早期HCG不翻倍的原因包括胚胎因素、母体因素和其他因素。胚胎因素主要是染色体异常；母体因素有内分泌异常（黄体功能不全、甲状腺功能异常）、全身性疾病（严重糖尿病、自身免疫性疾病）、子宫异常（子宫畸形、子宫内膜病变）；其他因素包含不良生活方式（长期吸烟酗酒、过度劳累、精神压力大）和环境因素（接触有害物质）。
母体因素
内分泌异常
黄体功能不全：黄体分泌的孕酮等激素对维持妊娠至关重要，黄体功能不全时，孕激素分泌不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，影响滋养细胞的发育，从而导致HCG分泌异常，出现不翻倍的情况。常见于有既往黄体功能不全病史、患有内分泌疾病（如多囊卵巢综合征等）的女性。
甲状腺功能异常：甲状腺激素参与机体的新陈代谢等多种生理过程，甲状腺功能减退时，机体代谢减缓，会影响胚胎的生长发育，进而影响HCG的分泌；甲状腺功能亢进时，也可能对妊娠产生不利影响，导致HCG不翻倍。有甲状腺疾病病史或甲状腺功能检查异常的女性更容易出现这种情况。
全身性疾病：如女性患有严重的糖尿病未得到良好控制时，高血糖环境会影响胚胎的发育，导致HCG分泌异常。患有自身免疫性疾病（如系统性红斑狼疮等）的女性，自身的免疫反应可能会攻击胚胎，影响滋养细胞功能，导致HCG不翻倍。这类全身性疾病的发生与女性的自身免疫状态、基础疾病等因素有关，不同年龄、不同健康状况的女性都可能受到影响。
子宫异常
子宫畸形：如纵隔子宫、双角子宫等子宫畸形情况，会影响胚胎的着床和发育，使滋养细胞接触子宫内膜的面积减少等，从而影响HCG的分泌，导致HCG不翻倍。子宫畸形可能在女性生长发育过程中就已存在，不同类型的子宫畸形对妊娠的影响程度有所不同。
子宫内膜病变：子宫内膜炎、子宫内膜息肉等病变会影响子宫内膜的容受性，胚胎着床困难或着床后发育不良，进而影响滋养细胞分泌HCG，出现HCG不翻倍的情况。有宫腔操作史（如人工流产等）、患有子宫内膜相关疾病的女性发生子宫内膜病变的风险较高。
其他因素
不良生活方式：长期吸烟、酗酒的女性，烟草中的尼古丁、酒精等成分会影响生殖系统的功能，导致胚胎发育异常，影响HCG的分泌。过度劳累、精神压力过大等也可能通过影响内分泌等机制，导致HCG不翻倍。不同生活方式的女性都可能因为这些不良因素影响妊娠过程，尤其是有长期不良生活习惯的女性风险相对更高。
环境因素：接触过多的有害物质，如某些化学毒物、放射性物质等，可能会损伤胚胎，影响滋养细胞的功能，导致HCG不翻倍。长期处于污染环境中的女性面临这种风险，包括工作环境或生活环境存在有害物质的女性。
