自然流产的原因包括染色体异常（夫妻一方染色体异常可遗传给胚胎致其发育异常，早期自然流产约半数与胚胎染色体异常有关且高龄孕妇概率升高）、解剖因素（子宫畸形影响胚胎着床发育空间、宫腔粘连因宫腔操作损伤内膜致胚胎着床血供受影响）、内分泌因素（黄体功能不全致孕激素不足、甲状腺功能异常影响妊娠）、感染因素（支原体衣原体等细菌感染致子宫内环境炎症反应、风疹病毒等病毒感染可通过胎盘致胚胎发育异常或流产）、免疫因素（自身免疫异常如抗磷脂抗体综合征致胎盘血管血栓形成、同种免疫异常致母体对胚胎排斥）、其他因素（生活方式中吸烟饮酒、过度劳累影响妊娠，环境因素中接触有害化学物质等增加风险，孕妇年龄增加自然流产风险升高因卵子质量等变化）。
染色体异常：染色体数目或结构的异常是导致自然流产的重要原因之一。夫妻任何一方存在染色体异常都可能遗传给胚胎，引起胚胎发育异常而发生流产。例如，常见的染色体数目异常包括三体、单体等，结构异常如染色体易位、倒位等。在早期自然流产中，约50%-60%与胚胎染色体异常有关，这种情况在各年龄段的孕妇中都可能发生，但随着孕妇年龄的增加，胚胎染色体异常的概率会升高，因为高龄孕妇卵子质量下降，更容易出现染色体异常。
解剖因素
子宫解剖结构异常：
子宫畸形：如单角子宫、双角子宫、纵隔子宫等。子宫畸形会影响子宫的正常形态和宫腔内环境，使得胚胎着床和发育的空间受限，从而增加自然流产的风险。例如，纵隔子宫会导致宫腔内的容积相对较小，胚胎着床后可能因为空间不足而发生流产。这种情况在有子宫畸形病史的孕妇中较为常见，且不同类型的子宫畸形对流产的影响程度有所不同。
宫腔粘连：多由于宫腔操作（如人工流产、刮宫等）损伤子宫内膜基底层，导致宫腔部分或全部粘连。宫腔粘连会使子宫内膜面积减少，影响胚胎的着床和血供，进而引起自然流产。有过宫腔操作史的孕妇发生宫腔粘连从而导致自然流产的风险相对较高。
内分泌因素
黄体功能不全：黄体分泌的孕激素对维持妊娠至关重要。黄体功能不全时，孕激素分泌不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，从而增加自然流产的风险。一般通过检测孕激素水平等指标来判断黄体功能。在育龄女性中，尤其是有复发性流产病史的女性，黄体功能不全较为常见，且年龄增长可能会影响黄体功能，导致该因素引起的自然流产概率上升。
甲状腺功能异常：甲状腺功能减退或亢进都可能影响妊娠。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响胚胎的生长发育，增加自然流产的风险；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰妊娠的正常进行。孕妇甲状腺功能异常的发生率相对较低，但一旦出现，对妊娠的影响不容忽视，各年龄段的孕妇都可能受到甲状腺功能异常的影响，且在孕期需要密切监测甲状腺功能指标。
感染因素
病原体感染：
细菌感染：如支原体、衣原体感染。孕妇感染支原体或衣原体后，可能引起子宫内环境的炎症反应，影响胚胎的正常发育，导致自然流产。这种感染在有不洁性生活史或卫生习惯不佳的孕妇中较易发生，不同年龄段的孕妇都可能感染，但年轻性活跃的女性相对风险较高。
病毒感染：常见的有风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等。孕妇在孕期感染这些病毒后，病毒可通过胎盘感染胚胎，导致胚胎发育畸形或流产。例如，孕妇在妊娠早期感染风疹病毒，约85%的胎儿会受到影响，出现流产、死胎或先天性风疹综合征等。不同季节和人群中病毒感染的发生率不同，孕妇在孕期应尽量避免接触病毒感染源，尤其是在病毒流行季节。
免疫因素
自身免疫异常：孕妇自身的免疫系统攻击胚胎，如存在抗磷脂抗体综合征。抗磷脂抗体可导致胎盘血管血栓形成，影响胎盘的血供，使胚胎缺血缺氧，从而引发自然流产。自身免疫异常引起的自然流产在有自身免疫性疾病病史或复发性流产病史的孕妇中较为常见，且年龄因素可能与自身免疫异常的发生有关，随着年龄增长，自身免疫紊乱的概率可能增加。
同种免疫异常：孕妇对胚胎的免疫耐受不足，导致母体免疫系统对胚胎产生排斥反应。这种情况在一些不明原因复发性流产的孕妇中较为常见，具体机制较为复杂，涉及多种免疫细胞和细胞因子的异常调节，各年龄段的孕妇都可能存在同种免疫异常的情况，但具体的发病机制和影响因素还在进一步研究中。
其他因素
生活方式因素：
吸烟饮酒：孕妇吸烟或过量饮酒会增加自然流产的风险。烟草中的尼古丁等有害物质和酒精会通过胎盘影响胚胎发育，导致胚胎畸形、发育迟缓甚至流产。无论是年轻还是年长的孕妇，吸烟饮酒都会对妊娠产生不良影响，且吸烟饮酒的量越多、时间越长，风险越高。
过度劳累：长期过度劳累会使孕妇身体处于应激状态，影响内分泌平衡和身体的免疫功能等，从而增加自然流产的可能性。孕妇在孕期需要合理安排作息时间，避免过度劳累，不同年龄段的孕妇都应注意保持良好的生活节奏，尤其是年龄较大的孕妇，身体的耐受能力相对较弱，更需要注意休息。
环境因素：长期接触某些有害化学物质（如铅、汞等）、放射性物质等环境污染物，会增加自然流产的风险。例如，在一些接触有害物质的工作环境中的孕妇，其自然流产的概率可能高于正常环境中的孕妇。不同工作环境和生活环境中的孕妇接触环境污染物的情况不同，孕妇应尽量避免接触这些有害环境因素，尤其是在孕期需要特别注意工作场所和生活环境的防护。
孕妇年龄因素：随着孕妇年龄的增加，自然流产的风险逐渐升高。35岁以上的孕妇自然流产的概率明显高于年轻孕妇，主要原因包括卵子质量下降，染色体异常的概率增加；子宫环境和内分泌功能等也会随着年龄增长而发生变化，影响妊娠的维持。例如，35岁孕妇的自然流产率约为20%，40岁时可升至40%左右，45岁时则高达80%。
