造血干细胞移植与骨髓移植在造血干细胞来源、移植过程、移植后影响及适用疾病方面存在区别。骨髓移植造血干细胞源于骨髓，移植过程有特定步骤，移植后供者恢复慢等；造血干细胞移植包括外周血和脐带血来源，外周血移植供者恢复快等，脐带血移植GVHD风险低等；适用疾病有重叠但各有特点。
一、造血干细胞来源方面
骨髓移植：其造血干细胞主要来源于骨髓。需要通过骨髓穿刺的方式获取骨髓中的造血干细胞，通常是在髂骨等部位进行穿刺操作，抽取一定量的骨髓液，其中含有丰富的造血干细胞。对于供者来说，骨髓穿刺会带来一定的创伤，术后可能会有局部疼痛等不适，而且抽取骨髓的量有限制，一般一次抽取量在200-500毫升左右。
造血干细胞移植：除了骨髓中的造血干细胞外，还可以来自外周血和脐带血。
外周血造血干细胞：通过给供者注射造血干细胞动员剂，如粒细胞集落刺激因子（G-CSF）等，促使骨髓中的造血干细胞大量释放到外周血中，然后通过血细胞分离机采集外周血中的造血干细胞，这种采集方式相对骨髓穿刺来说，供者的创伤较小，恢复也较快，采集到的造血干细胞数量相对较多，能够满足移植的需求。
脐带血造血干细胞：来源于新生儿出生时的脐带血，脐带血中含有丰富的造血干细胞，采集过程对新生儿和产妇没有不良影响，而且脐带血造血干细胞移植在治疗一些血液系统疾病等方面有独特的优势，尤其对于儿童患者，脐带血移植的配型要求相对宽松一些，因为脐带血中的免疫细胞活性相对较低，发生移植物抗宿主病（GVHD）的风险相对较小。
二、移植过程方面
骨髓移植：首先要进行供者和受者的配型，配型主要包括人类白细胞抗原（HLA）配型等，HLA配型相合程度越高，移植成功的概率相对越大。然后获取供者的骨髓，通过静脉输注的方式将骨髓中的造血干细胞输入受者体内，受者在移植前通常需要进行大剂量的化疗和/或放疗，以清除自身原有的造血系统和免疫系统，为植入的供者造血干细胞创造空间。
造血干细胞移植（外周血造血干细胞移植）：配型过程与骨髓移植类似，获取外周血造血干细胞后，也是通过静脉输注的方式输入受者体内，受者预处理方案与骨髓移植类似，也是需要进行大剂量的放化疗等预处理。
造血干细胞移植（脐带血造血干细胞移植）：配型同样需要进行HLA配型等，脐带血造血干细胞移植的预处理方案相对骨髓移植和外周血造血干细胞移植可能会有所不同，因为脐带血中的细胞数量相对有限，所以在预处理时的放化疗剂量等可能会根据脐带血的情况进行调整，而且脐带血移植后造血重建的时间可能相对较长一些。
三、移植后的影响方面
骨髓移植：由于是从骨髓中获取造血干细胞，供者术后恢复相对较慢，可能需要较长时间来恢复骨髓的造血功能和身体的一般状况。受者在移植后发生GVHD等并发症的风险与供者和受者的HLA配型相合程度密切相关，配型不合程度越高，GVHD的发生率越高，严重程度也可能越重。
造血干细胞移植（外周血造血干细胞移植）：供者术后恢复相对较快，因为外周血造血干细胞采集的创伤较小。受者移植后发生GVHD等并发症的情况同样与HLA配型相关，但外周血造血干细胞移植在某些方面可能与骨髓移植有相似的并发症风险，但由于采集方式的不同，在一些具体的恢复时间和早期并发症发生情况上可能会有差异。
造血干细胞移植（脐带血造血干细胞移植）：由于脐带血中免疫细胞活性较低，所以发生GVHD的风险相对较低，尤其是急性GVHD的发生率相对骨髓移植和外周血造血干细胞移植要低一些。但脐带血造血干细胞数量有限，可能会影响受者造血重建的速度，导致移植后血细胞恢复时间相对较长，而且脐带血移植后感染等并发症的发生情况也需要密切关注，因为其免疫重建相对缓慢。
四、适用疾病方面
骨髓移植：适用于多种血液系统疾病和一些非血液系统的恶性肿瘤等，例如白血病、再生障碍性贫血、某些遗传性血液疾病等，对于一些需要彻底清除原造血系统细胞的疾病，骨髓移植是一种重要的治疗手段。
造血干细胞移植（外周血造血干细胞移植）：适用的疾病范围与骨髓移植类似，在一些情况下，外周血造血干细胞移植可能更具优势，比如对于一些需要较快速采集造血干细胞以进行移植的情况，外周血造血干细胞移植可以更快地获取足够数量的造血干细胞。
造血干细胞移植（脐带血造血干细胞移植）：在儿童血液系统疾病的治疗中应用较为广泛，例如儿童白血病等，因为儿童患者相对来说对脐带血移植的耐受性较好，而且脐带血移植在降低GVHD发生风险方面对儿童患者有一定的好处，但对于一些疾病的治疗，脐带血造血干细胞的数量可能限制了其应用范围，对于一些体重较大、疾病较严重的儿童患者，可能需要考虑其他来源的造血干细胞移植。
