儿童退烧后又烧的原因包括感染因素未控制（病毒感染如流感病毒、肠道病毒，细菌感染如肺炎链球菌引起的肺炎等）、非感染因素（自身免疫性疾病如幼年特发性关节炎、系统性红斑狼疮，川崎病等）、体温调节因素（散热与产热失衡）以及其他情况（接种疫苗后反应、环境因素影响）。
一、感染因素未控制
（一）病毒感染
例如流感病毒感染，孩子感染流感病毒后，体温可能会有波动。流感病毒在体内复制繁殖的过程中会不断刺激机体免疫系统，导致体温反复。研究表明，流感病毒感染后发热时间一般可持续3-5天，且容易出现退了又烧的情况。儿童由于免疫系统发育尚不完善，感染流感病毒后更易出现这种体温反复的现象。
其他病毒如肠道病毒等引起的感染，病毒在体内持续存在并引发免疫反应，使得体温调节中枢功能紊乱，从而出现退烧后再次发热的情况。
（二）细菌感染
像肺炎链球菌引起的肺炎，细菌在肺部引发炎症反应，人体免疫系统在与细菌斗争过程中会导致体温波动。当使用抗生素后，初期可能体温下降，但如果细菌没有被完全清除，体温就会再次升高。例如儿童肺炎患者，经过抗感染治疗后，可能会出现体温先下降后又上升的情况，这是因为细菌感染的病灶没有彻底消除，体内炎症仍在持续。
二、非感染因素
（一）自身免疫性疾病
比如幼年特发性关节炎，这是儿童时期常见的自身免疫性疾病，免疫系统错误地攻击自身组织，导致炎症反应，引起发热，而且体温容易反复。患儿除了发热退了又烧外，还可能有关节肿胀、疼痛等表现，这种疾病在儿童中的发病与自身免疫机制异常有关，不同年龄段儿童均可发病，但以学龄前期儿童相对多见。
系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病也可能累及儿童，引发发热反复的情况，由于自身免疫紊乱，机体持续处于炎症状态，体温调节失衡。
（二）川崎病
这是一种以全身血管炎为主要病变的急性发热出疹性小儿疾病，病因尚未完全明确，可能与感染等因素有关。患儿会出现持续发热，体温可达39℃以上，发热持续5天以上，使用抗生素治疗无效，退烧后又可能再次发热，同时还伴有球结合膜充血、口唇潮红皲裂、手足硬性水肿等表现，多见于5岁以下儿童。
三、体温调节因素
（一）散热与产热失衡
儿童的体温调节中枢发育还不成熟，当外界环境温度变化时，容易影响体温调节。例如孩子在退烧后，外界环境温度较低，或者穿着过多导致散热减少，而身体产热仍可能处于相对较高的状态，就会出现体温再次升高的情况。在寒冷环境中，儿童皮肤血管收缩，散热减少，但如果之前发热导致机体代谢紊乱，产热可能不能及时通过有效的散热途径排出，从而引起体温反复。
另外，孩子活动后，身体产热增加，如果此时没有及时补充水分等，也可能导致体温调节失衡，出现退烧后又烧的情况。
四、其他情况
（一）接种疫苗后反应
部分儿童在接种疫苗后会出现发热反应，一般是疫苗引起的免疫反应导致。有些儿童可能在接种后体温下降，但由于疫苗接种引发的免疫反应有一个过程，可能会再次出现发热。例如接种百白破疫苗后，少数儿童会在接种后1-2天出现低热，然后可能体温恢复正常，但也有部分儿童会出现体温再次升高的情况，一般体温不会很高，多在38℃以下，这是因为疫苗接种后机体的免疫应答有波动，儿童个体差异不同，表现也有所不同。
不同疫苗引起的这种体温反复情况有所差异，家长需要密切观察儿童接种疫苗后的体温变化及其他伴随症状。
（二）环境因素影响
室内温度过高或过低都可能影响儿童体温。如果室内温度过高，儿童散热困难，即使之前体温退了，也可能因为环境因素导致体温再次升高。例如在炎热的夏季，室内空调温度设置不当，儿童穿着过厚，就容易出现体温反复的情况。而室内温度过低时，儿童身体为了维持体温，可能会通过代谢增加产热，也可能导致体温调节紊乱，出现退烧后又烧的现象。
