直肠神经内分泌肿瘤部分可治愈，早期低危患者经规范治疗后治愈率较高，晚期或高危患者则难以根治，需长期管理控制病情。
这类肿瘤的预后差异极大，核心在于肿瘤大小、浸润深度、是否转移及病理分级。若肿瘤直径小于1厘米，局限在直肠黏膜层或黏膜下层，无淋巴结及远处转移（属于G1或G2级，恶性程度低），通过内镜下黏膜切除术或局部外科手术完整切除病灶后，多数患者可实现临床治愈，术后定期随访即可，复发率极低。
若肿瘤直径超过2厘米，已侵犯直肠肌层甚至更深，或出现淋巴结转移、远处转移（如肝转移），或病理分级为G3级（恶性程度高），治愈难度会显著增加。此时治疗以手术结合靶向治疗、化疗等综合方案为主，目标是控制肿瘤进展、缓解症状、延长生存期，虽难以彻底清除肿瘤，但规范治疗可大幅改善患者生活质量，延长生存时间。
总体而言，早期发现并积极治疗是提升直肠神经内分泌肿瘤治愈率的关键，定期随访也有助于及时应对可能的复发情况。
