生化妊娠的病因包括胚胎因素（染色体异常是常见原因，不同年龄胚胎染色体异常发生率不同）、母体因素（子宫结构异常、内膜容受性异常、内分泌黄体功能不全、甲状腺功能异常、免疫自身及同种免疫异常）、环境因素（化学物质接触、辐射暴露）、生活方式因素（吸烟饮酒、过度劳累）。
一、胚胎因素
染色体异常：这是导致生化妊娠最常见的原因之一。正常的胚胎发育需要染色体数目和结构都正常，若胚胎染色体出现数目异常（如多倍体、单体等）或结构异常（如染色体缺失、易位等），会影响胚胎的正常着床和发育，从而引发生化妊娠。例如，在自然受孕的胚胎中，约50%-60%存在染色体异常情况，这类异常胚胎往往无法正常发育至着床后继续妊娠，进而发生生化妊娠。不同年龄阶段的女性，胚胎染色体异常的发生率有所不同，一般随着女性年龄增长，尤其是35岁以上的女性，胚胎染色体异常的概率明显升高，这也是该年龄段生化妊娠发生率相对较高的原因之一。
二、母体因素
子宫因素
子宫解剖结构异常：如子宫畸形（双角子宫、纵隔子宫等），会影响宫腔内环境，使胚胎着床困难。研究表明，患有子宫畸形的女性发生生化妊娠的风险比正常女性高。例如，纵隔子宫会导致宫腔容积减小，内膜血供不均匀，不利于胚胎的着床和生长。
子宫内膜容受性异常：子宫内膜容受性是指子宫内膜允许胚胎着床的能力。一些因素可影响子宫内膜容受性，如子宫内膜厚度异常，过薄或过厚都不利于胚胎着床。正常子宫内膜厚度在排卵期应达到8-12mm左右，若子宫内膜厚度小于7mm，胚胎着床的概率会降低，易发生生化妊娠；另外，子宫内膜炎等炎症性疾病会改变子宫内膜的局部微环境，影响胚胎的着床，增加生化妊娠的发生风险。
内分泌因素
黄体功能不全：黄体分泌的孕酮等激素对维持妊娠至关重要。黄体功能不全时，孕酮分泌不足，子宫内膜分泌反应不良，不利于胚胎着床。有研究显示，黄体功能不全的女性生化妊娠发生率较正常女性高2-3倍。例如，在排卵后检测孕酮水平低于正常范围（一般孕酮水平在排卵后7天应大于15ng/ml），提示黄体功能不全，这种情况下胚胎难以着床或着床后易发生流产，表现为生化妊娠。
甲状腺功能异常：甲状腺激素对生殖系统的正常功能有重要影响。甲状腺功能减退时，机体内分泌紊乱，会影响子宫内膜的容受性和胚胎的发育。临床研究发现，甲状腺功能减退的女性妊娠后发生生化妊娠的风险增加。例如，甲状腺过氧化物酶抗体阳性的女性，甲状腺功能可能受到影响，进而影响妊娠结局。而甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也可能干扰生殖内分泌轴，导致生化妊娠的发生。
免疫因素
自身免疫异常：如存在抗磷脂抗体综合征等自身免疫性疾病，体内的自身抗体可攻击胎盘滋养层细胞，影响胚胎的着床和发育。抗磷脂抗体可导致胎盘血管血栓形成，胎盘血供减少，从而引起生化妊娠。有抗磷脂抗体阳性的女性，生化妊娠的发生率明显高于抗体阴性的女性。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受异常也可能导致生化妊娠。正常妊娠时，母体免疫系统对胚胎产生适度的免疫耐受，以允许胚胎在子宫内着床和发育。若母体对胚胎的免疫耐受不足，免疫系统攻击胚胎，就会导致生化妊娠。例如，一些女性可能存在自然杀伤细胞活性异常增高的情况，自然杀伤细胞活性过高会杀伤胚胎滋养层细胞，影响胚胎着床。
三、环境因素
化学物质接触：长期接触某些化学物质，如苯、甲醛等有机溶剂，或铅、汞等重金属，可能影响生殖细胞的质量和胚胎的发育，增加生化妊娠的风险。例如，在一些化工行业工作的女性，长期接触有害化学物质，其生化妊娠的发生率较一般人群高。
辐射暴露：过量的辐射暴露，如接受大剂量的X线照射等，会损伤生殖细胞和胚胎组织，影响胚胎的正常发育，导致生化妊娠。例如，从事放射工作的人员，如果防护不当，长期受到辐射，其生育过程中发生生化妊娠的可能性增加。
四、生活方式因素
吸烟饮酒：女性吸烟会影响卵子的质量，降低输卵管的蠕动功能，不利于受精卵的运输和着床；饮酒会干扰内分泌系统，影响激素的正常分泌，从而增加生化妊娠的发生概率。有研究表明，每天吸烟超过10支或每周饮酒超过3次的女性，生化妊娠的发生率明显高于不吸烟不饮酒的女性。
过度劳累：长期处于过度劳累的状态下，会使身体处于应激状态，影响内分泌平衡和免疫系统功能，进而影响生殖系统的正常功能，增加生化妊娠的风险。例如，一些工作压力大、长期加班的女性，由于身体和精神长期处于紧张状态，生化妊娠的发生率可能会升高。
