生化妊娠受多种因素影响，包括染色体异常（胚胎染色体异常常见，女性年龄增长卵子染色体异常概率增，男性年龄增长精子染色体也可能异常）、子宫因素（子宫解剖结构异常如畸形、息肉及子宫内膜容受性不良）、内分泌因素（黄体功能不全、甲状腺功能异常）、免疫因素（自身免疫异常如自身抗体攻击胚胎、同种免疫异常母体对胚胎免疫耐受不足）、其他因素（生活方式如吸烟酗酒、肥胖消瘦，环境因素如接触化学放射性物质）。
年龄因素影响：随着女性年龄的增长，卵子质量下降，染色体发生异常的概率会显著增加。女性35岁以后，卵子染色体异常的发生率明显升高，这使得生化妊娠的发生风险随之上升。而男性随着年龄增长，精子的染色体也可能出现异常，同样会增加生化妊娠的可能性。
子宫因素
子宫解剖结构异常：
子宫畸形：如纵隔子宫、双角子宫等子宫畸形情况，会影响胚胎的着床和发育环境。子宫腔内的异常结构会干扰胚胎的正常种植，导致胚胎难以在子宫内稳定着床，从而增加生化妊娠的发生几率。例如，纵隔子宫会使宫腔内的空间相对狭窄且环境异常，不利于胚胎的生长发育。
子宫内膜息肉：子宫内膜息肉会改变子宫内膜的容受性，息肉占据宫腔内的部分空间，影响胚胎与子宫内膜的接触和种植，进而影响胚胎的发育，增加生化妊娠风险。研究发现，患有子宫内膜息肉的女性生化妊娠发生率高于正常女性。
子宫内膜容受性不良：子宫内膜容受性是指子宫内膜允许胚胎着床的能力。一些因素如子宫内膜厚度异常（过薄或过厚）、子宫内膜炎等都可能导致子宫内膜容受性不良。子宫内膜过薄时，胚胎缺乏足够的营养支持和合适的着床环境；子宫内膜炎会使子宫内膜处于炎症状态，影响胚胎的种植和发育，从而引发生化妊娠。
内分泌因素
黄体功能不全：黄体分泌的孕酮对于维持妊娠至关重要。如果黄体功能不全，孕酮分泌不足，就无法为胚胎着床和早期发育提供良好的内分泌环境。例如，黄体期孕激素水平低于正常范围，会影响子宫内膜的转化，使胚胎难以着床或着床后不稳定，容易发生生化妊娠。有研究显示，黄体功能不全的女性生化妊娠发生率较正常女性高2-3倍。
甲状腺功能异常：甲状腺激素参与人体的多种代谢过程，与生殖内分泌密切相关。甲状腺功能减退时，机体内分泌环境紊乱，会影响排卵、受精以及胚胎的发育；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰生殖系统的正常功能，增加生化妊娠的发生风险。例如，临床研究发现，甲状腺功能异常的女性在妊娠早期发生生化妊娠的概率明显高于甲状腺功能正常的女性。
免疫因素
自身免疫异常：某些自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮等，会产生自身抗体，这些抗体可能攻击胚胎，影响胚胎的正常发育。自身免疫异常导致体内的免疫平衡被打破，对胚胎产生排斥反应，从而引发生化妊娠。另外，抗磷脂抗体综合征也是常见的与免疫相关的导致生化妊娠的因素，抗磷脂抗体可干扰胎盘的血管形成，影响胚胎的血液供应，导致胚胎发育不良而发生生化妊娠。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受不足也可能导致生化妊娠。正常妊娠时，母体免疫系统需要对胚胎产生适当的免疫耐受，以允许胚胎在子宫内着床和发育。如果母体对胚胎的同种免疫反应过强，将胚胎识别为“异物”并进行攻击，就会影响胚胎的存活，导致生化妊娠发生。
其他因素
生活方式因素：长期吸烟、酗酒的女性，其发生生化妊娠的风险较高。吸烟会影响卵子和精子的质量，还会影响子宫内膜的容受性；酗酒会干扰内分泌系统，影响激素的正常分泌和代谢，从而对胚胎的发育产生不利影响。另外，过度肥胖或过度消瘦也可能影响内分泌平衡和生殖系统功能，增加生化妊娠的发生几率。肥胖女性往往存在胰岛素抵抗等问题，会影响生殖内分泌；过度消瘦则可能导致体内激素水平异常，影响排卵等生殖过程。
环境因素：长期接触某些化学物质、放射性物质等环境污染物，可能会对生殖细胞的染色体等造成损害，增加生化妊娠的发生风险。例如，长期处于含有苯、甲醛等有害物质的环境中，会影响生殖系统的正常功能，导致胚胎发育异常，引发生化妊娠。
