生化妊娠的原因包括胚胎因素（染色体异常、胚胎质量不佳）、母体因素（子宫因素、内分泌因素、免疫因素）和其他因素（生活方式因素、年龄因素）。胚胎因素中染色体异常是常见原因，胚胎质量不佳也与之相关；母体方面子宫结构异常、内膜容受性差、黄体功能不全、甲状腺功能异常、自身及同种免疫异常等会影响；其他因素里吸烟饮酒、过度劳累、年龄增长都会增加生化妊娠风险，如35岁以上女性发生率升高。
染色体异常：这是导致生化妊娠最常见的原因之一。正常的胚胎发育需要染色体数目和结构都正常，若胚胎染色体出现数目异常（如多一条染色体、少一条染色体等）或结构异常（如染色体缺失、易位等），就会影响胚胎的正常着床和发育，从而引发生化妊娠。例如，在自然受孕的胚胎中，约50%-60%存在染色体异常情况，这种染色体异常的胚胎往往难以正常发育，最终导致生化妊娠发生。
胚胎质量不佳：除了染色体因素外，胚胎自身的质量也很关键。如果精子或卵子的质量不好，比如精子活力低、畸形率高，或者卵子发育不成熟等，都可能影响胚胎的质量，使得胚胎着床失败，进而发生生化妊娠。有研究表明，年龄较大的女性卵子质量下降，其胚胎质量不佳的概率增加，生化妊娠的发生率也相对较高。
母体因素
子宫因素：
子宫解剖结构异常：如子宫纵隔、单角子宫、宫腔粘连等子宫结构异常情况，会影响子宫的内环境，使胚胎着床的条件变差，增加生化妊娠的风险。例如，子宫纵隔会分割宫腔，改变宫腔内的微环境，干扰胚胎的正常着床，据相关统计，患有子宫纵隔的女性生化妊娠发生率比正常女性高。
子宫内膜容受性差：子宫内膜是胚胎着床的场所，其容受性对于胚胎着床至关重要。若子宫内膜厚度不合适（过薄或过厚）、激素分泌失调导致子宫内膜接受胚胎着床的窗口异常等，都会影响胚胎的着床，引发生化妊娠。一般来说，子宫内膜厚度在8-12mm时较利于胚胎着床，低于8mm则可能子宫内膜容受性差，增加生化妊娠风险。
内分泌因素：
黄体功能不全：黄体分泌的孕酮等激素对维持妊娠至关重要。如果黄体功能不全，孕酮分泌不足，就无法为胚胎着床和早期发育提供良好的内分泌环境，容易导致生化妊娠。临床研究发现，约有20%-30%的生化妊娠与黄体功能不全有关。
甲状腺功能异常：甲状腺激素对女性的生殖功能有重要影响。甲状腺功能亢进或减退都会影响女性的内分泌平衡，进而影响胚胎的着床和发育。例如，甲状腺功能减退时，机体的代谢水平降低，可能影响子宫内膜的容受性以及胚胎的发育，增加生化妊娠的发生几率。
免疫因素：
自身免疫异常：女性自身存在一些自身抗体，如抗磷脂抗体等，这些自身抗体可能会影响胎盘的血管形成，导致胎盘供血不足，从而影响胚胎的着床和发育，引发生化妊娠。研究显示，抗磷脂抗体阳性的女性生化妊娠发生率明显高于抗体阴性的女性。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫排斥反应也可能导致生化妊娠。正常情况下，母体的免疫系统应该对胚胎产生适当的免疫耐受，但如果这种免疫耐受失衡，母体免疫系统攻击胚胎，就会使胚胎着床失败，发生生化妊娠。
其他因素
生活方式因素：
吸烟饮酒：女性吸烟或大量饮酒会对卵子和精子的质量产生不良影响，还会影响内分泌系统，从而增加生化妊娠的风险。有研究表明，长期吸烟的女性比不吸烟的女性生化妊娠发生率要高，因为烟草中的尼古丁等有害物质会损伤卵子和精子，影响胚胎质量。
过度劳累：长期处于过度劳累的状态会使身体处于应激状态，影响内分泌和免疫系统的平衡，进而影响胚胎的着床和发育。例如，一些工作压力大、经常熬夜加班的女性，生化妊娠的发生率可能相对较高。
年龄因素：随着女性年龄的增长，卵子的质量会逐渐下降，染色体异常的几率增加，同时子宫、内分泌等方面也会出现一些变化，这些都使得生化妊娠的发生率升高。一般来说，35岁以上的女性生化妊娠发生率明显高于年轻女性。例如，35-39岁女性的生化妊娠发生率约为25%-30%，而25-29岁女性的生化妊娠发生率相对较低，约为15%左右。
