扁平疣中医治疗方法是中药内服治疗、中药外治治疗、针灸治疗等。
1.中药内服治疗
中医认为扁平疣多与风热毒邪侵袭肌肤或肝虚血燥、筋气不荣有关，需根据辨证分型用药。例如风热蕴结型，治以疏风清热，可选用桑菊饮加减，该方中桑叶、菊花等有疏风清热功效，经临床研究显示对风热型扁平疣有一定疗效。
2.中药外治治疗
常用马齿苋、板蓝根、大青叶、木贼草等中药煎水外洗，这些药物具有清热解毒、抗病毒作用，现代药理学研究显示其中某些成分对引起扁平疣的人乳头瘤病毒（HPV）有一定抑制作用，外洗时需注意温度适宜，避免烫伤皮肤，儿童使用时需由成人操作并控制水温。
3.针灸治疗
选取合谷、曲池、血海、足三里等穴位进行针刺，通过调节人体气血经络来达到治疗扁平疣的目的。针刺操作需由专业医师进行，儿童针刺时要安抚其情绪，避免因恐惧不配合导致断针等意外情况。选取肺、肾上腺、内分泌等耳穴，通过埋针或压豆等方法刺激耳穴，调节机体免疫功能，辅助治疗扁平疣。
若患者合并其他慢性疾病，如糖尿病等，在进行中医治疗时需考虑基础疾病对治疗的影响及治疗方法对基础疾病的潜在作用。例如糖尿病患者皮肤愈合能力相对较弱，外治后需加强局部皮肤护理，防止感染，同时中药使用时要注意避免选用可能影响血糖的药物成分，需在医生综合考量下进行治疗。
