乙肝病毒转阴并非单一概念，主要包括乙肝病毒DNA转阴、乙肝表面抗原转阴与乙肝e抗原转阴，不同类型的转阴临床意义与预后差异显著。
乙肝病毒DNA转阴是指通过检测（如实时荧光定量PCR）未发现血液中的乙肝病毒复制模板，提示病毒复制受抑制，传染性降低，是抗病毒治疗的重要目标之一，常见于服用核苷（酸）类似物或注射干扰素有效的患者，但需长期维持治疗，停药后可能反弹。
乙肝e抗原转阴多伴随e抗体转阳，提示病毒复制活性减弱，传染性下降，部分患者可进入“小三阳”状态，病情相对稳定，但仍需监测病毒DNA与肝功能。
乙肝表面抗原转阴是最理想的转阴状态，意味着体内乙肝病毒基本清除，部分患者可产生表面抗体，获得保护性免疫，复发风险极低，属于临床治愈范畴，但该情况发生率较低，主要见于少数急性乙肝患者或长期规范抗病毒治疗的慢性乙肝患者。
