生化妊娠受多种因素影响，包括染色体异常（胚胎或精卵子染色体异常、女性男性年龄影响）、子宫因素（解剖结构异常如子宫畸形、子宫内膜因素如厚度和容受性异常）、内分泌因素（黄体功能不全、甲状腺功能异常）、免疫因素（自身免疫异常如抗磷脂抗体综合征、同种免疫异常如母体免疫耐受异常）、生活方式因素（吸烟饮酒、过度肥胖或消瘦）、感染因素（生殖道支原体衣原体、病毒感染等引起炎症影响胚胎着床发育）。
子宫因素
1.子宫解剖结构异常：如子宫畸形，像纵隔子宫、双角子宫等，会影响胚胎的着床环境。子宫纵隔会占据宫腔空间，改变宫腔内的微环境，使得胚胎难以正常着床和发育；双角子宫的宫腔形态异常，也不利于胚胎的种植和生长，容易引发生化妊娠。
2.子宫内膜因素：子宫内膜的厚度和容受性对胚胎着床至关重要。子宫内膜过薄，厚度小于一定数值（一般认为小于7-8mm）时，胚胎难以着床；子宫内膜容受性异常，比如子宫内膜局部免疫环境异常、细胞因子分泌异常等，都会影响胚胎与子宫内膜的相互作用，导致生化妊娠发生。一些患有子宫内膜炎等疾病的女性，子宫内膜的正常结构和功能受到破坏，也会增加生化妊娠的风险。
内分泌因素
1.黄体功能不全：黄体分泌的孕酮对于维持妊娠至关重要。如果黄体功能不全，孕酮分泌不足，就无法为胚胎着床和早期发育提供良好的内分泌环境。女性体内的促黄体生成素、雌二醇等激素水平异常，会影响黄体的功能，从而增加生化妊娠的可能性。例如多囊卵巢综合征患者，常常存在黄体功能不全的情况，容易发生生化妊娠。
2.甲状腺功能异常：甲状腺激素对生殖系统的功能有重要影响。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌减少，会影响子宫内膜的容受性和胚胎的发育；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰妊娠的正常进程，增加生化妊娠的风险。无论是临床诊断明确的甲状腺疾病患者，还是甲状腺功能处于亚临床异常状态的人群，都可能因甲状腺功能异常而导致生化妊娠。
免疫因素
1.自身免疫异常：比如存在抗磷脂抗体综合征，体内产生的抗磷脂抗体可与胎盘滋养细胞结合，影响胎盘的血液循环，导致胚胎缺血缺氧，进而引发生化妊娠。其他自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮等，也可能通过免疫机制影响妊娠，增加生化妊娠的发生几率。
2.同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受异常，可能导致母体免疫系统攻击胚胎，使得胚胎无法正常着床和发育。例如夫妻双方人类白细胞抗原（HLA）相容性过高，会影响母体对胚胎的免疫耐受，增加生化妊娠的风险。
生活方式因素
1.吸烟饮酒：女性吸烟会影响卵子的质量和输卵管的功能，增加染色体异常的风险，同时还会改变体内的激素水平和凝血状态，不利于胚胎着床；男性吸烟饮酒会影响精子的质量和活力，导致受精卵质量下降。长期大量吸烟饮酒的人群，生化妊娠的发生率相对较高。
2.过度肥胖或消瘦：过度肥胖会导致内分泌紊乱，影响激素水平和子宫内膜容受性；过度消瘦则可能存在营养不良等情况，影响身体的整体健康状况和生殖系统的功能，都可能增加生化妊娠的发生风险。例如肥胖女性往往伴有胰岛素抵抗等问题，会干扰妊娠相关的内分泌和代谢过程。
感染因素
某些病原体感染也可能引发生化妊娠。例如生殖道支原体、衣原体感染，可引起子宫内膜炎症，破坏子宫内膜的正常结构和功能，影响胚胎着床；病毒感染如风疹病毒、巨细胞病毒等，在孕期感染可能影响胚胎发育，增加生化妊娠的可能性。尤其是准备怀孕或已经怀孕的女性，如果发生了相关病原体感染，没有及时治疗或控制，就容易出现生化妊娠的情况。
