巧克力卵巢囊肿的发生与经血逆流种植、免疫因素、内分泌因素有关。经血逆流种植与女性生理结构及遗传因素相关；免疫因素包括免疫系统功能异常和细胞因子失衡；内分泌因素涉及雌激素水平过高促进异位内膜生长、孕激素水平不足不利于抑制异位内膜生长，不同年龄阶段女性在这些因素影响下均可能发病。
一、经血逆流种植
1.女性生理结构因素
女性的生殖系统在胚胎发育等过程中，子宫内膜组织有可能异位到卵巢等部位。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内激素影响，周期性地脱落形成月经。但在月经期间，部分经血可能会通过输卵管逆流至盆腔，其中的子宫内膜细胞就有可能种植在卵巢表面等部位。这种情况在有经期剧烈运动、性生活等情况时可能更易发生，因为这些行为可能会促使经血逆流加剧。对于不同年龄阶段的女性，青春期女性生殖系统逐渐发育成熟，经期如果不注意相关情况也可能增加经血逆流风险；育龄期女性月经周期正常，但如果存在上述诱发经血逆流的因素，同样面临风险；围绝经期女性生殖系统开始衰退，但仍可能存在经血逆流相关情况。
2.遗传因素
有研究表明，巧克力卵巢囊肿具有一定的遗传易感性。如果家族中有亲属患有巧克力卵巢囊肿等相关疾病，那么个体患病的风险可能会增加。从遗传学角度看，某些基因的突变或异常表达可能与子宫内膜异位种植的倾向有关。比如一些与细胞黏附、免疫调节等相关的基因，如果存在遗传上的缺陷，就可能影响子宫内膜细胞的正常代谢和免疫清除，从而更容易导致子宫内膜细胞在卵巢等部位种植并发展为巧克力卵巢囊肿。不同性别在遗传易感性上可能没有明显的本质差异，但家族遗传史对女性群体中巧克力卵巢囊肿的发生有一定影响。
二、免疫因素
1.免疫系统功能异常
人体的免疫系统在正常情况下能够识别和清除异位的子宫内膜细胞。但当免疫系统功能出现异常时，就可能无法有效清除这些异位的子宫内膜细胞。例如，机体的免疫监视功能下降，不能及时发现并清除种植在卵巢表面的子宫内膜细胞。此时，异位的子宫内膜细胞就会在卵巢内继续生长、周期性出血，逐渐形成巧克力囊肿。在不同年龄阶段，免疫系统的功能状态有所不同。青春期女性免疫系统尚在完善过程中，相对更容易出现免疫功能的波动；育龄期女性免疫系统相对稳定，但如果存在一些自身免疫性疾病等情况，也可能影响免疫系统对异位子宫内膜细胞的清除功能；围绝经期女性免疫系统功能逐渐衰退，免疫监视能力下降，也会增加巧克力卵巢囊肿的发生风险。
2.细胞因子失衡
体内的细胞因子在调节子宫内膜细胞的生长、免疫反应等方面起着重要作用。当细胞因子失衡时，可能会促进子宫内膜细胞在卵巢部位的种植和生长。例如，一些促炎症因子的增多可能会导致局部炎症反应，有利于子宫内膜细胞的存活和增殖。而一些免疫调节细胞因子的异常也会影响免疫系统对异位子宫内膜细胞的处理。不同性别在细胞因子水平上可能有一定的生理差异，但这种细胞因子失衡在巧克力卵巢囊肿的发生中是一个重要的免疫相关因素，无论年龄大小，细胞因子的异常都可能参与到巧克力卵巢囊肿的发病过程中。
三、内分泌因素
1.雌激素水平影响
雌激素对子宫内膜的生长有促进作用。在正常月经周期中，雌激素水平呈现周期性变化。而对于巧克力卵巢囊肿患者，异位的子宫内膜细胞也受到雌激素的影响而生长。过高的雌激素水平可能会促使异位的子宫内膜细胞不断增殖，导致囊肿内反复出血，进而形成巧克力囊肿。青春期女性雌激素水平逐渐升高，生殖系统发育过程中如果雌激素调节出现异常，可能增加发病风险；育龄期女性雌激素水平受月经周期、妊娠等多种因素影响，若雌激素水平长期处于异常升高状态，如多囊卵巢综合征患者常伴有雌激素水平的异常，就容易引发巧克力卵巢囊肿；围绝经期女性雌激素水平开始下降，但如果存在内分泌紊乱等情况，雌激素水平仍可能出现波动，也可能与巧克力卵巢囊肿的发生有关。
2.孕激素水平影响
孕激素具有抑制子宫内膜细胞增殖的作用。当孕激素水平不足时，就不利于抑制异位子宫内膜细胞的生长。在一些情况下，如内分泌失调等，可能导致孕激素分泌减少，使得异位的子宫内膜细胞能够继续生长。不同年龄阶段女性的孕激素水平有不同的特点，青春期女性孕激素水平相对较低，调节功能不完善；育龄期女性孕激素水平随月经周期变化，但如果存在黄体功能不全等情况，就会导致孕激素水平不足；围绝经期女性孕激素水平明显下降，这也可能在巧克力卵巢囊肿的发病中起到一定作用，因为孕激素水平的不足会影响对异位子宫内膜细胞的抑制作用，从而增加发病风险。
