脑炎病因多样，包括感染因素（病毒、细菌、真菌等感染可引发脑炎）、自身免疫性因素（如抗NMDAR脑炎等自身免疫攻击脑组织所致）、其他因素（药物或中毒、某些遗传代谢性疾病等也可引起类似脑炎症状）。
一、感染因素引起的脑炎
（一）病毒感染
1.肠道病毒：
多种肠道病毒可引起脑炎，如柯萨奇病毒、埃可病毒等。肠道病毒主要通过粪-口途径传播，儿童由于卫生习惯相对较差等因素，更容易感染。例如，在夏季等肠道病毒活跃的季节，儿童若接触了被污染的水源或食物，就可能感染肠道病毒进而引发脑炎。肠道病毒感染后，会在肠道内繁殖，然后通过血液循环到达神经系统，引起中枢神经系统的炎症反应。
2.疱疹病毒：
单纯疱疹病毒是常见的引起脑炎的疱疹病毒之一。单纯疱疹病毒-1型主要引起成人脑炎，可通过密切接触传播，如口唇疱疹患者与他人接吻等可能导致病毒传播。病毒可经嗅神经等途径侵入脑部，在脑部神经细胞内复制，导致神经细胞的炎症、坏死等病变。水痘-带状疱疹病毒在儿童初次感染时引起水痘，当机体免疫力低下时，潜伏在体内的水痘-带状疱疹病毒可再激活，沿神经轴索移行至中枢神经系统，引发脑炎，老年人由于免疫力相对较低，感染后发生脑炎的风险相对较高。
3.虫媒病毒：
乙脑病毒是典型的虫媒病毒，通过蚊虫叮咬传播。在乙脑流行地区，儿童和青少年由于对乙脑病毒的免疫力相对较弱，是乙脑的高发人群。蚊虫叮咬了感染乙脑病毒的动物后，再叮咬人类，将病毒传入人体，病毒在体内繁殖后侵犯中枢神经系统。
（二）细菌感染
1.化脓性细菌：
肺炎链球菌、脑膜炎奈瑟菌等化脓性细菌可引起化脓性脑炎。肺炎链球菌可通过呼吸道侵入人体，当人体免疫力下降时，如儿童患有上呼吸道感染未及时控制，细菌可能进入血液循环，然后到达脑部引起炎症。脑膜炎奈瑟菌主要通过飞沫传播，在人群密集的场所，如学校、军营等，儿童和青少年容易被感染，细菌侵入人体后，可在血液中繁殖并侵犯脑膜和脑实质，导致化脓性脑炎。
2.结核分枝杆菌：
结核分枝杆菌引起的结核性脑炎多为血行播散所致。儿童由于免疫系统尚未完全发育成熟，更容易发生血行播散。当身体其他部位有结核病灶，如肺结核等，结核分枝杆菌可通过血液循环到达脑部，在脑部定植并引起炎症反应，形成结核性肉芽肿等病变，累及脑膜和脑实质。
（三）真菌感染
新型隐球菌是常见的引起真菌性脑炎的病原体。新型隐球菌广泛存在于土壤、鸽粪等环境中，免疫功能低下的人群更容易感染，如艾滋病患者由于CD4+T淋巴细胞计数明显降低，容易感染新型隐球菌。病原体可通过呼吸道吸入，然后经血行播散至脑部，引起隐球菌性脑炎，病变主要累及脑膜，也可侵犯脑实质。
二、自身免疫性因素引起的脑炎
自身免疫性脑炎是由于机体免疫系统错误地攻击自身脑组织引起的炎症。例如，抗N-甲基-D-天冬氨酸受体（NMDAR）脑炎，多见于青少年和儿童。其发病机制是患者体内产生了针对NMDAR的自身抗体，这些抗体与神经细胞表面的NMDAR结合，导致神经细胞功能紊乱，引起一系列神经精神症状、癫痫发作、意识障碍等脑炎相关表现。自身免疫性脑炎的发生与个体的遗传易感性以及环境因素等有关，遗传因素可能使个体更容易产生异常的自身抗体，而环境中的某些感染等因素可能触发自身免疫反应的启动。
三、其他因素引起的脑炎
（一）药物或中毒因素
某些药物可能引起药物性脑炎，如抗癫痫药物苯妥英钠等在个别患者中可能引发过敏反应导致脑炎样表现。另外，中毒也可引起脑炎，如重金属中毒（铅、汞等中毒），重金属可通过干扰神经细胞的代谢、损伤神经细胞等途径引起中枢神经系统的炎症反应。长期接触重金属污染环境的人群，如从事相关工业生产的工人等，有发生重金属中毒性脑炎的风险。
（二）其他罕见因素
某些遗传代谢性疾病也可能累及中枢神经系统，表现为类似脑炎的症状。例如，线粒体脑肌病，由于线粒体功能异常，影响能量代谢，导致神经细胞的功能障碍和损伤，进而引起中枢神经系统的炎症样改变或功能异常。这类疾病多在儿童期发病，与遗传因素密切相关，患者往往有家族遗传病史，在疾病过程中会逐渐出现神经系统症状，如癫痫、智力减退等类似脑炎的表现。
