婴儿感染性腹泻的原因包括病毒感染如轮状病毒、诺如病毒等；细菌感染如大肠杆菌、空肠弯曲菌、沙门菌等；寄生虫感染如蓝氏贾第鞭毛虫；肠道外感染时感染源病原体毒素通过血液循环致胃肠功能紊乱；喂养因素有饮食不当及过敏；自身因素包括肠道屏障功能不完善和免疫系统发育不成熟。
病毒感染：轮状病毒是引起婴儿感染性腹泻的常见病毒之一，多见于6-24个月的婴儿，秋冬季节高发。轮状病毒侵入肠道后，在小肠绒毛顶端的柱状上皮细胞内复制，使细胞发生空泡变性和坏死，其微绒毛肿胀、排列紊乱和变短，受累的肠黏膜上皮细胞脱落，致使小肠黏膜重吸收水分和电解质的能力受损，肠液在肠腔内大量积聚而引起腹泻。此外，诺如病毒也可导致婴儿感染性腹泻，该病毒可通过污染的水源、食物等传播，感染后可引起呕吐、腹泻等症状。
细菌感染：大肠杆菌是常见的引起婴儿细菌感染性腹泻的病原菌，致病性大肠杆菌可黏附在小肠和结肠上皮细胞，产生肠毒素，导致肠液分泌增加，引起腹泻；产毒性大肠杆菌产生的肠毒素可激活肠细胞内的腺苷酸环化酶，使细胞内环磷酸腺苷（cAMP）水平升高，促进肠液分泌；侵袭性大肠杆菌则直接侵入肠黏膜上皮细胞，引起炎症反应，导致黏膜充血、水肿、溃疡等，从而引起腹泻。空肠弯曲菌也是婴儿细菌感染性腹泻的常见病原，该菌主要通过污染的食物和水传播，侵入肠道后可侵犯肠黏膜，引起炎症性腹泻。沙门菌感染也较为常见，婴儿感染后可出现发热、腹泻、腹痛等症状，其传播途径主要为污染的食物，如被沙门菌污染的蛋类、肉类等。
寄生虫感染：蓝氏贾第鞭毛虫可引起婴儿感染性腹泻，该寄生虫主要通过污染的水源传播，婴儿摄入被该虫包囊污染的水后，包囊在小肠内脱囊形成滋养体，滋养体附着于小肠上部的肠黏膜，大量繁殖后可引起肠黏膜的损伤和功能紊乱，导致腹泻。
肠道外感染
婴儿患有上呼吸道感染、肺炎、中耳炎、泌尿系统感染等肠道外感染性疾病时，也可能出现腹泻症状，这是因为感染源的病原体毒素可通过血液循环到达肠道，引起胃肠功能紊乱，导致腹泻。例如，婴儿患中耳炎时，细菌产生的毒素可能影响肠道的正常功能，引发腹泻。
喂养因素
饮食不当：婴儿的消化系统发育尚未成熟，消化酶分泌不足，消化功能较弱。如果喂养不当，如喂养量过多、过少，或突然改变食物种类，添加辅食过快等，都可能引起消化功能紊乱，导致感染性腹泻。例如，过早添加大量淀粉类或脂肪类食物，婴儿的胃肠道难以适应，容易发生腹泻。另外，食物或食具被污染也可导致婴儿感染性腹泻，如给婴儿喂养的奶瓶、奶嘴等消毒不彻底，或食物在制作、储存过程中被污染，婴儿食用后就可能感染病原体而发生腹泻。
过敏因素：部分婴儿可能对牛奶蛋白等食物过敏，过敏反应可累及肠道，引起肠道炎症，导致腹泻。这类婴儿除了腹泻外，还可能伴有呕吐、皮疹等其他过敏表现。
婴儿自身因素
肠道屏障功能不完善：婴儿肠道的屏障功能尚未发育完全，肠黏膜的免疫球蛋白A（IgA）、乳铁蛋白等分泌量较少，肠道黏膜的屏障作用较弱，容易受到病原体的侵袭而发生感染性腹泻。例如，婴儿肠道的IgA水平低于成人，对病原体的抵御能力相对较差。
免疫系统发育不成熟：婴儿的免疫系统尚未完全成熟，尤其是6个月-2岁的婴儿，从母体获得的抗体逐渐消失，自身免疫系统尚在发育过程中，对病原体的抵抗力较弱，容易发生感染性腹泻。例如，婴儿的T淋巴细胞功能尚未完全成熟，细胞免疫功能相对低下，难以有效清除入侵的病原体。
