影响先天性脑发育不良痊愈几率并不明确，受病情严重程度、病因差异、干预治疗时机等因素影响。
1.病情严重程度
若病变范围局限且程度较轻，例如仅存在轻微的脑沟回发育稍异常等情况，在早期通过规范的康复训练等干预措施，有一定几率实现功能的部分改善，痊愈几率相对稍高，但也难以达到完全正常，可能能达到接近正常的功能状态，不过具体几率因个体差异而异，一般在部分患儿中可获得一定程度的功能提升。当出现明显的大脑结构严重异常、伴有严重的运动功能障碍、智力显著低下等情况时，痊愈几率极低。此类患儿往往会遗留永久性的功能缺陷，如严重的肢体瘫痪、重度智力障碍等，因为脑部的严重损伤已造成不可逆的神经结构改变，很难通过治疗达到完全正常的痊愈状态。
2.病因差异
如果先天性脑发育不良是由可纠正的因素引起，比如孕期母亲缺乏某些重要营养素导致胎儿脑发育受影响，在出生后及时补充相应营养素并配合早期康复干预，部分患儿有可能获得较好的恢复，痊愈几率相对有所提升，但也难以达到完全正常，可能会遗留一定程度的轻微缺陷。若是由遗传因素导致的先天性脑发育不良，如某些遗传性基因缺陷引起的脑发育异常，由于基因层面的异常难以逆转，痊愈几率非常低。此类患儿通常会伴随持续的严重功能障碍。
3.干预治疗时机
出生后尽早发现并开始干预治疗，例如在婴儿期就启动康复训练、营养支持等综合干预措施，对于轻度或部分中轻度的先天性脑发育不良患儿，能够最大程度地促进神经功能的恢复，提高改善的几率，虽然很难完全痊愈，但能显著改善预后，提升生活自理及部分功能能力。若错过了早期干预的最佳时期，等到患儿年龄较大才开始治疗，此时脑部的可塑性降低，神经修复困难，痊愈几率会大大降低，往往只能改善部分症状，难以达到理想的完全正常的痊愈状态。
