生化妊娠的原因包括染色体异常（精子或卵子本身或受精卵早期分裂时染色体异常）、子宫因素（解剖结构异常如子宫畸形、手术史致宫腔粘连内膜损伤，内膜因素如厚度不合适或容受性差）、内分泌因素（激素水平异常如孕酮不足、hCG分泌异常，甲状腺功能异常）、免疫因素（自身免疫异常如存在抗磷脂抗体，同种免疫异常如母体对胚胎免疫排斥）、其他因素（生活方式如长期吸烟酗酒、过度胖瘦，环境因素如接触有害化学物质、高辐射）。
精子或卵子因素：男性精子染色体异常或女性卵子染色体异常是导致生化妊娠的常见原因之一。正常受孕需要精子和卵子携带的染色体都处于正常状态，以保证受精卵的正常发育。例如，有研究发现，高龄男性的精子染色体畸变率会升高，高龄女性卵子染色体异常的概率也增加，这些都可能引发生化妊娠。从年龄角度看，女性随着年龄增长，卵子质量下降，染色体异常的可能性增大；男性随着年龄增加，精子质量也可能出现问题，从而增加生化妊娠风险。
受精卵染色体异常：即使精子和卵子本身染色体正常，在受精过程中或受精卵早期分裂过程中也可能出现染色体异常，导致受精卵无法正常着床发育，进而发生生化妊娠。
子宫因素
子宫解剖结构异常：如子宫畸形，像纵隔子宫、单角子宫等，会影响受精卵的着床环境。纵隔子宫会使宫腔内的正常结构被破坏，不利于受精卵的种植和发育；单角子宫的宫腔形态异常，空间相对狭小，也可能导致生化妊娠。从病史角度，如果女性有子宫手术史，比如子宫肌瘤剔除术等，可能会造成子宫腔粘连或内膜损伤，影响受精卵着床，增加生化妊娠的发生几率。
子宫内膜因素：子宫内膜厚度不合适或内膜容受性差会影响生化妊娠。正常情况下，子宫内膜需要达到一定厚度（一般在8-12mm左右较为适宜）且具有良好的容受性才能让受精卵着床。如果子宫内膜过薄，厚度小于7mm，或者内膜容受性受到体内激素水平、自身免疫等因素影响而下降，受精卵就难以着床，从而引发生化妊娠。例如，一些内分泌失调的女性可能存在子宫内膜薄的情况，还有患有子宫内膜炎等疾病的女性，内膜容受性会受到影响。
内分泌因素
激素水平异常：
孕酮水平不足：孕酮在维持妊娠方面起着重要作用，它可以使子宫内膜转化为分泌期，有利于受精卵着床。如果黄体功能不全，会导致孕酮分泌不足，使得子宫内膜不利于受精卵着床，从而引发生化妊娠。有研究表明，约30%-40%的生化妊娠与黄体功能不全有关。从生活方式角度，长期熬夜、精神压力过大等可能会影响内分泌系统，进而影响孕酮的分泌。
人绒毛膜促性腺激素（hCG）分泌异常：hCG是由胎盘滋养层细胞分泌的一种糖蛋白激素，对维持妊娠至关重要。如果受精卵着床后hCG分泌量不足或分泌规律异常，不能支持胚胎的发育，就可能导致生化妊娠。比如，某些内分泌疾病可能影响hCG的正常分泌，或者胚胎本身发育异常导致hCG分泌不足。
甲状腺功能异常：甲状腺功能亢进或减退都会对妊娠产生影响。甲状腺激素参与机体的代谢调节，甲状腺功能亢进时，体内甲状腺激素水平过高，会影响生殖内分泌系统，导致子宫内膜容受性改变，增加生化妊娠的风险；甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，同样会影响激素平衡，不利于受精卵着床和发育。有研究发现，甲状腺功能异常的女性生化妊娠发生率高于甲状腺功能正常的女性。
免疫因素
自身免疫异常：女性体内存在抗磷脂抗体等自身抗体时，可能会影响胎盘的血液循环，导致胚胎供血不足，从而引发生化妊娠。抗磷脂抗体综合征患者就容易出现这种情况，其体内的自身抗体可与胎盘血管内皮细胞结合，引起血管栓塞，影响胚胎的营养供应。从病史角度，如果女性有自身免疫性疾病病史，如系统性红斑狼疮等，发生生化妊娠的可能性相对较高。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫排斥反应也可能导致生化妊娠。正常情况下，母体的免疫系统应该对胚胎产生耐受，但如果出现同种免疫异常，母体免疫系统将胚胎视为外来异物进行攻击，就会导致受精卵无法着床或着床后流产，表现为生化妊娠。
其他因素
生活方式因素：长期吸烟、酗酒的女性生化妊娠风险较高。吸烟会影响女性的卵巢功能和卵子质量，还会影响子宫内膜的容受性；酗酒会干扰体内的内分泌平衡和生殖系统功能，增加生化妊娠的发生几率。另外，过度肥胖或过度消瘦也可能影响内分泌和生殖系统的正常功能，导致生化妊娠。肥胖女性可能存在胰岛素抵抗等问题，影响激素水平和子宫内膜容受性；过度消瘦的女性营养状况不佳，也可能出现内分泌紊乱，从而增加生化妊娠风险。
环境因素：长期接触某些有害化学物质，如苯、甲醛等，可能会对生殖系统产生不良影响，增加生化妊娠的发生风险。此外，长期处于高辐射环境中，也可能影响生殖细胞的染色体等，导致生化妊娠。
