生化妊娠受多种因素影响，胚胎因素中染色体异常常见；母体因素包括内分泌（黄体功能不全、甲状腺功能异常）、子宫（解剖结构异常）、免疫（自身免疫异常）等方面；环境因素有化学物质接触、辐射暴露；男方因素涉及精子质量问题及年龄影响，这些因素均可导致生化妊娠。
一、胚胎因素
染色体异常：胚胎染色体数目或结构异常是生化妊娠最常见的原因。正常受孕时，精子和卵子结合形成受精卵，若胚胎染色体出现问题，如数目异常（多倍体、单体等）或结构异常（缺失、易位等），往往无法正常发育，导致生化妊娠发生。例如，有研究表明，在早期自然流产中，约50%-60%与胚胎染色体异常有关，而生化妊娠作为早期妊娠丢失的一种特殊形式，很大程度上也与胚胎染色体异常相关。这种情况在各个年龄段的女性中都可能发生，但随着女性年龄增长，尤其是35岁以上女性，胚胎染色体异常的概率会明显增加，因为年龄增大卵子质量下降，染色体发生异常的风险升高。
二、母体因素
内分泌因素
黄体功能不全：黄体分泌的孕酮对于维持子宫内膜容受性和妊娠的继续非常重要。如果黄体功能不全，孕酮分泌不足，子宫内膜不能良好转化，就不利于受精卵着床或着床后难以维持妊娠，从而导致生化妊娠。例如，临床上通过检测孕酮水平来评估黄体功能，若孕酮水平低于正常妊娠相应时期的水平，就提示可能存在黄体功能不全的情况。育龄期女性都可能受到黄体功能不全的影响，尤其是本身有内分泌疾病（如多囊卵巢综合征等）的女性，患病后内分泌紊乱，更容易出现黄体功能不全。
甲状腺功能异常：甲状腺激素对生殖系统的正常功能有重要影响。甲状腺功能减退时，机体代谢减缓，可能影响子宫内膜的发育和胚胎的着床；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也可能干扰妊娠的正常进程。有研究发现，甲状腺功能异常的女性生化妊娠的发生率高于甲状腺功能正常的女性。不同年龄段女性都可能出现甲状腺功能异常，尤其是有甲状腺疾病家族史或自身免疫性疾病的女性更需关注甲状腺功能状况。
子宫因素
子宫解剖结构异常：如子宫畸形（纵隔子宫、单角子宫等），会影响子宫腔的形态，使得胚胎着床环境不佳，增加生化妊娠的风险。另外，子宫内膜息肉、宫腔粘连等也可能影响子宫内膜的容受性，导致受精卵难以着床或着床后容易发生流产。各种年龄段女性都可能存在子宫解剖结构异常相关问题，比如先天性子宫畸形在青春期女性中可能就已存在，而后天因宫腔操作等原因导致的宫腔粘连则可能出现在有过宫腔手术史的女性中。
免疫因素
自身免疫异常：某些自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮等，患者体内存在自身抗体，可能攻击胚胎，导致生化妊娠。另外，抗磷脂综合征也是常见的与妊娠相关的自身免疫性疾病，体内的抗磷脂抗体可引起胎盘血管血栓形成，影响胎盘血供，从而影响胚胎发育，引发生化妊娠。不同年龄段女性都可能患自身免疫性疾病，但育龄期女性相对更需要关注自身免疫状况对妊娠的影响，因为这一时期是生育的关键阶段。
三、环境因素
化学物质接触：长期接触某些化学物质，如苯、甲醛等，可能对生殖细胞造成损伤，影响胚胎的正常发育，增加生化妊娠的风险。例如，在一些职业环境中，如装修行业、化工行业等，从业人员长期接触相关化学物质，其生化妊娠的发生率可能会升高。不同年龄段从事相关职业的人群都可能面临这种环境因素的影响，尤其是育龄期有相关职业暴露的女性更应注意防护。
辐射暴露：过度暴露于电离辐射下，如接受大剂量的X线检查等，可能导致胚胎染色体畸变，引起生化妊娠。无论是儿童还是成年人，过度的辐射暴露都可能对生殖系统产生不良影响，但育龄期女性如果在妊娠前后过度接触辐射，对胚胎的影响更为关键。
四、男方因素
精子质量问题：精子染色体异常、精子活力低下、精子畸形率高等都可能影响受精过程和胚胎质量。有研究发现，精子DNA碎片率高的男性，其配偶生化妊娠的发生率相对较高。男性的年龄也是一个因素，随着男性年龄增长，精子质量也可能逐渐下降，染色体异常等问题的发生率升高，从而增加女方生化妊娠的风险。
