牙颌畸形的成因包括遗传因素（许多牙颌畸形具家族遗传倾向且不同遗传方式致不同表现）、先天因素（胚胎发育受外界不良因素影响或胎儿在子宫内姿势异常可致牙颌畸形）、后天因素（口腔不良习惯如吮指、舌习惯、偏侧咀嚼会致牙颌畸形；疾病因素如内分泌疾病、呼吸道疾病会引发牙颌畸形；乳牙期及替牙期局部障碍如乳牙早失、滞留、恒牙萌出顺序异常会造成牙颌畸形）。
遗传因素是造成牙颌畸形的重要原因之一。许多牙颌畸形具有明显的家族遗传倾向，比如某些特定的牙列拥挤、牙齿排列不齐等情况可能由基因遗传决定。研究表明，父母的牙颌形态、结构等遗传特征会传递给子女，若父母存在牙颌畸形，子女发生类似畸形的概率相对较高。不同的遗传方式可能导致不同类型的牙颌畸形表现，例如常染色体显性遗传可能使牙颌畸形较为明显且较早表现出来。
先天因素
1.胚胎发育异常：在胎儿胚胎发育时期，如果受到外界不良因素影响，如母体在妊娠早期感染某些病毒（如风疹病毒等）、接触放射性物质、服用某些致畸药物等，可能干扰胎儿颌面部的正常发育，导致牙颌畸形。例如，胎儿上颌骨发育不良可能会引起上颌后缩等畸形；下颌骨发育异常可能导致下颌前突或后缩等情况。
2.胎儿在子宫内的姿势和行为：胎儿在子宫内的姿势异常，长时间压迫颌面部，也可能影响牙颌的正常发育。比如，胎儿长期处于面部受压的姿势，可能会对颌骨的生长方向和形态产生一定影响，增加出生后牙颌畸形的发生风险。
后天因素
1.口腔不良习惯
吮指习惯：儿童长期吮指，尤其是在乳牙萌出到替牙期阶段，会对牙弓、颌骨的发育产生影响。吮拇指时，拇指的压力会使上前牙向前倾斜，下颌向后退，导致前牙开颌、上颌前突、下颌后缩等畸形。一般来说，2-4岁是吮指习惯的高发阶段，若不及时纠正，随着年龄增长，畸形可能逐渐加重。
舌习惯：常见的舌习惯有吐舌、舔牙等。吐舌时，舌头经常处于前伸位置，会阻碍前牙的正常萌出，导致前牙开颌；舔牙时，舌头的压力会使牙齿位置发生改变，可能引起牙齿排列不齐等问题。
偏侧咀嚼习惯：长期偏侧咀嚼会使咀嚼侧的颌骨和牙齿得到更多的功能性刺激，发育较好；而非咀嚼侧的颌骨和牙齿得不到足够刺激，发育相对不足，从而造成面部左右不对称，出现牙颌畸形，表现为咀嚼侧的牙齿可能出现拥挤等情况，而非咀嚼侧牙齿排列稀疏等。
2.疾病因素
内分泌疾病：例如垂体功能亢进，在儿童时期发病会导致巨人症，使得颌骨过度生长，出现下颌前突等牙颌畸形表现；而垂体功能低下则可能导致颌骨发育不足，引起牙颌畸形。甲状腺功能减退也会影响颌面部的发育，导致儿童生长发育迟缓，包括牙颌的发育，可能出现牙齿萌出延迟、牙列稀疏等情况。
呼吸道疾病：长期的慢性鼻阻塞，如腺样体肥大、慢性鼻窦炎等，会使儿童习惯于用口呼吸。用口呼吸时，空气不能经过鼻腔正常调节温度、湿度等，且气流冲击口腔，会影响上颌骨的正常发育，导致上颌牙弓狭窄、腭盖高拱、上前牙前突、开唇露齿等牙颌畸形。
3.乳牙期及替牙期的局部障碍
乳牙早失：乳牙因龋齿等原因过早缺失，会导致邻牙向缺牙间隙倾斜移位，使缺牙间隙变小，进而造成恒牙萌出时位置不足，出现牙齿排列不齐等牙颌畸形。例如，第一乳磨牙过早缺失，第二乳磨牙可能会向近中移动，占据第一乳磨牙的位置，导致第一恒磨牙萌出时空间不足，出现错位萌出等情况。
乳牙滞留：乳牙到了替换时间仍不脱落，会占据恒牙萌出的正常位置，导致恒牙异位萌出，出现牙列拥挤等畸形。比如，乳牙未脱落，恒牙从乳牙舌侧或唇侧萌出，造成牙齿排列混乱。
恒牙萌出顺序异常：恒牙萌出顺序不符合正常的生理顺序，可能会引起牙颌关系紊乱。例如，恒侧切牙萌出顺序异常，可能会与相邻牙齿的位置关系不协调，导致牙列不齐等问题。
