根管治疗第二次疼不疼存在个体差异，多数人可能感觉轻微不适或基本不疼，情况包括操作规范且患牙状况良好时、患者自身痛阈较高时；少数人可能有一定程度疼痛，情况包括患牙炎症控制不佳时、操作因素导致时。
一、多数人感觉轻微不适或基本不疼的情况
1.操作规范且患牙状况良好时
若第一次根管治疗后，患牙的炎症得到了较好的控制，第二次治疗主要是进行根管的清理、消毒等操作，医生操作非常规范，使用精细的器械进行操作，对周围组织的刺激较小。例如，对于一些感染程度较轻、根管形态较简单的患牙，在第二次治疗时，患者可能仅感觉到很轻微的酸胀感，类似于牙齿受到轻微压力的感觉，这种不适通常是可以耐受的。从临床研究来看，这类患者在第二次治疗后疼痛发生率较低。
对于儿童患者，如果其配合度较好，医生操作轻柔，在进行根管治疗第二次时，由于儿童的牙髓神经相对较敏感，但如果治疗过程顺利，也可能只是有很短暂的轻微不适，一般不会有明显的疼痛。这是因为儿童的牙髓组织在炎症初期反应相对可能没有成人那么强烈，而且医生会尽量采用温和的操作方式来减少对儿童患牙周围组织的刺激。
2.患者自身痛阈较高时
痛阈是指能引起疼痛感觉的最小刺激量。一些痛阈较高的患者，对疼痛的感知相对不那么敏感。在根管治疗第二次时，即使有一定程度的刺激，也可能感觉不太明显的疼痛。例如，一些经常进行体力劳动、对疼痛耐受能力较强的成年人，在根管治疗第二次时，可能只是有很轻微的感觉，类似于牙齿被轻轻触碰的感觉，不会有明显的疼痛反应。
二、少数人可能有一定程度疼痛的情况
1.患牙炎症控制不佳时
如果第一次根管治疗后，患牙的炎症没有得到有效控制，仍然存在较严重的炎症反应，那么在第二次治疗时，对根管的操作可能会刺激到炎症部位的牙髓及周围组织，导致疼痛。比如，根管内仍有较多的感染物质残留，炎症持续存在，当医生用器械清理根管时，会刺激到发炎的牙髓神经，引起疼痛。临床研究发现，约有5%-10%的患者会因为患牙炎症控制不佳而在第二次根管治疗时出现较明显的疼痛。
对于患有全身性疾病且血糖控制不佳的患者，如糖尿病患者，由于其身体的免疫和修复功能相对较弱，患牙的炎症可能更难控制。在根管治疗第二次时，炎症部位受到刺激后，疼痛的发生概率可能会增加。因为高血糖环境不利于患牙周围组织的修复，炎症容易持续存在，从而在治疗时引起疼痛。
2.操作因素导致时
若医生在第二次根管治疗操作过程中，器械超出根管根尖孔，刺激到根尖周组织，就会引起疼痛。例如，在使用根管扩大器械时，不小心将器械穿出根尖孔，会刺激根尖周的神经和组织，导致患者出现较明显的疼痛。这种情况虽然发生率较低，但一旦发生，患者的疼痛会比较明显。对于儿童患者，由于其根管解剖结构相对更难准确把握，医生操作稍有不慎就可能出现器械超出根尖孔的情况，从而导致疼痛。比如，儿童的根管可能更细、更弯曲，医生在操作时需要更加精细，若操作不熟练或不仔细，就容易出现这种情况。
根管消毒药物的刺激也可能导致疼痛。在第二次根管治疗时，需要使用根管消毒药物，若药物超出根尖孔或封药时间过长等，可能会刺激根尖周组织，引起疼痛。一些患者对根管消毒药物比较敏感，在封药后就可能出现疼痛，尤其是在第二次治疗封药时，这种药物刺激引起的疼痛可能会比较明显。对于孕妇等特殊人群，由于其身体处于特殊的生理状态，对药物刺激的反应可能更敏感，在根管治疗第二次使用根管消毒药物时，更需要谨慎操作，以避免因药物刺激引起疼痛。
