小腹疼痛的原因有多种，女性相关原因有痛经（青春期女性月经期间因子宫内膜前列腺素含量增高致子宫平滑肌过强收缩等出现小腹疼痛）、盆腔炎（性生活活跃育龄期女性因病原体感染盆腔内生殖器官及周围组织致下腹部持续性疼痛等）、异位妊娠（有性生活生育期女性因受精卵在子宫体腔以外着床发育出现停经、腹痛与阴道流血等）；男性相关原因有前列腺炎（中青年分急慢性，急性突发小腹疼痛等全身症状，慢性反复发作小腹、会阴部坠胀疼痛等排尿异常）、附睾炎（中青年单侧发病，急性起病急附睾红肿热痛，慢性附睾硬结、疼痛或坠胀感）；儿童相关原因有肠痉挛（儿童常见因饮食不当或腹部着凉致突然发作阵发性小腹疼痛可自行缓解）、急性阑尾炎（各年龄段儿童初始脐周疼痛后转移固定右下腹疼痛伴恶心、呕吐、发热等）；其他原因中肠道疾病有急性肠炎（各年龄段因饮食不洁致小腹疼痛伴腹泻、恶心、呕吐等）、肠梗阻（各年龄段小儿多因肠套叠、成人因肠道肿瘤、肠粘连等致小腹疼痛、呕吐、停止排气排便）；泌尿系统疾病有膀胱炎（多见于女性致小腹疼痛伴尿频、尿急、尿痛等）、输尿管结石（各年龄段致突然发作一侧腰部或小腹剧烈绞痛伴血尿等）。
痛经：多见于青春期女性，在月经期间出现小腹疼痛，疼痛程度和表现因人而异，有的是下腹部痉挛性疼痛，有的是坠胀样疼痛，与月经时子宫内膜前列腺素含量增高有关，前列腺素升高可引起子宫平滑肌过强收缩、血管痉挛，造成子宫缺血、缺氧状态而出现痛经。
盆腔炎：包括子宫内膜炎、输卵管炎等，性生活活跃的育龄期女性易患，可表现为下腹部持续性疼痛，活动或性交后加重，常伴有阴道分泌物增多，是由于病原体感染盆腔内生殖器官及周围组织引起炎症反应。
异位妊娠：多见于有性生活的生育期女性，典型症状为停经、腹痛与阴道流血，腹痛常为一侧下腹部隐痛或酸胀感，当异位妊娠发生流产或破裂时，会出现一侧下腹部撕裂样疼痛，是受精卵在子宫体腔以外着床发育导致。
男性相关原因
前列腺炎：多见于中青年男性，分为急性和慢性，急性前列腺炎表现为突发的小腹疼痛、尿频、尿急、尿痛，伴有发热等全身症状；慢性前列腺炎则表现为反复发作的小腹、会阴部坠胀疼痛，尿频、尿急、尿不尽等排尿异常症状，多与病原体感染、排尿功能障碍、免疫异常等因素有关。
附睾炎：多见于中青年，单侧发病较多见，表现为阴囊内附睾部位疼痛，疼痛可放射至下腹部，急性附睾炎起病急，附睾红肿热痛，慢性附睾炎则表现为附睾硬结、疼痛或坠胀感，多由细菌感染经输精管逆行感染附睾引起。
儿童相关原因
肠痉挛：儿童较常见，可能与饮食不当有关，比如进食过多生冷食物，或者腹部着凉等，表现为突然发作的阵发性小腹疼痛，疼痛程度轻重不一，可自行缓解，是由于肠壁平滑肌强烈收缩引起的阵发性腹痛。
急性阑尾炎：各年龄段儿童均可发病，典型表现为初始脐周疼痛，数小时后转移并固定于右下腹疼痛，可伴有恶心、呕吐、发热等症状，是阑尾管腔堵塞后细菌感染引起的炎症反应。
其他原因
肠道疾病
急性肠炎：多与饮食不洁有关，各年龄段均可发生，表现为小腹疼痛，常伴有腹泻、恶心、呕吐等症状，是肠道被细菌、病毒等病原体感染引起的炎症。
肠梗阻：各年龄段都可能出现，小儿多由肠套叠等原因引起，成人可见于肠道肿瘤、肠粘连等情况，表现为小腹疼痛、呕吐、停止排气排便，是肠道内容物通过障碍导致。
泌尿系统疾病
膀胱炎：多见于女性，表现为小腹疼痛，伴有尿频、尿急、尿痛，尿液可浑浊，是细菌感染膀胱引起的炎症。
输尿管结石：可发生于各个年龄段，表现为突然发作的一侧腰部或小腹剧烈绞痛，疼痛难忍，可向会阴部放射，伴有血尿等症状，是结石在输尿管内移动刺激输尿管黏膜引起。
