造血干细胞移植与骨髓移植在造血干细胞来源、配型要求、移植过程及并发症方面存在区别。骨髓移植造血干细胞源于骨髓组织，采集痛苦、复杂，恢复慢，配型要求高，移植后造血重建久，并发症多且排斥反应难控；造血干细胞移植包括外周血和脐血造血干细胞移植，外周血采集痛苦小、恢复快，配型要求与骨髓移植类似，脐血采集简单，配型要求宽松，造血重建时间长但免疫排斥轻、并发症少，尤其脐血移植对儿童患者有优势。
骨髓移植：其造血干细胞来源主要是骨髓组织。采集骨髓造血干细胞时，需要进行骨髓穿刺等操作，一般是在全身麻醉或者局部麻醉下进行，会给患者带来一定的痛苦，并且采集过程相对复杂，术后患者可能会有较长时间的恢复过程，尤其是骨髓穿刺部位可能会有疼痛等不适。对于儿童等特殊人群，骨髓穿刺的操作风险相对更高，需要更加精细的操作和术后护理。
造血干细胞移植：除了骨髓中的造血干细胞外，还包括外周血造血干细胞和脐血造血干细胞。外周血造血干细胞是通过注射粒细胞集落刺激因子等药物，使外周血中的造血干细胞大量动员到外周血中，然后通过血细胞分离机采集，这种采集方式相对骨髓移植来说，患者痛苦较小，采集过程相对简便，恢复也较快。脐血造血干细胞则是来自于脐带血，脐带血采集相对简单，对产妇和新生儿基本没有伤害，而且脐血中含有丰富的造血干细胞，对于一些特殊疾病的治疗有独特的优势，尤其对于儿童患者，脐血移植在配型要求等方面相对骨髓移植有一定的便利性，因为脐血的人类白细胞抗原（HLA）配型要求相对宽松一些，降低了寻找合适供体的难度。
配型要求方面
骨髓移植：骨髓移植的配型主要是HLA配型，要求供者和受者的HLA抗原相匹配程度较高。HLA是人体细胞表面的一种抗原系统，配型不匹配可能会导致移植排斥反应等严重并发症，影响移植的成功率和患者的预后。对于成人患者来说，寻找完全匹配的供者相对困难，尤其是在非血缘关系供者中。
造血干细胞移植：外周血造血干细胞移植的配型要求与骨髓移植类似，也需要HLA配型。而脐血造血干细胞移植的配型要求相对宽松，因为脐血中的免疫细胞活性较低，发生移植排斥反应的概率相对较小，所以即使HLA配型不完全匹配，也有可能进行移植，这为一些找不到合适骨髓配型供者的患者提供了更多的治疗机会，尤其是儿童患者，由于儿童患者的供者范围相对较窄，脐血移植的这种配型优势更加明显。
移植过程及并发症方面
骨髓移植：骨髓移植的移植过程中，输入骨髓造血干细胞后，患者需要经历较长时间的造血重建过程，在这个过程中容易出现感染、出血等并发症，因为患者的血细胞恢复需要一定时间，免疫力低下。而且骨髓移植后的排斥反应相对较难控制，一旦发生排斥反应，治疗难度较大。对于不同年龄的患者，尤其是儿童，骨髓移植后的感染防控等护理工作更加精细，需要密切关注儿童患者的体温、感染迹象等，因为儿童自身免疫力相对较弱，感染的风险更高。
造血干细胞移植：外周血造血干细胞移植的造血重建相对较快，因为外周血中本身就含有一定量的成熟血细胞前体等，所以移植后的恢复相对骨髓移植要快一些，并发症相对较少。脐血造血干细胞移植的造血重建时间相对较长，但是其免疫排斥反应相对较轻，发生严重感染等并发症的概率相对较低，对于儿童患者来说，脐血移植在减少移植相关并发症方面有一定的优势，能够提高儿童患者移植后的生活质量和生存率。
