体功能不全的情况，其发生胚胎停止发育的风险相对较高。
甲状腺功能异常：甲状腺激素对胚胎的生长发育起着重要的调节作用。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌减少，会影响胚胎的代谢、生长和分化等过程，增加胚胎停止发育的风险；而甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也可能对胚胎造成不良影响，导致胚胎停止发育。临床研究发现，甲状腺功能异常的孕妇发生胚胎停止发育的概率明显高于甲状腺功能正常的孕妇。
生殖系统解剖异常
子宫畸形：如先天性子宫纵隔、单角子宫、双角子宫等。子宫畸形会影响子宫的宫腔形态和内膜环境，使得胚胎着床和发育的空间受限，从而增加胚胎停止发育的可能性。例如，子宫纵隔会分割宫腔，导致胚胎种植面积减少，影响胚胎的血供和营养供应，进而影响胚胎发育。
子宫肌瘤：较大的黏膜下子宫肌瘤可影响宫腔内环境，阻碍胚胎着床，或导致胎盘供血不足，从而引起胚胎停止发育。肌壁间子宫肌瘤如果体积过大，也可能对子宫肌层的血运产生影响，间接影响胚胎发育。
感染因素
TORCH感染：包括弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等。孕妇在孕期感染这些病原体后，病原体可通过胎盘感染胚胎，影响胚胎的正常发育，导致胚胎停止发育。例如，孕妇感染风疹病毒，在妊娠早期可引起胚胎白内障、心脏畸形、耳聋等多种先天性缺陷，甚至导致胚胎停止发育。
其他细菌或病毒感染：如孕妇在孕期发生支原体、衣原体感染，或流感病毒、新冠病毒等感染，也可能影响胚胎发育，增加胚胎停止发育的风险。例如，支原体感染可引起绒毛膜羊膜炎，影响胎盘功能，进而影响胚胎营养供应。
全身性疾病
糖尿病：患有未控制好的糖尿病的孕妇，高血糖可通过胎盘影响胚胎发育，导致胚胎高渗性利尿、电解质紊乱等，从而增加胚胎停止发育的风险。长期高血糖还可能导致胚胎血管发育异常，影响胚胎血供。
高血压：孕妇患有高血压且血压控制不佳时，会影响胎盘的血流灌注，导致胚胎缺血缺氧，进而可能引起胚胎停止发育。例如，慢性高血压孕妇如果血压长期处于较高水平，胎盘血管痉挛，血流减少，会影响胚胎的营养和氧气供应。
父亲因素
精子质量问题：父亲的精子染色体异常、精子畸形率过高或精子DNA碎片率过高，都可能影响胚胎的质量，增加胚胎停止发育的风险。例如，长期接触放射性物质、化学毒物、高温环境等，可导致精子染色体发生突变或精子质量下降。研究发现，精子DNA碎片率较高的男性所孕育的胚胎，发生胚胎停止发育的概率明显高于精子DNA碎片率正常的男性所孕育的胚胎。
环境因素
化学物质接触：孕妇在孕期接触过多的有害化学物质，如苯、甲醛、农药等，这些化学物质可通过呼吸道、皮肤等途径进入体内，影响胚胎的正常发育，导致胚胎停止发育。例如，长期在含有甲醛的新装修房屋中居住的孕妇，甲醛可通过胎盘影响胚胎，增加胚胎停止发育的风险。
辐射暴露：孕妇接触过量的辐射，如X射线、放射性物质等，可导致胚胎细胞受损，染色体畸变，从而引起胚胎停止发育。例如，在进行放射检查时未做好防护，或长期处于辐射环境中工作的孕妇，发生胚胎停止发育的风险会增加。
