小儿脑膜炎可由细菌、病毒及其他病原体感染引起。细菌感染方面，肺炎链球菌易致2岁-5岁小儿患病，B族链球菌使新生儿高危，流感嗜血杆菌多见于5岁以下小儿；病毒感染中，肠道病毒经粪-口传播，单纯疱疹病毒可经密切接触传播；其他病原体感染里，结核分枝杆菌可致小儿结核性脑膜炎，新型隐球菌可致小儿新型隐球菌性脑膜炎。
一、细菌感染引起
1.肺炎链球菌：是小儿脑膜炎常见的致病菌之一。肺炎链球菌通常存在于人的鼻咽部，当小儿机体免疫力下降时，细菌可通过血液循环侵入脑膜引发感染。儿童时期，尤其是2岁-5岁的小儿相对更容易受到肺炎链球菌的侵袭，因为此阶段小儿的免疫系统尚未完全发育成熟，对肺炎链球菌的抵御能力较弱。例如，在一些呼吸道感染后，肺炎链球菌可能趁机进入血液，进而到达脑膜导致脑膜炎发生。
2.B族链球菌：新生儿是B族链球菌感染的高危人群。B族链球菌可在分娩过程中由母亲垂直传播给胎儿，新生儿感染后若未及时治疗，细菌可侵犯脑膜引起脑膜炎。新生儿的免疫系统极其脆弱，对于B族链球菌的防御能力几乎为零，所以分娩过程中的垂直传播是新生儿患B族链球菌性脑膜炎的主要途径。
3.流感嗜血杆菌：多见于5岁以下小儿，尤其是2岁-4岁的小儿。流感嗜血杆菌主要通过呼吸道飞沫传播，当小儿吸入含有该细菌的飞沫后，细菌可在呼吸道局部繁殖，随后进入血液循环，到达脑膜引发炎症。小儿的呼吸道黏膜屏障功能相对较弱，容易让流感嗜血杆菌入侵，而且此年龄段小儿对流感嗜血杆菌的特异性免疫反应尚未完善，使得流感嗜血杆菌性脑膜炎在该年龄段较为高发。
二、病毒感染引起
1.肠道病毒：是引起小儿病毒性脑膜炎较常见的病原体，包括柯萨奇病毒、埃可病毒等。肠道病毒主要通过粪-口途径传播，小儿由于卫生习惯较差，容易接触被肠道病毒污染的物品后经口感染。病毒进入人体后，可通过血液循环到达脑膜，引发脑膜的炎症反应。小儿的消化系统发育尚不完善，肠道屏障功能相对较弱，增加了肠道病毒感染的风险，而且小儿之间的密切接触也容易导致肠道病毒在儿童群体中传播，从而引发脑膜炎。
2.单纯疱疹病毒：可引起小儿单纯疱疹病毒性脑膜炎。单纯疱疹病毒分为1型和2型，1型主要引起口唇疱疹等，2型主要与生殖器疱疹相关，但都可引起中枢神经系统感染。单纯疱疹病毒可通过密切接触传播，小儿在与感染者接触过程中可能感染该病毒，病毒可侵犯中枢神经系统，包括脑膜，导致脑膜炎发生。小儿的免疫系统对单纯疱疹病毒的识别和清除能力有限，当病毒侵入后容易在中枢神经系统内繁殖，引发炎症。
三、其他病原体感染引起
1.结核分枝杆菌：小儿结核性脑膜炎多由结核分枝杆菌引起。结核分枝杆菌可通过呼吸道传播，小儿吸入含有结核分枝杆菌的飞沫后感染。结核分枝杆菌进入人体后，可经血行播散至脑膜，在脑膜部位定植并繁殖，引起脑膜的炎症反应。小儿如果有结核病接触史，或者自身患有原发性结核病，如肺结核等，就更容易发生结核分枝杆菌经血行播散至脑膜引发脑膜炎的情况，因为小儿的机体抵抗力相对较低，结核分枝杆菌容易在体内扩散。
2.新型隐球菌：新型隐球菌性脑膜炎在小儿中相对较少见，但也可发生。新型隐球菌广泛存在于土壤、鸽粪等环境中，小儿可能通过吸入含有新型隐球菌的尘埃而感染。新型隐球菌感染人体后，可经血液循环到达脑膜，引起脑膜的炎症。小儿的免疫系统对于新型隐球菌的防御能力较弱，尤其是一些免疫功能低下的小儿，如患有先天性免疫缺陷病的小儿，更容易感染新型隐球菌并引发脑膜炎。
