生化妊娠受多种因素影响，包括染色体异常，如精子或卵子染色体数目、结构异常致受精卵异常难着床；女性生殖系统因素，子宫方面子宫内膜异常、子宫畸形影响着床，输卵管炎症等致受精卵运输受阻；内分泌因素，黄体功能不全使孕酮不足、甲状腺功能异常干扰生殖内分泌；免疫因素，自身免疫异常有自身抗体攻击受精卵等，同种免疫异常致母体对胚胎免疫耐受异常；男方因素，精子质量异常影响受精及受精卵质量；生活方式因素，不良生活习惯损害生殖细胞，过度劳累与精神压力干扰内分泌；高龄因素，随年龄增长卵子质量下降、生殖系统功能减退致生化妊娠风险升高。
一、染色体异常
染色体异常是导致生化妊娠的重要原因之一。正常的胚胎发育依赖于染色体数目和结构的正常。如果精子或卵子的染色体存在数目异常（如多一条或少一条染色体）或结构异常（如染色体片段缺失、重复等），形成的受精卵染色体就会异常，这样的受精卵很难着床成功，从而引发生化妊娠。例如，有研究表明，在自然流产的胚胎中，约50%-60%存在染色体异常情况，而生化妊娠中染色体异常的比例也较高，尤其在年龄较大的女性中，卵子质量下降，染色体异常的几率增加，生化妊娠的发生风险也相应升高。
二、女性生殖系统因素
1.子宫因素
子宫内膜异常会影响受精卵着床。子宫内膜过薄，其容受性降低，受精卵难以着床；子宫内膜息肉、子宫肌瘤等病变也会干扰受精卵的着床环境。比如子宫内膜息肉，它会占据宫腔内的空间，改变局部的微环境，影响胚胎的着床。研究发现，患有子宫内膜息肉的女性生化妊娠的发生率比正常女性高。
子宫畸形，如子宫纵隔等，会使宫腔形态异常，不利于受精卵的正常着床，增加生化妊娠的风险。
2.输卵管因素
输卵管炎症等病变可能导致输卵管通而不畅，影响受精卵的正常运输，使受精卵在输卵管内着床，即宫外孕，但有时也可能因为运输受阻，受精卵无法按时到达宫腔着床，从而发生生化妊娠。例如输卵管慢性炎症会导致输卵管黏膜粘连，管腔变窄，影响受精卵的运行。
三、内分泌因素
1.黄体功能不全
黄体分泌的孕酮等激素对维持妊娠至关重要。如果黄体功能不全，孕酮分泌不足，子宫内膜不能良好地转化为适合受精卵着床的状态，就容易导致生化妊娠。有研究显示，黄体功能不全的女性生化妊娠发生率明显高于黄体功能正常的女性。一般来说，女性体内孕酮水平低于一定数值时，就可能影响受精卵着床。
2.甲状腺功能异常
甲状腺功能减退或亢进都会影响生殖内分泌环境。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌减少，会干扰下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，影响卵子的发育和排卵，以及子宫内膜的容受性；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会影响生殖系统的正常功能，增加生化妊娠的风险。例如，甲状腺功能减退的女性在妊娠前如果没有将甲状腺功能调整到正常范围，发生生化妊娠的几率会增加。
四、免疫因素
1.自身免疫异常
一些自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮等，患者体内存在自身抗体，这些抗体可能攻击受精卵，影响其着床和发育。另外，抗磷脂抗体综合征患者体内的抗磷脂抗体可导致胎盘血管血栓形成，影响胚胎的血供，从而增加生化妊娠的发生风险。
2.同种免疫异常
母体对胚胎的免疫耐受异常也可能导致生化妊娠。正常妊娠时，母体免疫系统对胚胎产生一定的免疫耐受，使胚胎能够在母体内着床发育。如果这种免疫耐受机制出现异常，母体免疫系统将胚胎识别为“异物”并进行攻击，就会导致生化妊娠。
五、男方因素
男方精子质量异常也与生化妊娠有关。精子染色体异常、精子活力低下、精子畸形率高等都会影响受精过程和受精卵的质量。例如，精子畸形率过高时，畸形的精子参与受精形成的受精卵染色体等可能存在异常，从而容易发生生化妊娠。有研究发现，男方精子畸形率超过一定比例时，女方生化妊娠的发生率会升高。
六、生活方式因素
1.不良生活习惯
长期吸烟、酗酒的女性，其卵子和精子的质量会受到影响。烟草中的尼古丁等有害物质以及酒精都会损害生殖细胞，增加染色体异常的几率，进而提高生化妊娠的发生风险。例如，吸烟女性的卵子染色体异常率可能高于不吸烟女性。
2.过度劳累与精神压力
长期过度劳累会使身体处于应激状态，影响内分泌系统的平衡。精神压力过大时，体内会分泌过多的应激激素，干扰生殖内分泌功能，影响卵子和精子的质量以及受精卵的着床。研究表明，长期处于高压力状态下的女性，生化妊娠的发生率比压力较小的女性高。
七、高龄因素
随着女性年龄的增长，卵子质量逐渐下降，染色体异常的几率增加，同时生殖系统的功能也会有所减退，如子宫内膜容受性降低等，这些因素都会导致生化妊娠的发生风险升高。一般来说，35岁以上的女性生化妊娠的发生率明显高于35岁以下的女性。例如，35-39岁女性生化妊娠发生率约为25%-30%，而40岁以上女性生化妊娠发生率可高达50%左右。
