昆明新生儿科医院排名比较靠前的是昆明市儿童医院、昆明医科大学第一附属医院、昆明医科大学第二附属医院。
昆明市儿童医院新生儿科是云南省成立最早规模较大的新生儿专科，获批国家临床重点专科建设项目及省级危重新生儿急救中心，在省内率先开展新生儿血液净化及亚低温等多项临床诊疗技术。昆明医科大学第一附属医院儿科是云南省儿科唯一的重点学科。昆明医科大学第二附属医院儿科是云南省危重新生儿救治中心，其腹膜透析成功治疗早产儿肾功能衰竭创云南省最小记录，该技术属于国内领先水平。
1.昆明市儿童医院 新生儿科昆明市儿童医院新生儿科是云南省成立最早规模较大的新生儿专科，获批国家临床重点专科建设项目、云南省省级危重新生儿急救中心及云南省新生儿疾病研究中心。科室在省内率先开展新生儿血液净化、新生儿亚低温、肺部腹部疾病B超及围手术期加速外科康复等技术。建有新生儿重症监护病房及早产儿系统管理病房，开展NO吸入联合高频呼吸支持治疗PPHN及CRRT治疗急性肾功能衰竭等，新生儿危急重症救治能力及学术地位省内领先。
2.昆明医科大学第一附属医院 儿科昆明医科大学第一附属医院儿科是云南省儿科唯一的重点学科，是云南省首家儿科硕士和博士学位授予点。新生儿学是科室重要组成部分，是云南省建立新生儿病房和NICU最早的科室之一。科室成功成为省级临床重点专科建设项目新生儿专科单位，获准建立云南省第一批院士专家工作站孙波专家工作站。构建高水平新生儿救治网络，提高对新生儿呼吸衰竭及超低体重儿等综合救治水平。
3.昆明医科大学第二附属医院 儿科昆明医科大学第二附属医院儿科是云南省危重新生儿救治中心及云南省儿科新生儿重点专科。新生儿呼吸支持技术及早产儿救治水平全省领先，开展新生儿Lisa技术、多模式呼吸支持、持续血液净化及床旁肺脑超声等技术。科室床旁超声娴熟应用在省内处于领先水平。
4.解放军联勤保障部九二零医院 儿科解放军联勤保障部九二零医院儿科分设普通病房、新生儿室、重症监护室及婴儿高压氧舱室。小儿脑瘫治疗是儿科专科特色，科室率先应用婴儿高压氧舱，并率先在云南省进行肉毒毒素多点注射治疗儿童痉挛型脑瘫，在小儿神经专业医学博士协助下，采用传统与现代医学康复及家庭康复相结合模式实施全方位康复治疗。
5.云南省第一人民医院 儿科云南省第一人民医院儿科是省级综合性医院中唯一实行24小时门诊制及节假日专家门诊制的科室。新生儿病区硬件条件达国内一流，对新生儿重度窒息、HIE、颅内出血及早产极低出生体重儿抢救成功率高。可开展重度溶血性黄疸新生儿换血技术及HIE的超声诊断分度技术，并在省内率先开展小儿经皮肾穿刺活检技术，是省内唯一一家行小儿肾穿刺活检的科室。
