脑炎的病因包括感染性和非感染性因素。感染性因素有病毒、细菌、真菌、寄生虫感染，分别有不同常见病原体、感染途径及致脑炎机制；非感染性因素包括自身免疫性因素（如抗NMDAR脑炎）、药物不良反应、中毒因素（如铅中毒）、血管性因素（如脑部血管炎）等，各有其相应机制。
一、感染性因素
（一）病毒感染
1.常见病毒及感染途径
肠道病毒是引发病毒性脑炎较常见的病原体，可通过粪-口途径传播，儿童由于卫生习惯相对较差等因素，较易感染。例如柯萨奇病毒、埃可病毒等，可经消化道进入人体后，通过血-脑屏障侵犯中枢神经系统。
单纯疱疹病毒也是重要的致病病毒，Ⅰ型单纯疱疹病毒常引起成人的散发性病毒性脑炎，可通过直接接触传播，如与感染者密切接触时，病毒可通过黏膜等途径侵入人体；Ⅱ型单纯疱疹病毒多引起新生儿脑炎，可在分娩过程中经产道感染。
2.病毒致脑炎机制
病毒首先在外周组织细胞中复制，然后通过血液循环到达中枢神经系统。病毒可以直接侵犯神经细胞，导致神经细胞的损伤、坏死，还可以激发机体的免疫反应，引起炎症级联反应，导致脑组织出现水肿、炎性细胞浸润等病理改变。
（二）细菌感染
1.常见细菌及感染来源
肺炎链球菌可通过呼吸道感染，当人体免疫力下降时，如儿童患感冒等疾病后，肺炎链球菌可经血流播散至中枢神经系统引发脑炎。
脑膜炎奈瑟菌主要经呼吸道飞沫传播，儿童和青少年是易感人群，该菌感染人体后可侵入脑脊液，引起化脓性脑炎。
2.细菌致脑炎机制
细菌进入血液循环后，随着血流到达脑膜和脑实质，细菌在局部大量繁殖，释放内毒素等毒性物质，引起血管内皮细胞损伤，导致血管通透性增加，中性粒细胞等炎性细胞浸润，引发化脓性炎症反应，造成脑组织的损害。
（三）真菌感染
1.常见真菌及易感人群
新型隐球菌是常见的致病真菌，免疫功能低下的人群易感染，如艾滋病患者由于免疫系统受损，是新型隐球菌脑炎的高危人群。新型隐球菌可通过呼吸道吸入，然后经血行播散至中枢神经系统。
2.真菌致脑炎机制
真菌在中枢神经系统中生长繁殖，刺激机体的免疫反应，引起慢性炎症，真菌可形成荚膜，抵抗机体的免疫清除，同时其代谢产物可损伤神经组织，导致脑组织出现炎症、水肿等病变。
（四）寄生虫感染
1.常见寄生虫及感染途径
脑囊虫病是由猪绦虫幼虫（囊尾蚴）寄生在脑组织引起的，多因食用了被猪绦虫卵污染的食物，虫卵在肠道内孵化出六钩蚴，六钩蚴经血液循环到达脑组织发育成囊尾蚴，引发脑炎。
疟原虫也可引起脑型疟疾，是由感染人体的疟原虫，如间日疟原虫、恶性疟原虫等，其感染红细胞后，部分疟原虫可进入中枢神经系统，导致脑组织的病理改变。
2.寄生虫致脑炎机制
囊尾蚴在脑组织内寄生，可引起局部的炎症反应，导致脑组织水肿、占位效应等。疟原虫感染红细胞后，可导致红细胞聚集、血管阻塞，同时疟原虫的代谢产物可引起脑组织的免疫炎症反应，造成神经细胞的损伤。
二、非感染性因素
（一）自身免疫性因素
1.自身免疫性脑炎类型及机制
例如抗N-甲基-D-天冬氨酸受体（NMDAR）脑炎，是由于机体产生了针对NMDAR的自身抗体，该抗体与神经细胞表面的NMDAR结合，导致神经细胞的功能紊乱，引发脑炎。这种自身抗体可通过血-脑屏障进入中枢神经系统，影响神经信号的传递等过程。
自身免疫性脑炎的发生与个体的免疫调节异常有关，可能是由于遗传易感性等因素，使得机体的免疫系统错误地攻击自身的神经组织。
（二）其他非感染性因素
1.药物不良反应
某些药物在个别敏感个体中可能引发脑炎样的不良反应，但相对较为罕见。例如一些抗癫痫药物，在极个别患者中可能由于药物的免疫相关性等原因，导致中枢神经系统出现炎症反应，但具体机制尚不完全明确，可能与药物引起的机体免疫异常有关。
2.中毒因素
重金属中毒，如铅中毒，儿童如果长期接触含铅的环境，如居住在铅污染的区域、食用含铅的玩具等，铅可通过血液循环进入中枢神经系统，干扰神经细胞的正常代谢，导致神经细胞的损伤和炎症反应，引发脑炎样症状。另外，某些化学物质中毒也可能损伤中枢神经系统，引起炎症等病理改变，但相对少见。
3.血管性因素
脑部血管炎可导致脑组织的血液供应障碍，同时血管炎本身可引起血管周围的炎症反应，累及脑实质，引发脑炎。血管炎的发生可能与自身免疫等因素有关，如系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病可合并脑部血管炎，进而导致中枢神经系统的炎症病变。
