粘液腺囊肿可能会自行消失，但多数情况下需要医疗干预。
一般而言，体积较小的粘液腺囊肿存在自愈可能，当囊肿因导管暂时性阻塞形成，如果阻塞物被自然清除或囊壁破裂，黏液被吸收后囊肿可消退，这种情况多见于儿童青少年，囊肿直径通常不超过5毫米，表面黏膜完整无感染，患者需避免咬唇、吮吸等刺激行为，保持口腔清洁有助于促进恢复。
但是，持续存在的粘液腺囊肿往往需要治疗干预，当囊肿直径超过1厘米、反复破溃或存在感染时，自愈概率显著降低，长期机械刺激可能导致囊壁纤维化，常见于中老年患者或伴有咬合异常者，此类情况易继发细菌感染，影响进食和语言功能，临床常采用激光切除或手术摘除，防止复发。
