造血干细胞移植和骨髓移植在细胞来源、配型要求、移植过程及术后恢复、适用疾病方面存在区别，骨髓移植细胞主要源于骨髓，配型要求严，移植及恢复有特点，适用多种疾病；造血干细胞移植细胞来源更广，配型要求有差异，移植及恢复各有特点，适用疾病也有相应情况。
一、细胞来源方面
骨髓移植：骨髓移植的造血干细胞主要来源于骨髓。需要通过穿刺等操作从供者的骨髓中获取造血干细胞，骨髓穿刺的部位通常是髂骨等部位，这个过程可能会给供者带来一定的痛苦，并且获取的骨髓中除了造血干细胞外，还含有一定量的脂肪组织等其他成分。对于儿童等特殊人群，骨髓穿刺的操作风险相对较高，可能会因穿刺不当导致局部损伤等问题。
造血干细胞移植：造血干细胞移植的造血干细胞来源更广泛，除了骨髓外，还可以来源于外周血和脐带血。外周血造血干细胞是通过注射造血干细胞动员剂，使供者外周血中的造血干细胞大量释放到外周血中，然后通过血细胞分离机采集得到，这种方式对供者的创伤较小，恢复相对较快。对于儿童来说，外周血造血干细胞采集相对骨髓穿刺更易被接受，减少了穿刺带来的痛苦和风险。脐带血造血干细胞则是来自于新生儿脐带和胎盘，脐带血采集对新生儿和产妇没有危害，对于一些有血缘关系的儿童患者，如果有合适的脐带血配型，是非常理想的造血干细胞来源，因为脐带血移植的排异反应相对可能较小。
二、配型要求方面
骨髓移植：骨髓移植的配型要求相对严格，主要是人类白细胞抗原（HLA）配型，HLA配型相合的程度直接影响移植后的排异反应等情况。HLA基因位于人类第六对染色体上，具有高度多态性，在非血缘关系的供者中找到HLA配型完全相合的概率较低，对于儿童患者来说，由于可供选择的非血缘供者范围相对有限，找到合适配型的难度更大。
造血干细胞移植：外周血造血干细胞移植和脐带血移植的配型要求与骨髓移植有一定差异。外周血造血干细胞移植的配型要求虽然也是HLA配型，但相对骨髓移植来说，在非血缘供者中找到半相合等情况也可以进行移植，不过排异反应等情况需要更精细的医疗管理。脐带血移植的配型要求相对宽松一些，因为脐带血中的免疫细胞活性相对较低，即使HLA配型不完全相合，发生严重排异反应的概率也相对较低，这对于儿童患者，尤其是一些难以找到HLA配型完全相合供者的情况，提供了更多的治疗机会。
三、移植过程及术后恢复方面
骨髓移植：骨髓移植的移植过程是将采集的骨髓通过静脉输注到患者体内，由于骨髓中可能含有其他成分，术后患者的恢复过程中需要注意防止感染等并发症，因为骨髓中的其他成分可能会增加感染的风险。对于儿童患者，术后的免疫功能恢复相对较慢，需要更加精心的护理，包括保护性隔离等措施，以降低感染的概率。
造血干细胞移植：外周血造血干细胞移植是将采集的外周血造血干细胞输注到患者体内，相对骨髓移植，外周血造血干细胞中的杂质较少，术后患者的恢复可能相对较快一些。脐带血移植的术后恢复过程中，由于脐带血的特性，排异反应的程度相对可能较轻，对于儿童患者来说，这种相对温和的排异反应有利于患儿更好地度过移植后的关键时期，减少严重并发症的发生风险。
四、适用疾病方面
骨髓移植：骨髓移植适用于多种血液系统疾病和一些非血液系统的遗传性疾病等，例如重型再生障碍性贫血、某些白血病等。在儿童患者中，对于一些遗传性的血液系统疾病，骨髓移植是重要的治疗手段，但由于配型等问题，需要谨慎选择合适的供者。
造血干细胞移植：外周血造血干细胞移植同样适用于上述提到的多种疾病，并且由于其采集相对方便等特点，在一些紧急情况下可能更具优势。脐带血移植除了适用于上述疾病外，对于一些儿童患者的一些罕见病等也有一定的应用，因为脐带血的储存等为一些有家族遗传病史的儿童提供了潜在的治疗资源，当患儿需要造血干细胞移植时，可以及时应用储存的脐带血。
