妊娠合并卵巢囊肿病因复杂，包括生理性因素（黄体囊肿、滤泡囊肿）、病理性因素（卵巢浆液性囊腺瘤、卵巢黏液性囊腺瘤、卵巢畸胎瘤）及其他因素（内分泌因素、盆腔炎症因素、遗传因素），生理性因素多与妊娠后激素等变化致卵巢正常结构改变有关，病理性因素与卵巢细胞异常增生等相关，其他因素中内分泌、盆腔炎症、遗传等可影响卵巢状态增加发病风险。
生理性因素
黄体囊肿：在妊娠早期，卵巢会发生一系列变化以适应妊娠需求。正常妊娠时，卵巢的黄体持续存在并分泌孕激素等维持妊娠。黄体囊肿是最常见的妊娠合并卵巢囊肿类型之一，多为单侧，直径一般在3-5厘米，通常在妊娠12周后可自然消退。这是由于妊娠后体内激素水平改变，刺激黄体持续增大形成囊肿，其发生与妊娠后激素波动导致黄体代谢异常有关，多见于有正常妊娠生理过程的孕妇。
滤泡囊肿：卵泡在发育过程中未正常排卵，持续增大形成滤泡囊肿。妊娠后，由于激素环境改变，卵泡发育可能出现异常情况，从而形成滤泡囊肿。这种情况在妊娠早期也较为常见，一般直径多小于5厘米，多数可在妊娠中晚期自行消失，其发生与妊娠状态下卵巢的卵泡发育调控机制改变相关，不同年龄、不同妊娠阶段的孕妇都可能因卵泡发育异常而出现滤泡囊肿，但总体发生率相对黄体囊肿稍低。
病理性因素
卵巢浆液性囊腺瘤：这是一种常见的卵巢上皮性肿瘤，属于良性肿瘤范畴。其病因可能与卵巢上皮细胞的异常增生有关，具体机制尚不十分明确，但已发现与遗传因素有一定关联，部分患者可能存在相关基因的突变。在妊娠期间，由于盆腔血液供应丰富以及激素水平变化，可能促使原本存在的卵巢浆液性囊腺瘤进一步生长，其发生与个体的遗传易感性以及妊娠状态下盆腔局部环境改变有关，各年龄段有卵巢上皮细胞异常增殖基础的孕妇都可能患病，但相对在有家族卵巢肿瘤遗传倾向的孕妇中发生风险可能稍高。
卵巢黏液性囊腺瘤：同样是卵巢上皮性肿瘤，病因也与卵巢上皮细胞的异常增生相关，可能与黏液分泌细胞的异常分化有关。妊娠时盆腔血流增加及激素变化可能刺激肿瘤生长，其发生与个体的细胞生物学改变有关，有卵巢黏液分泌细胞潜在异常基础的孕妇在妊娠期间更易出现卵巢黏液性囊腺瘤，且其发病风险与一般人群中卵巢黏液性囊腺瘤的发病因素类似，受遗传、环境等多种因素综合影响，不同年龄孕妇均可发病，但有相关家族史等情况的孕妇风险相对更高。
卵巢畸胎瘤：来源于生殖细胞，可含有外胚层、中胚层、内胚层的多种组织成分。其病因可能与生殖细胞在胚胎发育过程中出现异常分化有关。妊娠后，由于盆腔环境改变，可能促使原本存在的卵巢畸胎瘤生长或被发现。卵巢畸胎瘤可发生于各个年龄段的女性，在妊娠期间，由于激素变化和盆腔血运增加等因素，可能导致其体积有所变化，其发生主要与胚胎发育时期生殖细胞的异常分化相关，有生殖细胞发育异常基础的孕妇在妊娠时更易出现卵巢畸胎瘤相关情况。
其他因素
内分泌因素：妊娠后女性体内的内分泌环境发生显著变化，如雌激素、孕激素、人绒毛膜促性腺激素（hCG）等激素水平大幅升高。这些激素水平的改变可能影响卵巢的正常代谢和结构，导致卵巢组织出现异常增生或形成囊肿。例如，hCG水平升高可能刺激卵巢黄体持续增大形成黄体囊肿，而长期的激素失衡可能为病理性卵巢囊肿的形成创造条件，不同内分泌调节机制存在个体差异的孕妇，妊娠合并卵巢囊肿的风险有所不同，如本身存在内分泌系统基础疾病的孕妇，妊娠后内分泌环境改变更明显，发生妊娠合并卵巢囊肿的风险相对较高。
盆腔炎症因素：既往有盆腔炎症病史的孕妇，妊娠后由于盆腔组织处于充血状态，炎症可能刺激卵巢组织，导致卵巢出现炎性囊肿。盆腔炎症会使盆腔内组织粘连、水肿，影响卵巢的正常结构和功能，从而增加妊娠合并卵巢囊肿的可能性。有盆腔炎症病史的孕妇在妊娠期间需要更加密切监测卵巢情况，因为炎症相关因素可能促使卵巢囊肿形成，这类孕妇由于盆腔存在慢性炎症基础，妊娠后局部环境改变更易诱发卵巢囊肿相关病变。
遗传因素：某些遗传性疾病可能增加妊娠合并卵巢囊肿的风险。例如，家族性卵巢肿瘤综合征等遗传性疾病相关基因的突变可能使个体对卵巢囊肿的易感性增加。如果家族中有卵巢肿瘤的遗传病史，孕妇妊娠合并卵巢囊肿的风险相对普通人群会有所升高。有家族遗传倾向的孕妇需要在孕前及孕期加强卵巢相关检查，以便早期发现和处理可能出现的卵巢囊肿情况，因为遗传因素决定了个体对卵巢病变的易感性，在妊娠这种特殊生理状态下，更容易表现出妊娠合并卵巢囊肿的情况。
