口臭可由口腔局部因素和全身性疾病因素引起。口腔局部因素包括龋齿、牙周病、口腔黏膜病、不良修复体、吸烟、口腔卫生不良等；全身性疾病因素有消化系统疾病（胃炎、胃溃疡、消化不良、便秘等）、呼吸系统疾病（鼻窦炎、支气管炎、肺炎等）、其他系统性疾病（糖尿病、肝病等），它们分别通过不同机制导致口臭。
牙周病：牙龈炎、牙周炎患者的牙周袋内会有大量菌斑、牙石堆积，细菌滋生繁殖，产生炎症，进而产生脓性分泌物，伴有异味。牙周炎患者的口腔中厌氧菌数量明显增多，这些厌氧菌代谢产生硫化氢、甲硫醇等具有臭味的气体成分。
口腔黏膜病：如口腔溃疡，溃疡面会有炎性渗出和坏死组织，细菌定植繁殖，产生异味。天疱疮等某些复杂的口腔黏膜病，也可能因局部组织的病理改变和细菌感染等因素导致口臭。
不良修复体：不合适的假牙、牙套等修复体与口腔组织贴合不紧密，容易积存食物残渣，清洁困难，细菌滋生引发口臭。比如，活动假牙如果清洁不彻底，残留的食物在口腔内温暖湿润的环境下被细菌分解，产生异味。
吸烟：烟草中的化学成分在口腔内被氧化分解，会留下特殊的臭味，长期吸烟还会使口腔黏膜变黄，加重口臭情况。研究表明，吸烟者口腔中的挥发性硫化物水平高于非吸烟者，吸烟还会影响唾液分泌，唾液有清洁口腔的作用，唾液分泌减少会导致口腔自洁能力下降，更容易产生口臭。
口腔卫生不良：不按时刷牙、不使用牙线等，会使食物残渣长期滞留于口腔，细菌分解食物残渣产生异味。儿童如果口腔卫生习惯不佳，更容易出现食物残渣堆积，引发口臭，因为儿童往往不能很好地自主清洁口腔，而且喜欢吃甜食等易残留的食物。
全身性疾病因素
消化系统疾病
胃炎、胃溃疡：胃肠道消化功能紊乱，食物在胃内排空延迟，发酵产生异味，可通过反流至口腔引起口臭。有研究显示，患有胃炎、胃溃疡的患者中，约一定比例存在口臭问题，其胃内的幽门螺杆菌感染也可能与口臭相关，幽门螺杆菌可产生尿素酶等物质，分解尿素产生氨等有异味的物质。
消化不良：胃肠蠕动减慢，食物不能及时消化，在肠道内停留时间过长，发酵产气，向上反流至口腔导致口臭。老年人由于胃肠功能减退，更容易出现消化不良相关的口臭，因为老年人的胃肠蠕动能力下降，消化酶分泌减少等因素都可能导致消化不良。
便秘：肠道内粪便堆积，毒素被吸收进入血液，再通过呼吸排出，产生口臭。长期便秘的人，肠道内细菌大量繁殖，分解粪便中的物质产生异味，这些异味可通过呼吸道呼出。
呼吸系统疾病
鼻窦炎：鼻窦内的脓性分泌物可倒流至口腔，引起口臭。鼻窦炎患者的鼻窦腔被细菌感染后产生大量脓性分泌物，这些分泌物经后鼻孔流到口腔，其中的细菌和炎性物质会导致口臭。例如，慢性鼻窦炎患者口腔异味的发生率较高。
支气管炎、肺炎：下呼吸道感染时，呼吸道内的脓性痰液等分泌物可能带有异味，经口腔呼出。肺部感染时，炎症部位产生的分泌物中含有细菌等，其代谢产物会导致口腔异味，尤其是一些重症肺炎患者，口腔异味可能较为明显。
其他系统性疾病
糖尿病：糖尿病患者血糖控制不佳时，体内酮体生成增加，可出现丙酮味的口臭，即烂苹果味。这是因为糖尿病患者糖代谢紊乱，脂肪分解增加，产生大量酮体，通过呼吸排出体外。例如，酮症酸中毒的糖尿病患者，口腔中会有明显的丙酮气味。
肝病：严重肝病患者会出现肝臭味，这是由于肝功能严重受损，体内的甲基硫醇和二甲基二硫化物不能正常代谢，在口腔中散发特殊气味。肝衰竭患者的肝臭味发生率较高，是病情严重的一个表现之一。
