慢性咽炎难治愈的原因包括致病因素持续存在，如不良生活方式（不同年龄、性别人群及长期吸烟、处于污染环境、喜食刺激性食物、有过敏或鼻窦炎病史等）、职业因素（用嗓过度或接触有害化学物质）；治疗不规范，如药物使用不当（滥用抗生素）、治疗疗程不足（症状缓解就停药）；机体自身因素，如免疫功能异常（儿童、老年人及特殊时期女性免疫功能弱，少数有自身免疫性因素）、咽喉部解剖结构异常（扁桃体或腺样体肥大影响通气引流致炎症难消）。
一、致病因素持续存在
1.不良生活方式
年龄方面：不同年龄段人群可能有不同不良生活方式，如儿童若长期被动吸烟，烟雾中的有害物质会刺激咽喉部黏膜，导致慢性咽炎难以治愈；成年人若长期熬夜，会影响身体的免疫功能，使咽喉部抵御病菌的能力下降，从而让慢性咽炎迁延不愈。老年人本身身体机能衰退，若有长期饮酒习惯，酒精对咽喉黏膜的持续刺激会加重炎症状态。
性别方面：一般无明显性别差异导致致病因素持续，但女性若在经期等特殊时期，身体免疫力相对较低，若有不良生活方式，更易让慢性咽炎难以治愈。比如女性长期过度用嗓，像教师等职业女性，频繁用嗓会使咽喉部黏膜受损，且自身免疫力在经期等特殊阶段相对较弱，就不利于慢性咽炎的康复。
生活方式：长期吸烟的人，烟草中的尼古丁等多种有害物质会损伤咽喉部的纤毛运动和黏膜上皮，影响咽喉部的正常防御功能，使慢性咽炎持续存在。长期处于空气污染环境中，如工业污染区或雾霾天气频繁的地区，空气中的有害颗粒、化学物质等会不断刺激咽喉黏膜，导致慢性咽炎难以治愈。另外，长期喜食辛辣、过烫食物的人，这些刺激性食物会反复刺激咽喉黏膜，破坏黏膜的正常生理状态，使得慢性咽炎久治不愈。
病史方面：有过敏病史的人，若接触到过敏原，如花粉、尘螨等，会引发咽喉部的过敏反应，导致慢性咽炎反复发作且难以治愈。有鼻窦炎的患者，鼻腔分泌物倒流至咽喉部，持续刺激咽喉黏膜，也会使慢性咽炎处于持续的炎症状态，难以根治。
2.职业因素：某些职业人群因工作性质易患慢性咽炎且难治愈，比如教师、歌手等用嗓过度的职业，长时间的发声会使咽喉部黏膜疲劳、受损，自我修复能力下降，炎症难以消退；又如化工厂工人，长期接触有害化学物质，会直接损伤咽喉部组织，导致慢性咽炎持续存在。
二、治疗不规范
1.药物使用不当：在治疗慢性咽炎时，若没有根据具体病情合理用药，比如滥用抗生素，因为慢性咽炎大多不是细菌感染为主，滥用抗生素不仅不能起到治疗作用，还可能破坏咽喉部的正常菌群，导致病情反复，难以治愈。
2.治疗疗程不足：患者在治疗慢性咽炎时，症状稍有缓解就自行停药，没有完成规定的治疗疗程，使得炎症没有彻底消除，从而导致慢性咽炎反复发作，难以根治。例如使用一些清咽利喉的药物时，症状减轻后就停药，炎症可能还处于亚临床状态，很容易再次复发。
三、机体自身因素
1.免疫功能异常
年龄因素：儿童免疫功能尚未完全发育成熟，老年人免疫功能逐渐衰退，这两类人群免疫功能相对较弱，在应对咽喉部炎症时，清除病原体的能力不如成年人，所以慢性咽炎更难治愈。比如儿童患慢性咽炎时，其免疫细胞的活性和数量相对不足，对炎症的控制能力较差；老年人免疫器官萎缩，免疫功能低下，咽喉部炎症不易消退。
性别因素：一般免疫功能异常导致慢性咽炎难治愈无明显性别差异，但女性在孕期等特殊时期，免疫功能会发生变化，若此时患上慢性咽炎，由于免疫状态的改变，炎症可能更难控制。
自身免疫方面：极少数患者可能存在自身免疫性因素参与慢性咽炎的发病，自身免疫系统错误地攻击咽喉部组织，导致炎症持续存在且难以治愈。这种情况相对少见，但一旦存在，治疗会比较棘手。
2.咽喉部解剖结构异常：部分患者可能存在咽喉部解剖结构异常，如扁桃体肥大、腺样体肥大等，这些结构异常会影响咽喉部的通气和引流，使局部的炎症难以消除，从而导致慢性咽炎久治不愈。例如腺样体肥大的儿童，肥大的腺样体堵塞后鼻孔，导致鼻腔分泌物倒流，持续刺激咽喉部，引发慢性咽炎且难以治愈。
