小儿室间隔缺损由遗传和环境等多因素致胚胎期心脏发育异常引发，遗传因素有染色体异常相关及单基因遗传致相关综合征引发；环境因素包括母体孕期感染病毒、接触有害物质（药物、化学物质）、不良生活方式（吸烟饮酒、缺乏营养）等，需对有高危因素孕妇所育胎儿加强产前检查早期发现。
1.染色体异常相关：某些染色体数目或结构的异常可能与小儿室间隔缺损的发生有关。例如，21-三体综合征（唐氏综合征）患儿常伴有室间隔缺损等心脏畸形，研究发现其染色体上特定基因的异常表达等情况干扰了心脏发育过程中正常的组织结构形成，导致室间隔缺损的出现。
2.单基因遗传：存在一些单基因相关的遗传综合征会引发室间隔缺损。比如，诺林综合征（Noonansyndrome）是由于PTPN11等基因的突变引起，患儿除了有面部特征异常外，心脏方面常表现为室间隔缺损等心脏结构异常，其发病机制与基因异常导致胚胎发育过程中心脏发育相关的信号通路紊乱，影响了心内膜垫的融合等心脏发育关键环节，从而造成室间隔缺损。
环境因素
1.母体孕期感染：
病毒感染：母亲在孕期尤其是妊娠早期感染风疹病毒，风疹病毒可通过胎盘影响胎儿心脏发育。研究表明，孕期风疹病毒感染会使胎儿心脏发育过程中细胞的增殖、分化等受到干扰，增加室间隔缺损发生的风险。此外，巨细胞病毒感染也是一个重要因素，母亲孕期巨细胞病毒感染可能导致胎儿心脏发育异常，包括室间隔缺损，其机制可能与病毒直接损伤心脏组织细胞以及引起母体免疫反应间接影响胎儿心脏发育有关。
2.母体孕期接触有害物质：
药物因素：母亲在孕期不合理使用某些药物也可能增加胎儿室间隔缺损的发生几率。例如，孕期使用某些抗癫痫药物，如丙戊酸等，有研究发现这些药物可能通过干扰胎儿心脏发育过程中的关键分子途径，影响心脏的正常结构形成，从而导致室间隔缺损。
化学物质：母亲孕期接触如有机溶剂等化学物质，这些化学物质可能具有胚胎毒性，影响胎儿心血管系统的发育，进而引发室间隔缺损。其具体作用机制可能是通过破坏胚胎细胞的DNA合成、干扰细胞的正常代谢等过程，阻碍心脏发育的正常进程。
3.母体孕期不良生活方式：
吸烟饮酒：母亲孕期吸烟或饮酒会对胎儿心脏发育产生不良影响。吸烟时吸入的尼古丁等有害物质会通过胎盘影响胎儿的血液循环和氧气供应，干扰心脏发育所需的微环境；饮酒则可能导致胎儿酒精综合征相关的心脏畸形，其中室间隔缺损是常见的心脏表现之一，酒精可直接损害心肌细胞，影响心脏的正常结构构建。
缺乏营养：母亲孕期营养不均衡，尤其是缺乏叶酸等重要营养素时，会增加胎儿发生心脏畸形包括室间隔缺损的风险。叶酸对于细胞的增殖、分化和DNA合成等过程至关重要，缺乏叶酸会影响胚胎心脏发育过程中关键组织的形成，例如影响心内膜的正常发育和融合，从而导致室间隔缺损。
小儿室间隔缺损的病因是多因素共同作用的结果，遗传因素和环境因素相互交织影响胚胎期心脏的正常发育过程，最终导致室间隔缺损的出现。在临床实践中，对于有相关高危因素的孕妇所生育的胎儿，需要加强产前检查，以便早期发现室间隔缺损等心脏畸形，采取相应的医学措施。
