昆明遗传咨询科医院排名比较靠前的是云南省妇幼保健院、昆明医科大学第一附属医院、昆明医科大学第二附属医院。
云南省妇幼保健院生殖遗传科是云南首个独立医学遗传专科，筛查与诊断体系规范完善。昆明医科大学第一附属医院产科为省级重点学科，出生缺陷监测与围产遗传诊疗实力强劲。昆明医科大学第二附属医院产科是省级危重孕产妇救治中心，产前筛查与遗传风险管控能力突出。
1.云南省妇幼保健院 生殖遗传科云南省妇幼保健院生殖遗传科是云南省首家独立开展医学遗传工作的科室，设有遗传咨询门诊和遗传实验室，2011年被确定为云南省新生儿遗传代谢性疾病筛查中心，同时承担高校实习带教任务。科室以生殖健康为核心，重点开展遗传病咨询诊治、产前筛查与产前诊断、新生儿遗传代谢病筛查及管理工作，为孕前及孕期人群提供专业的遗传健康服务。
2.昆明医科大学第一附属医院 产科昆明医科大学第一附属医院产科是云南省级重点学科、云南省危重孕产妇抢救中心之一，为全国出生缺陷监测网络医院及爱婴医院。开设孕期营养、心理咨询等特色门诊，组建普通产科、产科重症、围产医学亚专科，可系统开展孕期保健、产前筛查及遗传相关围产管理，能高效处理各类危重妊娠病症，承担多项国家级及省级科研项目，团队多次赴国内外知名院校进修学习。
3.昆明医科大学第二附属医院 产科昆明医科大学第二附属医院产科为省级重点学科、云南省危重孕产妇抢救中心之一，纳入全国出生缺陷监测网络并获评爱婴医院。开设多个专科特色门诊，构建专业亚专科梯队，具备各类危重妊娠合并症及并发症救治能力，规范开展产前筛查与孕期遗传风险评估工作。承担高校教学及住院医师规范化培训任务，主持多项科研项目，持续开展国内外学术交流，围产遗传诊疗水平省内先进。
4.解放军联勤保障部九二零医院 妇产科解放军联勤保障部九二零医院妇产科由全国全军知名留美专家牵头创建，具备扎实的临床诊疗基础。开展母婴血型不合治疗、妊娠合并内外科疾病诊疗等服务，开通危重孕产妇绿色通道，成功救治大量基层转诊危重病例。配备胎儿脐血流仪、胎心监护等先进设备，可提供孕前健康评估、孕期安全保障等与遗传相关的基础诊疗服务。
5.云南省第一人民医院 遗传诊断中心云南省第一人民医院遗传诊断中心是云南省产前诊断中心、新生儿筛查中心，为国家西部优生重点实验室组成部分，参与起草多项国家级产前诊断技术规范。获多项云南省科技进步奖，国内率先开展遗传咨询与检测一站式服务，领先应用无创产前检测、全外显子组测序等技术，擅长孕前优生咨询、遗传病基因诊断及复杂出生缺陷防控，整体技术水平位居国内前列。
