生化妊娠的原因包括胚胎因素（染色体异常、胚胎发育潜能差）、母体因素（内分泌因素如黄体功能不全、甲状腺功能异常；子宫因素如解剖结构异常、子宫内膜病变；免疫因素如自身免疫异常、同种免疫异常）及其他因素（生活方式因素如吸烟饮酒、过度肥胖或消瘦；环境因素如长期接触有害物质）。
染色体异常：这是导致生化妊娠最常见的原因之一。正常的妊娠需要胚胎有正常的染色体，如果胚胎染色体出现数目异常（如三体、单体等）或结构异常，会影响胚胎的正常发育，从而容易发生生化妊娠。例如，有研究发现，在自然流产的胚胎中，约50%-60%存在染色体异常情况，而生化妊娠中胚胎染色体异常的比例也较高。从年龄因素来看，女性年龄越大，卵子质量越容易出现问题，染色体异常的概率也会增加，进而导致生化妊娠的风险升高；男性精子质量不佳，染色体异常的精子也可能使胚胎染色体异常概率增加。
胚胎发育潜能差：即使胚胎染色体正常，其自身的发育潜能也可能存在问题。比如胚胎本身的基因表达异常等情况，会影响胚胎着床和进一步发育，最终导致生化妊娠。
母体因素
内分泌因素
黄体功能不全：黄体分泌的孕酮等激素对维持妊娠至关重要。如果黄体功能不全，分泌的孕酮不足，子宫内膜就不能很好地转化为适合胚胎着床的状态，从而影响胚胎着床，导致生化妊娠。有研究表明，黄体功能不全的女性发生生化妊娠的风险比正常女性高。从生活方式来看，长期熬夜、精神压力过大等可能会影响内分泌系统，进而影响黄体功能。
甲状腺功能异常：甲状腺激素对于胚胎的发育起着重要作用。甲状腺功能减退会导致甲状腺激素分泌不足，影响子宫内膜容受性和胚胎的发育；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也可能干扰妊娠的正常进行，增加生化妊娠的发生风险。例如，临床研究发现，甲状腺功能异常的女性怀孕后生化妊娠的发生率明显高于甲状腺功能正常的女性。
子宫因素
子宫解剖结构异常：如子宫畸形（如纵隔子宫、双角子宫等），会影响子宫的宫腔形态，使得子宫内膜的种植环境不佳，不利于胚胎着床，容易发生生化妊娠。另外，子宫内膜息肉、宫腔粘连等也会影响子宫内膜的容受性，导致胚胎难以着床而发生生化妊娠。
子宫内膜病变：子宫内膜炎等子宫内膜病变会改变子宫内膜的微环境，影响胚胎的着床和发育，增加生化妊娠的可能性。
免疫因素
自身免疫异常：如存在抗磷脂抗体综合征等自身免疫性疾病，体内的自身抗体可能会攻击胚胎，影响胚胎的着床和发育，导致生化妊娠。研究显示，抗磷脂抗体阳性的女性发生生化妊娠的概率相对较高。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受异常，母体免疫系统将胚胎识别为“异物”并进行攻击，从而导致生化妊娠。比如封闭抗体缺乏等情况可能会引起同种免疫异常，增加生化妊娠风险。
其他因素
生活方式因素
吸烟饮酒：女性吸烟会影响卵子质量和输卵管的功能，男性吸烟会影响精子质量，饮酒会影响生殖细胞的质量，这些都会增加生化妊娠的发生风险。有研究表明，长期吸烟饮酒的夫妇，其发生生化妊娠的概率比不吸烟饮酒的夫妇高。
过度肥胖或消瘦：过度肥胖会影响内分泌系统，导致激素水平失衡，影响排卵和子宫内膜容受性；过度消瘦则可能存在营养不良等情况，也会影响生殖内分泌功能，增加生化妊娠的可能性。例如，体质指数（BMI）过高或过低的女性，生化妊娠的发生率相对较高。
环境因素：长期接触某些有害物质，如重金属（铅、汞等）、有机溶剂等，可能会影响生殖细胞的质量和胚胎的发育，增加生化妊娠的风险。
