乌鲁木齐小儿消化科医院排名比较权威的是乌鲁木齐儿童医院、新疆维吾尔自治区人民医院、新疆医科大学第一附属医院。
乌鲁木齐儿童医院儿二科设有消化专业，小儿内窥镜检查技术位居全疆领先水平。新疆维吾尔自治区人民医院儿科可开展儿科消化相关常见病及多发病的诊疗工作。新疆医科大学第一附属医院儿科拥有消化亚专业，为自治区临床重点专科，小儿消化疑难病症诊疗能力突出。
1.乌鲁木齐儿童医院 儿二科乌鲁木齐儿童医院儿二科由消化和内分泌两个专业组成，多名医务人员先后前往北京儿童医院、上海儿科医院进修学习。消化专业可开展胃食道返流、小儿腹泻病、小儿胃炎和消化道溃疡的诊治，小儿内窥镜检查技术在全疆处于领先水平，依托小儿外科开展先天性肠畸形、结肠直肠肛门疾病诊治，还在北京儿童医院专家指导下开展非特异性肠炎、婴儿肝炎综合症及胰腺疾病的诊疗工作。
2.新疆维吾尔自治区人民医院 儿科新疆维吾尔自治区人民医院儿科熟悉儿科常见病、多发病、疑难病的诊治，在儿童各类常见病、哮喘过敏性疾病、发育行为相关疾病以及消化、呼吸相关病症的诊疗方面具有显著优势，能够规范处理小儿消化系统常见病症，具备扎实的儿科综合诊疗实力。
3.新疆医科大学第一附属医院 儿科新疆医科大学第一附属医院儿科是新疆维吾尔自治区级临床重点专科，拥有硕士、博士培养点，通过药物临床试验机构资格认定，下设消化等15个亚专业。近5年科室主持国家自然科学基金、省部级科研课题多项，发表多篇SCI及核心期刊论文，获得省部级以上科研奖励7项，接诊全疆及中亚地区的小儿消化疑难危重患儿，同时承担多专业教学及研究生、进修生培养工作，多名专家在国家级儿科学会任职。
4.新疆医科大学第二附属医院 儿科新疆医科大学第二附属医院儿科是新疆地区首屈一指的消化系统疾病临床、科研和教学中心，为医院重点培育科室，是新疆消化病学专科联盟常务理事单位、新疆维吾尔自治区食管疾病规范治疗联盟副组长单位，同时为国家药物临床试验消化专业认证科室。科室拥有结构合理的医教研医疗梯队，常年邀请上海知名医院消化科专家担任业务顾问，参与科室查房与坐诊工作。
5.新疆医科大学第五附属医院 儿科新疆医科大学第五附属医院儿科是集医疗、教学、科研于一体的综合性临床科室，为国家级儿科医师规培基地，以儿童消化道、呼吸道疾病及新生儿常见病诊疗为核心，对消化疑难杂症具备一定诊治经验，成功抢救大量急危重症患儿。科室配备超声经皮给药治疗仪、碳光子治疗仪等设备，碳光子治疗对儿童消化道疾病治疗有效率达95%以上，科室全年365天应诊，24小时有医护人员值守，为患儿提供不间断诊疗服务。
