生化妊娠受多种因素影响，胚胎因素中染色体异常常见；母体因素包括内分泌（黄体功能不全、甲状腺功能异常）、子宫（解剖结构异常、内膜病变）、免疫（自身免疫异常、同种免疫异常）等方面异常；其他因素有生活方式（吸烟饮酒、过度劳累）和环境（接触有毒有害物质、高辐射）等因素均可能导致生化妊娠。
一、胚胎因素
1.染色体异常
胚胎染色体异常是导致生化妊娠最常见的原因之一。正常受孕时，精子和卵子结合形成受精卵，若受精卵本身存在染色体数目或结构的异常，如染色体数目非整倍体（常见的如21-三体、18-三体等）或染色体结构畸变，会使胚胎发育异常，难以着床或着床后很快流产，从而引发生化妊娠。这种情况在年龄较大的女性中相对更易发生，因为随着女性年龄增长，卵子质量下降，染色体异常的概率增加。例如，有研究表明，35岁以上女性胚胎染色体异常率明显高于年轻女性。
二、母体因素
1.内分泌因素
黄体功能不全：黄体分泌的孕酮对于维持子宫内膜容受性和妊娠的正常进行至关重要。如果黄体功能不全，会导致孕酮分泌不足，使得子宫内膜发育不同步，不能很好地支持受精卵着床，从而增加生化妊娠的发生风险。比如，在多囊卵巢综合征患者中，常存在黄体功能不全的情况，这与患者体内的内分泌紊乱有关，雄激素水平升高、胰岛素抵抗等因素影响了黄体的正常功能。
甲状腺功能异常：甲状腺激素参与机体的代谢调节，与生殖内分泌密切相关。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响子宫内膜的生长和胚胎的着床；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也可能干扰妊娠的正常进程，增加生化妊娠的发生几率。有研究发现，甲状腺功能异常的女性怀孕后发生生化妊娠的风险较甲状腺功能正常的女性显著升高。
2.子宫因素
子宫解剖结构异常：如子宫畸形（单角子宫、双角子宫、纵隔子宫等），会影响子宫的形态和宫腔内环境，使得受精卵着床困难。纵隔子宫患者，由于宫腔内存在纵隔，会占据部分宫腔空间，影响胚胎的正常着床位置和着床后胚胎的发育空间，进而导致生化妊娠的发生。另外，子宫内膜息肉也可能影响子宫内环境，息肉会干扰子宫内膜的容受性，阻碍受精卵着床。
子宫内膜病变：子宫内膜炎会使子宫内膜出现炎症反应，破坏子宫内膜的正常结构和功能，影响受精卵的着床。子宫内膜薄（如多次人工流产术后导致子宫内膜损伤，使子宫内膜厚度小于正常范围）也会降低子宫内膜的容受性，不利于受精卵着床，增加生化妊娠的风险。
3.免疫因素
自身免疫异常：某些自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮等，患者体内存在自身抗体，这些抗体可能攻击胚胎，导致免疫排斥反应，影响胚胎的着床和发育。另外，抗磷脂抗体综合征患者，体内的抗磷脂抗体可引起血管内皮细胞损伤，导致胎盘血管血栓形成，影响胚胎的血供，从而增加生化妊娠的发生风险。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受异常也可能导致生化妊娠。正常妊娠时，母体免疫系统对胚胎处于一种耐受状态，若这种耐受失衡，母体免疫系统将胚胎识别为外来异物并进行攻击，导致胚胎着床失败或早期流产，引发生化妊娠。
三、其他因素
1.生活方式因素
吸烟饮酒：女性吸烟会影响卵子质量和输卵管的功能，烟草中的尼古丁等有害物质会导致血管收缩，影响子宫和胎盘的血供，增加生化妊娠的风险。过量饮酒也会对生殖系统产生不良影响，酒精会干扰内分泌系统，影响激素的正常分泌和代谢，从而影响受精卵的着床和胚胎发育。例如，有研究显示，长期吸烟饮酒的女性怀孕后发生生化妊娠的概率明显高于不吸烟不饮酒的女性。
过度劳累：长期过度劳累会使身体处于应激状态，影响内分泌平衡和免疫系统功能，进而对生殖系统产生不利影响，增加生化妊娠的发生可能性。
2.环境因素
长期接触某些有毒有害物质，如苯、甲醛等化学物质，可能会影响生殖细胞的质量和胚胎的发育，增加生化妊娠的风险。另外，长期处于高辐射环境中，如放射科工作人员长期暴露于X射线环境下，也可能对生殖系统造成损害，导致生化妊娠的发生。
